Giai đoạn 2006-2010 đỏnh dấu bước chuyển biến lớn trong đầu tư vào khu vực miền nỳi với mức tăng giỏ trị đầu tư xấp xỉ 7 lần từ 72 tỉ năm 2006 lờn tới 453 ti năm 2010 và xu hướng này tiếp tục kộo dài đến năm 2011 với giỏ trị đầu tư là 437 tỉ đồng điều này được giải thớch là do từ năm 2007 tỉnh thực hiện chương trỡnh mục tiờu quốc gia nước sạch và vệ sinh mụi trường và chương trỡnh 135 hỗ trợ phỏt triển cỏc tỉnh miền nỳi với giỏ trị đầu tư hàng năm khoảng 200 tỉ đồng và phỏt triển và bảo vệ rừng tại cỏc địa phương như Ngọc Lặc,Quan Húa,Lang Chỏnh đồng thời sắp xếp lại dõn cư cỏc tỉnh miền nỳi chịu ảnh hưởng của cỏc dự ỏn kố sụng, suối. Đến hết năm 20011 tỉnh thực hiện đầu tư xõy dựng cơ sở đường xỏ tới cỏc huyện vựng cao kết hợp với đường cứu hộ cứu nạn và cỏc dự ỏn thực hiện định canh định cư cho vựng dõn tộc thiểu số. Trong những năm 2006-2008 tỉnh thực hiện quy hoạch thủy lợi cỏc tinh miền nỳi và bắt đầu đưa vào thực hiện một số cụng trỡnh thủy lợi ở Cẩm Thủy, Lang Chỏnh như kố chống sạt lở bờ sụng Mó ở Cẩm Võn, Cẩm Giang, cụm hồ Cẩm Phong...
Đến cuối năm 2011 tỉnh cơ bản hoàn thành chương trỡnh mục tiờu quốc gia nước sạch ở tất cả cỏc huyện miền nỳi khú khăn. Xõy dựng trại ươm giống cõy trồng lõm nghiệp lại cỏc huyện Mường Lỏt, Ngọc Lặc, xõy dựng trạm bảo vệ thực vật ở hầu hết cỏc huyện,xõy dựng cơ sở hạ tầng vường quốc gia bến en, quy hoạch trồng cõy ăn quả vựng đồi nỳi Thanh Húa, triển khai đầu tư mở rộng diện tớch trồng luồng.
Khu vực ven biển: tỉ trọng vốn đầu tư nhỡn chung ổn định và cú xu hướng tăng trong những năm gần đõy từ 21,9% đồng giai đoạn 2006-2009 lờn tới 31,5% năm 2012. Do yếu tố kinh tế xó hội núi chung gặp rất nhiều khú khăn cựng với đú là giảm ngõn sỏch đầu tư vào nụng nghiệp của trung ương nờn giỏ trị đầu tư lại cú xu hướng giảm qua cỏc năm. Trong giai đoạn 2006-2012 phần lớn ngõn sỏch tập trung
đầu tư xõy dựng, hoàn thiện hệ thống đờ biển và hệ thống đờ hạ lưu sụng trờn địa bàn cỏc huyện Quảng Xương, Tĩnh Gia, Nga Sơn và . Năm 2009-2011 tỉnh đầu tư thực hiện dự ỏn nuụi tụm trờn cỏt và nuụi trồng thủy sản dưới đờ, hệ thống cụng trỡnh thủy lợi đầu mối nuụi trồng thủy sản nước lợ và trong những năm gần đõy tỉnh tăng cường đầu tư phỏt triển cơ sợ hạ tầng thủy sản ở cỏc huyện ven biển với mức vốn đầu tư hàng năm khoảng 40 tỷ đồng. Cỏc chương trỡnh giống cõy trồng thủy sản ,cỏc chương trỡnh kết hợp nuụi trồng và chế biến thủy sản bước đầu được đưa vào thực hiện tại một số huyện như Nga Sơn, Hậu Lộc. Mặc dự vậy nguồn vốn đầu tư vẫn chưa trực tiếp vào khu vực sản xuất, hỗ trợ người dõn trong việc cung cấp nguồn giống, thức ăn chăn nụi và xay dựng cơ sở sản xuất kinh doanh mà chủ yếu vẫn tập trung nhiều vào xõy dựng hệ thống hạ tầng cơ sở.