Vấn đề bất cập trong việc thực hiện hoàn thuế cho cỏc doanh nghiệp đú là vấn đề thời gian, tiến độ hoàn thuế chậm gõy khú khăn cho nhiều doanh nghiệp đặc biệt là những doanh nghiệp đầu tư, mua sắm tài sản cố định với khối lượng lớn. Việc hoàn thuế chậm cho cỏc doanh nghiệp tạo sự ứ đọng vốn, đồng thời gõy khú khăn tỡnh hỡnh tài chớnh để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Nguyờn nhõn một phần do doanh nghiệp chưa làm đỳng thủ tục, một phần việc xem xột sổ thuế được hoàn lại phải thật cẩn thận nờn cần phải cú thời gian bởi cỏc doanh nghiệp rất dễ khai tăng số thuế được hoàn lại. Vởy để khắc phục tỡnh trạng này, ngành thuế cần thực hiện những biện phỏp để rỳt ngắn thời gian xột hoàn thuế nhưng vẫn đảm bảo sao cho số thuế được hoàn lại là chớnh xỏc, khắc phục được tỡnh trạng doanh nghiệp trốn lậu thuế.
Ngành thuế nờn thiết kế mẫu tờ khai thuế với đầy đủ thụng tin cần kiểm tra, đặc biệt cú thể đưa lờn mạng vi tớnh những dữ liệu cần thiết để đơn giản và rỳt ngắn thời gian kiểm tra. Đồng thời khi đó hết thời hạn quy định xột hoàn thuế mà cơ quan thuế vẫn chưa kiểm tra xong hồ sơ xin hoàn thuế của doanh nghiệp thỡ cứ tiến hành hoàn thuế theo kờ khai của doanh nghiệp rồi sẽ kiểm tra sau. Doanh nghiệp phải tự chịu trỏch nhiệm về cỏc chứng từ họ gửi đến xin hoàn thuế. Trong quỏ trỡnh kiểm tra, nếu phỏt hiện ra sự gian lận trong cỏc hoỏ đơn, chứng từ do doanh nghiệp gửi đến, ngoài việc bị thu hồi số thuế đó được hoàn trả doanh nghiệp cũn bị phạt rất nặng. Để hạn chế tỡnh trạng vi phạm trong lĩnh vực thuế, cần tăng mức phạt đối với cỏc trường hợp vi phạm lờn cao hơn so với mức quy định hiện nay. Số tiền phạt gấp nhiều lần số tiền mà doanh nghiệp bị xử lý, phải thụng bỏo rộng rói trờn cỏc phương tiện thụng tin đại chỳng để cảnh bỏo cho cỏc đơn vị, cỏ nhõn cú tư tưởng gian lận trong lĩnh vực này. Ngoài ra cần tăng cường sự phối hợp đồng bộ của cơ quan chức năng với
ngành thuế trong việc kiểm tra, giỏm sỏt đối với người nộp thuế và cả đối với cỏn bộ thuế, nhằm phỏt hiện và xử lý kịp thời, cụng khai, nghiờm tỳc, đỳng luật đối với tập thể và cỏ nhõn sai phạm.