Mặc dù đã đạt đuợc nhiều kết quả và thành tựu trong hoạt động kinh doanh nhập khẩu. Song, Công ty vẫn gặp một số khó khăn sau:
- Một số vấn đề còn tồn tại trong hoạt động nhập khẩu: như thời gian giao hàng giữa người xuất khẩu và Công ty không khớp, hay như một số hạn chế trong khâu thanh toán...dẫn đến sự lãng phí trong chi phí lưu kho, lưu bãi… Những hạn chế này đều dẫn đến sự lãng phí, tăng chi phí nhập khẩu của Công ty, đồng thời cũng làm cho hoạt động kinh doanh nhập khẩu của Công ty thiếu đồng bộ, có thể dẫn đến đình trệ hay mất uy tín với khách hàng.
- Sự phối hợp giữa Công ty và các đơn vị chức năng của Nhà nước chưa thống nhất. Khó khăn lớn nhất đó là Công ty gặp khó khăn về các thủ tục hành chính. Ví dụ như: việc cấp Giấy phép XNK, thủ tục hải quan chậm trễ... làm ảnh hưởng đến việc xuất nhập khẩu không kịp thời của Công ty. Hay như việc thay đổi quá nhiều và liên tục các thủ tục trong khoảng thời gian ngắn làm cho định hướng kinh doanh của Công ty gặp nhiều khó khăn.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng nhập khẩu, Công ty vẫn còn bị động về thời gian nhận hàng do nhiều yếu tố khách quan là phải qua những bước thủ tục hay vận chuyển trong thời gian dài (15 - 20 ngày với thị trường gần) nên nhiều khi ảnh hưởng đến kết quả cũng như hiệu quả kinh doanh.
- Thị trường tiêu thụ của Công ty còn nằm rải rác: Hiện nay, khách hàng của Công ty có trên khắp các tỉnh thành toàn quốc. Trong khi đó, Công ty chỉ có trụ sở chính đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh và một chi nhánh Công ty được đặt tại Hà Nội. Điều này gây khó khăn trong việc quản lý hàng tiêu thụ. Bên cạnh đó, các hoạt động chăm sóc khách hàng đều do các nhân viên tại Công ty hoặc chi nhánh trực tiếp đảm nhiệm nên chi phí kinh doanh tại các tỉnh, thành này đều khá cao do phải chịu chi phí đi lại, chi phí sinh hoạt.