Hình 2.3: Năm cấu trúc cuộn ngẫu nhiên của Aβ40 theo thứ tự từ trên xuống, từ trái qua: WT-Aβ40-1, WT-Aβ40-2, WT-Aβ40-3, WT-Aβ40-4 và WT-Aβ40-5. Hình cuối là tổ hợp của 5 cấu trúc.
Vì các thực nghiệm của GS Y-C Chen về ảnh hướng của các dẫn suất VK3 lên quá trình tạo sợi của Aβ40 được thực hiện trong nước nên chúng tôi phải tiến hành các tính toán đối với các đơn tử Aβ40 trong môi trường này. Nhưng như đã nói ở trên, cấu trúc đơn của Aβ40 trong nước chưa được xác định bằng thực nghiệm. Để khắc phục khó khăn này luận văn sẽ dùng các cấu trúc thu được bằng phương pháp động lực học phân tử (MD - molecular dynamice) bởi các tác giả khác (Ngô Sơn Tùng và M.S. Li, chưa công bố). Các tác giả này đã làm như sau. Đầu tiên cấu trúc lấy từ PDB có ID là 1BA4 (hình 2.2A) được sử dụng như cấu hình xuất phát để chạy mô phỏng MD trong 5 ns (5 nano giây) ở nhiệt độ T = 500 K cho đến khi đạt đến cấu trúc ngẫu nhiên (random coil structures). Trường lực (force field) GROMOS96 43a1 (xem phía dưới) trong nước tường minh (explicite water). Sau đó cấu trúc cuộn ngẫu nhiên này được dùng làm cấu hình đầu tiên cho quá trình mô phỏng MD 300 ns ở nhiệt độ T = 310 K. Các cấu hình nhận được ở trạng thái cân bằng được phân loại bằng phương pháp clustering[101][103] dựa trên độ lệch quân phương (RMSD – root mean square displacement) của các nguyên tử C. Với độ chính xác của RMSD là 1 Å họ đã thu được 5 cụm (cluster).[101] Các cấu hình đặc trưng của các cụm này được vẽ trên hình 2.3 và chúng được ký hiệu là WT-Aβ40-1, WT-Aβ40-2, WT-Aβ40-3, WT-Aβ40-4 và WT-Aβ40-5. Cả 5 cấu hình này được dùng làm mục tiêu gắn kết để thực hiện tính toán docking. Năng lượng liên kết là trung bình năng lượng liên kết thu được cho 5 cấu hình mục tiêu gắn kết. Vì tính toán bằng phương pháp MD tốn nhiều thời gian nên chúng tôi dùng WT-Aβ40-5 là cấu hình khả dĩ nhất (có xác suất xuất hiên cao nhất) làm mục tiêu gắn kết cho các tính toán bằng phương pháp MM-PBSA. Lưu ý rằng WT-Aβ40-1, WT-Aβ40-2, WT-Aβ40-3, WT-Aβ40-4 không có cấu trúc bậc hai. Chỉ có WT-Aβ40-5 có 17,5% cấu trúc β và 82,5% cấu trúc cuộn ngẫu nhiên (random coil).