Cựng việc thực hiện Luật thuế TNDN là việc ban hành Luật thuế GTGT. Hiện nay, cỏc doanh nghiệp trong nền kinh tế sử dụng một trong hai phương phỏp: phương phỏp khấu trừ và phương phỏp trực tiếp trờn GTGT. Điều này cũng gõy ảnh hưởng tới việc xỏc định doanh thu tớnh thuế TNDN. Trong trường hợp doanh nghiệp A mua hàng của doanh nghiệp B là đối tượng ỏp dụng thuế GTGT theo phương phỏp khấu trừ thỡ giỏ vốn của cơ sở A là giỏ bỏn khụng cú thuế cũn nếu mua hàng của doanh nghiệp C là đối tượng ỏp dụng thuế GTGT theo phương phỏp trực tiếp thỡ giỏ vốn hàng hoỏ sẽ bao gồm cả thuế GTGT đầu vào điều này sẽ làm tăng giỏ vốn hàng hoỏ dẫn tới việc xỏc định thu nhập chịu thuế sẽ thấp hơn nờn thuế TNDN sẽ bị giảm. Vỡ cú lợi hơn nờn cỏc doanh nghiệp sẽ tận dụng việc huy đụng nguồn hàng từ cỏc cơ sở này. Thực tế trong điều kiện nền kinh tế thị trường hiện nay, số lượng cỏc cơ sở kinh doanh vừa và nhỏ chưa thể thực hiện đầy đủ chế độ kế toỏn, chứng từ hoỏ đơn cũn nhiều nờn ở nước ta việc ỏp dụng đồng thời hai phương phỏp tớnh thuế GTGT là điều tất yếu. Bởi vậy nú tạo mụi trường kinh doanh khụng bỡnh đẳng giữa cỏc thành phần kinh tế. Cỏc cơ sở sẽ lợi dụng kẽ hở này để trốn thuế. Đối với việc xỏc định doanh thu bỏn hàng cũng chưa cú quy định chặt chẽ nào trong việc xỏc định giỏ bỏn hàng hoỏ. Cơ sở sẽ lợi dụng điểm này để giảm tới mức tối đa cú thể được doanh thu bỏn hàng để hạn chế số thuế phải nộp. Điều này dễ dàng khi hai bờn mua bỏn thương lượng với nhau thụng qua việc hợp thức hoỏ bằng cỏc hoỏ đơn khụng khớp số liệu giữa cỏc liờn.
Từ đú, việc ỏp dụng một phương phỏp khấu trừ thuế GTGT là hợp lý, ban hành húa đơn GTGT, sử dụng nú như đó đề cập ở phần hàon thiện cụng tỏc kế toỏn thuế GTGT là cần thiết. Bờn cạnh đú Nhà nước phải cú quy định cụ thể về giỏ bỏn đối với một số mặt hàng đặc biệt là hàng tiờu dựng, thuốc chữa bệnh… trỏnh gõy ra sự xỏo trộn trong nền kinh tế. Khụng chỉ cú Nhà nước mà cỏc doanh nghiệp cũng phải quan tõm đến kế toỏn hàng hoỏ theo dừi và phản ỏnh kịp thời tỡnh hỡnh mua hàng, thanh toỏn tiền hàng của khỏch hàng, theo dừi đầy đủ giỏ vốn hàng bỏn, chi phớ vận chuyển liờn quan đến việc mua bỏn hàng và giỏ bỏn hàng hoỏ đú. Điều này giỳp cho kế toỏn một cỏch dễ dàng từng hoạt động bỏn hàng phỏt sinh. Xỏc định ngay được lói gộp và thuế GTGT tạo điều kiện dễ dàng cho kế toỏn thuế tớnh toỏn và đối chiếu với số liệu của cỏc bộ phận khỏc. Tuõn thủ chế độ trớch lập và sử dụng cú hiệu quả cỏc khoản chi phớ về khấu hao tài sản cố định, trớch lập quỹ dự phũng, trớch trước cỏc khoản chi phớ phục vụ cho cụng tỏc cải tạo, nõng cấp tài sản cố định, phõn bổ hợp lý cỏc khảon chi phớ vào kết qủa kinh doanh của doanh nghiệp. Khụng ngừng nghiờn cứu, đề xuất biện phỏp nhằm hạ thấp chi phớ kinh doanh cú hiệu quả.