Khủng bố xuất hiện từ rất sớm. Những kẻ khủng bố xa xưa nhất là những chiến binh giết dân thường trong các cuộc thánh chiến. Ví dụ, vào thế kỷ đầu tiên, tại Palestine, Jewish Zealot công khai cắt cổ họng người La Mã và những ai cộng tác với họ. Vào thế kỷ thứ VII tại Ấn Độ, người Thug theo đạo Hindu hành lễ dâng lên thần Kali bằng cách thắt cổ khách qua đường. Vào thế kỷ XI, tại Trung Đông, phái Shiite ăn hashish (một loại ma túy chế bằng đọt thuốc lá và bánh gai dầu) trước khi giết chết địch thủ là thường dân.
Đối với chủ nghĩa khủng bố hiện đại, các nhà khoa học cho rằng bắt đầu phát sinh từ đầu thế kỷ XIX với những tổ chức như Narodnaya Volya chống lại Sa hoàng tại Nga [14].
Cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX, cùng với sự tan rã của các đế chế lớn, các phong trào quần chúng tìm kiếm sự dân chủ tạo cơ hội cho chủ nghĩa
khủng bố phát triển với đỉnh cao là vụ ám sát Đại Công tước Franz Ferdinanz ngày 28 tháng 6 năm 1914. Sự kiện này trở thành chất xúc tác làm các nước lớn lao vào Chiến tranh thế giới thứ nhất.
Giai đoạn phi thực dân hoá giữa thế kỷ XX: Cùng với cuộc đấu tranh cho quyền tự quyết của các dân tộc là bộ mặt mới của chủ nghĩa khủng bố giai đoạn này. Nguyên nhân của khủng bố giai đoạn này thường là ly khai, chống lại các sức mạnh chính trị nhằm mục đích tự chủ về chính trị, có thể kể đến các vụ khủng bố của phiến quân Chenia, Quân đội Cộng hoà Ai len… Cũng trong giai đoạn này diễn ra cuộc tranh cãi gay gắt giữa các nước trong khuôn khổ Liên hợp quốc quan đến vấn đề phân biệt giữa chủ nghĩa khủng bố và phong trào đấu tranh giải phóng dân tộc.
Thập kỷ 70, 80 thế kỷ XX là đỉnh cao của chủ nghĩa khủng bố được nhà nước tài trợ, những nước nhận ra rằng có thể đạt được một số mục tiêu thông qua các tổ chức khủng bố bí mật mà có thể tránh khỏi việc bị trả đũa so với khi công khai hành động. Vụ khủng bố điển hình trong giai đoạn này là vụ đánh bom chiếc máy bay Pan Am chở khách trên bầu trời thị trấn Lockerbie - thị trấn Scotland năm 1988 làm 259 hành khách cùng thành viên phi hành đoàn trên máy bay thiệt mạng, 11 người dân địa phương dưới mặt đất cũng bị mất đi mạng sống vì những mảnh vỡ của chiếc máy bay.
Vụ khủng bố ngày 11/9/2001 đánh dấu bước phát triển mới về chất của chủ nghĩa khủng bố. Khủng bố đã bước sang giai đoạn quốc tế hoá cao, kết hợp với những công nghệ hiện đại đang là mối nguy cơ lớn đối với nhân loại. Vụ khủng bố 11/9/2001 vào trung tâm nước Mỹ - cường quốc hùng mạnh nhất thế giới hiện nay với vết thương mà nó để lại không khác gì một cuộc chiến tranh đã thức tỉnh nhân loại trước nguy cơ về loại tội phạm này. Ngay sau vụ 11/9, nhiều vụ khủng bố đã diễn ra trên quy mô toàn thế giới, điển hình là vụ đặt bom tại Bali, Inđonexia tháng 10/20002 làm 202 người
thiệt mạng; vụ bắt cóc con tin tại Trường Trung học Beslan, Liên bang Nga tháng 9/2004 làm hơn 300 người thiệt mạng, phần lớn là trẻ em; vụ đánh bom xe lửa tại Mandrit, Tây Ban Nha tháng 3/2004 làm 191 người thiệt