Hoạt động thanh tra, kiểm tra ngân hàng chưa cĩ sự cải thiện căn bản về chất lượng; năng lực cán bộ thanh tra, giám sát chưa đáp ứng được yêu cầu, đặc biệt một số nghiệp vụ kinh doanh và cơng nghệ mới thì một số Thanh tra ngân hàng cịn chưa theo kịp. Nội dung và phương pháp thanh tra, giám sát lạc hậu, chậm được đổi mới. Thanh tra tại chỗ vẫn là phương pháp chủ yếu, khả năng kiểm sốt nội bộ thị trường tiền tệ và giám sát rủi ro cịn yếu. Thanh tra ngân hàng cịn hoạt động một cách thụ động theo kiểu xử lý vụ việc đã phát sinh, ít khi cĩ khả năng ngăn chặn và phịng ngừa rủi ro và vi phạm.
Hoạt động giám sát vẫn cịn nhiều bất cập: phương pháp giám sát hiện đại về hình thức, song nội dung giám sát bị hạn chế do các chỉ tiêu giám sát chưa đáp ứng được yêu cầu của chuẩn mực quốc tế, đội ngũ cán bộ mỏng và khả năng phân tích, đánh giá cũng như dự báo cịn hạn chế; giám sát từ xa chưa gắn chặt với phân tích, xử lý thơng tin; cơng khai tài chính cịn xa với chuẩn mực quốc tế; hệ thống thơng tin chưa
đáp ứng được yêu cầu giám sát; kiểm tốn nội bộ chưa phát huy được vai trị, trong nhiều trường hợp chỉ là hình thức để hợp lý hĩa; việc giám sát các lĩnh vực mới (rửa tiền, thanh tốn điện tử...) chưa được thực hiện; sự phối hợp đồng bộ giữa 3 bộ phận giám sát (từ xa, tại chỗ, xử phạt) chưa đạt được sự đồng bộ, đặc biệt là chưa bảo đảm được sự độc lập của cơ quan giám sát.