Để chuẩn bị cho việc áp dụng thủ tục HQĐT tại Cục HQ TPHCM và Cục HQ TP Hải Phòng, BTC, TCHQ đã có một quá trình chuẩn bị từ năm 2004. Cụ thể:
- Xây dựng Kế hoạch cải cách, phát triển và hiện đại hóa ngành HQ giai đoạn 2004−2006 theo quyết định số 810/QĐ-BTC ngày 16/03/2004 của Bộ trưởng BTC. Trong đó có ghi rõ lộ trình thực hiện thí điểm TQĐT là trong năm 2005.
- Thành lập Văn phòng Hiện đại hóa TCHQ bao gồm các chuyên viên từ các Vụ, Cục do một Phó Tổng cục trưởng chỉ đạo trực tiếp để làm đầu mối triển khai các công việc.
- Xây dựng bộ máy tổ chức bộ phận hiện đại hóa tại các đơn vị HQ tỉnh, thành phố và các đơn vị trực thuộc (Chi cục).
- Tiến hành khảo sát mô hình TQĐT tại Malaysia và Hàn Quốc.
- Điều tra, khảo sát thực trạng về tổ chức bộ máy, trang thiết bị làm việc, cơ sở
hạ tầng mạng, quy trình thủ tục tại các đơn vị HQCK thuộc Cục HQ TPHCM và Cục HQ TP Hải Phòng.
- Xây dựng kế hoạch chi tiết để triển khai thực hiện (mục tiêu thí điểm, lựa chọn đơn vị thực hiện thí điểm, thời gian thực hiện thí điểm, cơ cấu tổ chức bộ máy, xây dựng văn bản cơ sở pháp lý, quy trình nghiệp vụ v.v…).
- Xây dựng mô hình tổ chức áp dụng cho HQ Việt Nam. Trong giai đoạn thí
điểm sẽ thành lập hai Chi cục HQĐT tại Cục HQ TPHCM và Cục HQ TP Hải Phòng
để làm thủ tục HQĐT cho các DN. Bộ máy tổ chức của Chi cục HQĐT bao gồm 4 đội: Văn phòng, Thông quan, KTSTQ và Thu thập, xử lý thông tin, QLRR và KSHQ.
- Xây dựng trụ sở, trang bị máy móc, thiết bị làm việc cho hai Chi cục HQĐT (74 Hai Bà Trưng, Q1 và tầng 3 Chi cục HQ Cảng Hải Phòng khu vực II).
- Trang bị thiết bị phần cứng (hệ thống máy chủ) cho 2 TTDL để tiếp nhận, xử
lý thông tin khai báo của DN (mỗi Trung tâm 13 máy chủ). Trang bị máy trạm cho các
địa điểm làm thủ tục HQĐT tại các Chi cục (kiểm tra, GS cổng cảng).
- Thiết lập hệ thống mạng từ TTDL đến Chi cục HQĐT và các Chi cục HQCK. - Xây dựng hệ thống XLDL TQĐT trên cơ sở thỏa thuận giữa TCHQ và công ty FPT. Cung cấp cho tổ chức truyền nhận dữ liệu (VAN) chuẩn trao đổi dữ liệu giữa HQ và DN để tổ chức VAN xây dựng hệ thống khai báo điện tử cho DN.
- Tổ chức kiểm tra và lựa chọn tổ chức VAN. Có 2 tổ chức tham gia là công ty GOL và công ty FPT, nhưng để thuận lợi trong giai đoạn thí điểm TCHQ đã chọn công ty FPT làm tổ chức VAN.
- Xây dựng quy trình thủ tục HQĐT và tổ chức lấy ý kiến DN, các đơn vị HQ về quy trình thủ tục HQĐT.
- Triển khai đào đạo hướng dẫn cho cán bộ công chức thuộc Chi cục HQĐT và các chi cục HQCK về quy trình và hệ thống xử lý dữ liệu TQĐT.
- Mở lớp tuyên truyền cho lãnh đạo DN về thủ tục HQĐT. Tổ chức cài đặt chương trình, đào tạo sử dụng hệ thống và quy trình thủ tục HQĐT cho toàn bộ các DN
được chọn làm thí điểm.
- Phối hợp với các cơ quan báo, đài trong việc tuyên truyền về thủ tục HQĐT. - Làm việc với UBND TPHCM, TP Hải Phòng để thông báo việc thực hiện thủ
tục HQĐT và đề nghị các cơ quan hữu quan phối hợp tốt với cơ quan HQ trong việc thực hiện thủ tục HQĐT (kho bạc, thuế, công an, quản lý thị trường, đại lý vận tải, giao nhận…).
- Tổ chức vận hành thử hệ thống XLDL TQĐT tại 2 Chi cục HQĐT, các Chi cục HQCK và các DN nhằm kiểm tra hoạt động của hệ thống trước khi đưa vào vận hành chính thức.