Cơ chế điều hành lãi suất của NHNN chi phối cơ chế quản lý lãi suất nói chung và lãi suất huy động của các NHTM và của Ngân hàng cổ phần các doanh nghiệp ngoài quốc doanh Việt Nam.
Quyết định 546/2002/QĐ-NHNN ngày 30/05/2002 của Thống đốc NHNN VN viết đã xóa bỏ cơ chế điều hành lãi suất cơ bản, chuyển sang cơ chế lãi suất thỏa thuận, mà theo đó, việc kiểm soát lãi suất thị trường bằng công cụ hành chính đã chấm dứt, công cụ gián tiếp của chính sách tiền tệ đóng vai trò quan trọng để tác động và kiểm soát lãi suất thị trường biến động theo chiều hướng phù hợp với mục tiêu của chính sách tiền tệ. NHNN sử dụng các công cụ gián tiếp tác động và kiểm
soát lãi suất thị trường như: tỷ lệ dự trữ bắt buộc đối với tiền gửi huy động, đưa ra các mức lãi suất tái cấp vốn, lãi suất tái chiết khấu, lãi suất vay qua đêm, ...
Mô hình cơ chế điều hành lãi suất chủ đạo trong thời gian tới:
+ Lãi suất vay qua đêm > mức lãi suất khác nhằm điều tiết và chỉ đạo mặt bằng lãi suất thị trường, buộc các NHTM huy động trên thị trường tiền tệ.
+ Lãi suất tiền gửi qua đêm thường thấp.
+ Lãi suất thị trường mở giao động giữa lãi suất cho vay qua đêm và lãi suất tiền gửi qua đêm, điều này chi phối lãi suất đấu thầu.
+ Lãi suất thị trường liên ngân hàng xoay quanh lãi suất thị trường mở giúp NHNN kiểm soát được lãi suất trên thị trường liên ngân hàng, mà lãi suất trên thị trường liên ngân hàng thường là cơ sở xuất phát cho các NHTM xác định lãi suất đầu vào và đầu ra cho khách hàng.
Cơ chế điều hành hệ thống lãi suất chủ đạo là sự tác động gián tiếp của lãi suất cho vay qua đêm đến lãi suất huy động, cho vay của NHTM thông qua lãi suất trung gian và nghiệp vụ thị trường mở và thị trường liên ngân hàng.
Tự do hóa lãi suất tạo cơ hội cho ngân hàng chủ động trong việc đề ra các mức lãi suất trong quá trình hoạt động phù hợp với từng trường hợp, từng giai đoạn và từng đối tượng, nâng cao được khả năng huy động vốn. Thêm nữa, việc thực hiện tự do hóa lãi suất tạo sự linh hoạt, phát huy đúng tầm quan trọng của công cụ lãi suất trong quản lý kinh tế, thúc đẩy khả năng huy động và sử dụng vốn, gia tăng đầu tư phát triển sản xuất kinh tế xã hội.