Hầu hết các vi sinh vật cộng sinh bắt buộc đều chưa tiến hành nuôi cấy được. Sử dụng rRNA 16S, chúng có thểđược định danh và phân cấp phát sinh loài. Việc khoanh vùng vi sinh vật trong những bộ phận khác nhau của vật chủ bằng FISH có thể chứng minh được tính chất cộng sinh của chúng, như Amann và cộng sự (1991)
đã làm, người đã xác định được vi khuẩn nội cộng sinh chưa nuôi cấy thuộc chi
Holospora trên lông của Paramecium caudatum. Từ khi loài Holospora được tìm thấy trong nhân của các vi sinh vật có lông mịn, nó có thểđược nhận biết rõ ràng từ
vi khuẩn tiêu hóa hiện diện trong các túi thức ăn. Tương tự, FISH cũng được sử
dụng để chứng minh Paramecium caudatum cũng chứa Caedibacter caryophila, một “kẻ” tiêu diệt vi sinh vật nội cộng sinh mà sự phát triển có liên quan đến loài
Rickettsia [134]. Gần đây, những vi khuẩn nội cộng sinh mới cũng liên quan đến
Rickettsia, điều này đã được chứng minh trên các loài Acanthamoeba [44]. Có một
điều thú vị là các giống amip tương ứng đều đã được phân lập từ các lớp mô mỏng giác mạc người. Sarcobium lyticum, một loại vi khuẩn có liên quan mật thiết đến chi Legionella, cũng đã được chứng minh có trong amip được lấy từ mẫu nước bọt của bệnh nhân viêm phổi [135]. Những chứng minh này cho thấy rằng amip không những được xem là nguồn gây bệnh cho con người mà còn là vật truyền cho nhiều loại vi khuẩn cộng sinh khác nhau. Đây có thể là những trường hợp các vi khuẩn nội cộng sinh không bắt buộc nhưLegionella pneumophila đã được tìm thấy trong
CHƯƠNG 5. ỨNG DỤNG CỦA FISH
http://www.ebook.edu.vn 24
[95]. Trong các môi trường nước nghèo dinh dưỡng, Legionellae có thể sống sót nhưng ở trạng thái vô hoạt, trong đó chúng không bị phát hiện bằng các kỹ thuật nuôi cấy thông thường. Phục hồi những tế bào vô hoạt trở lại trạng thái hoạt động
đã được điều khiển thành công bằng FISH trong tế bào chủ tự nhiên Acanthamoeba castellanii [139]. Những nghiên cứu này có một tác động to lớn đối với ngành dịch tễ học của những mầm bệnh này.
Sử dụng các cách thức lai tại chỗ (ISH) khác nhau, vi khuẩn nội cộng sinh đã
được tìm thấy trong mang của động vật thân mềm hai vỏ Solemya reidii. . Sinh vật này đã xử lý như một khuôn mẫu để đánh giá kỹ thuật cố định metacrylate và tách acetone nhằm tăng cường độ tín hiệu và nâng cao độ nhạy của ISH trên các đoạn mô [153]. Gần đây, Methanobrevibacter – một loài có liên quan với vi khuẩn cổ –
đã được tìm thấy bằng FISH trong một lượng nội bào của Reticulitermes speratus, một loài mối cánh được thu thập từ các quần đảo Nhật bản [128].