Ardern và Lockett (1914) đã phát triển hệ thống hoạt hóa bùn đầu tiên để thanh lọc nước thải tại Manchester. Tuy nhiên, vai trò của quần thể vi sinh vật trong quá trình này vẫn chưa được hiểu hết. Bởi vì những kỹ thuật nuôi cấy thông thường đã
được thực hiện là quá chọn lọc để cung cấp một bức tranh toàn diện và đáng tin cậy của toàn bộ mạng lưới vi khuẩn [69,147], phân tích tập hợp các phân tử rRNA đã tìm thấy nhiều ứng dụng rộng rãi cho kỹ thuật phân tích của một số môi trường như
bình phản ứng sinh học hay nhà máy xử lý chất thải. Các chuỗi trình tựđược tạo ra bằng những kỹ thuật phân tích phân tử như kỹ thuật PCR đã được sử dụng để tạo ra các đầu dò oligonucleotide mới cho FISH để nghiên cứu các quần thể vi khuẩn, như trong bùn hoạt tính [11,127,130]. Gần đây, vào năm 1999 Bond và cộng sựđã tiến hành xác định các nhóm vi khuẩn trong bùn với sự tăng cường loại bỏ photpho sinh học. Một số nhóm nhà nghiên cứu khác thì tập trung vào Actinomycetes có
CHƯƠNG 5. ỨNG DỤNG CỦA FISH
http://www.ebook.edu.vn 23
chứa acid mycolic được cho là có chứa nhiều sợi nhỏ tạo bọt trong nhà máy xử lý nước thải [116,117,127]. Ngoài các cá thể của nhóm khuẩn cổ, đặc biệt là
methanogen (một loại khuẩn cổ kị khí có khả năng tạo khí methal), đã được tìm thấy bằng phương pháp FISH trong quá trình phân hủy kị khí và trong hạt bùn nhỏ, mặc dù khả năng tự phát huỳnh quang của chúng rất mạnh [118,132]. Gần đây, sự
kết hợp giữa FISH và bộ vi cảm biến cho phép phân tích đồng thời quần thể vi khuẩn và các hoạt động trao đổi chất, qua đó phát hiện ra các vi khuẩn kị khí nằm trong các khe nhỏ thiếu oxy trong môi trường hiếu khí [126].