Theo đánh giá chung thì hiện nay, hệ thống thuế của nước ta có nhiều vấn đề bất cập cần xem xét. Chúng ta chủ yếu tiến hành đánh thuế tuyệt đối theo tỷ lệ phần trăm (%) đối với tổng giá trị hàng hoá tính theo giá CIF. Máy móc, thiết bị mà Công ty nhập khẩu thuờng có giá trị lớn, vì thế theo
cách tính thuế trên thì mức thuế mà Công ty phải nộp là rất lớn. Hiện nay, một số các thiết bị phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu đã được miễn thuế và nhà nước chỉ đánh thuế với các thiết bị chính với thế suất ưu đãi, nhưng vẫn còn những vấn đề đặt ra: Các Công ty liên doanh được quyền nhập khẩu thiết bị với thuế suất 0% trong khi Công ty vẫn phải chịu thuế. Điều này không tạo được sự cạnh tranh lành mạnh trên thị trường. Nhà nước cần điều chỉnh để tạo được sự công bằng trong kinh doanh.
Thuế nhập khẩu chỉ làm hạn chế việc nhập khẩu máy móc, thiết bị và làm tăng nguồn thu ngân sách nhà nuớc, mà không có ý nghĩa bảo hộ sản xuất trong nước do máy móc, thiết bị là loại hàng hoá mà nước ta không sản xuất được. Biểu thuế của nước ta vừa đơn giản, vừa phức tạp. Trừ những hàng hóa nhập từ các nuớc trong khu vực ASEAN, hàng hóa của các quốc gia còn lại khi nhập khẩu vào Việt Nam có mức thuế suất từ 0% đến 100%. Biểu thuế cũng chỉ rõ mức thuế với từng mặt hàng cụ thể, nhưng lại không kê khai đầy đủ được các chủng loại khác nhau. Chính điều này gây khó khăn cho cán bộ của Công ty khi nhập khẩu những thiết bị không xác định được nó nằm vào nhóm nào để tính thuế. Vì vậy, Nhà nước cần lựa chọn đưa ra một biểu thuế đối với từng nhóm hàng chung hay xây dựng biểu thuế chi tiết với tất cả các loại vật tư nguyên liệu hay thiết bị cụ thể.
Xu hướng giảm thuế quan đang được thực hiện rộng rãi trên khắp thế giới để khuyến khích trao đổi giữa các nước. Mặt khác, đây cũng là yêu cầu bắt buộc để tham gia vào tổ chức thương mại thế giới WTO hay tham gia vào khu vực mậu dịch tự do của khu vực ASEAN (AFTA). Chúng ta dự định từ nay đến năm 2010 sẽ cắt giảm thuế suất còn từ 0 đến 5% với hàng hoá từ các nước ASEAN. Tóm lại, từ những vấn đề này Nhà nước
cần nghiên cứu để sửa đổi thuế xuất nhập khẩu cho phù hợp để tạo điều kiện cho Công ty thực hiện tốt việc nhập khẩu máy móc thiết bị trong thời gian tới.