Tổng hợp và thanh lọc Aβ1-40: Aβ1-40 được tổng hợp bằng máy ABI 433A (máy tổng hợp peptid pha rắn)[97] sử dụng chuẩn giao thức FMOC (standard FMOC protocol - Fluorenylmethyloxycarbonyl) với chất dẻo nhân tạo HMP (HMP resin). Sau khi chia ra ống nhựa với hỗn hợp trifluoroacetic acid/H2O/ethanedithiol/thioanisole/phenol, các chuỗi peptide được chiết suất bằng dung dịch ether:H2O tỷ lệ 1:1 (v/v) chứa 0.1% 2- mercaptothanol. Aβpeptid vừa tổng hợp sẽ được tinh sạch bằng sắc ký cột đảo pha C18 với thang nồng độ từ 0% đến 78%. Độ tinh khiết của peptid thu được là trên 95% được xác định bởi phổ khối lượng MALDI–TOF. Một mg của A peptid tinh chế được hòa tan trong 0,23 ml với 100% TFE (Tetrafluoroethylene) tạo thành một hỗn hợp dung dịch mẹ và sau đó đem pha loãng để tạo thành hỗn peptid dùng trong thí nghiệm ứng với các điều kiện đã được thiết kế.
Mật độ những gốc tự do gây ra bởi Aβ1-40 được phân tích bằng cách sử dụng khảo sát dichlorofluoresein diacetat (DCFH-DA)[106]. Dichlorofluoresein diacetat được hòa tan trong hỗn hợp bao gồm: 100% thể tích dimethyl sulfoxid, deacetylated với 50% v/v và 0,05 M NaOH trong thời gian 30 phút. Sau đó được trung hòa (pH 7.5) và cô cạn sao cho đến nồng độ cuối cùng là 200 μM dung dịch mẹ. Dung dịch mẹ được đông lạnh và đặt trong bóng tối cho tới khi sử dụng. Phản ứng được thực hiện trong Dulbecco PBS với pH=7,5 trong một hệ thống đĩa 96 giếng với thể tích 200 μl/giếng chứa 25 μM Aβ40 và các nồng độ khác nhau của dẫn xuất VK3. Việc đọc huỳnh quang đã được ghi trên một đầu đọc microplate (FlexStation 3) với bước sóng kích thích 485nm và bước sóng bức xạ 530nm.
Thioflavin-T (ThT) được sử dụng để giám sát trạng thái kết tập của Aβ1-40. Aβ1-40 peptid từ 1mM peptid dung dịch mẹ trong DMSO được pha loãng trong 25mM phosphate đệm với pH=7,4. Tất cả các thí nghiệm đã được thực hiện trong nồng độ 25 μM Aβ40 peptid và 3 μM ThT ở nhiệt độ 37°C; các thí nghiệm thực hiện trong hai trường hợp không có dẫn xuất VK3 hoặc có từng dẫn xuất VK3 với 100 ng/ml dẫn xuất VK3. Việc đo huỳnh quang được thực hiện bằng một đầu đọc microplate (FlexStation 3) ở 37°C. Bước sóng kích thích 440 nm và bước sóng bức xạ 485 nm.
Khả năng tồn tại của tế bào được đo bằng cách sử dụng khảo sát tế bào WST-1[46] 1mM Aβ1-40 peptid được pha trong DMSO để làm dung dịch mẹ. Dung dịch mẹ mới pha được sấy khô bằng khí N2, và đưa lại vào trong chất đệm PBS pH=7, cho tới khi nồng độ peptide đạt 500 μM. Dung dịch thu được đem pha loãng cho đến 25 μM Aβ1-40 để đem khảo sát khả năng tồn tại. Trong một đĩa 96 giếng vi chuẩn, 5×104 tế bào được ủ với sự có mặt từng dẫn xuất VK3 hoặc không có dẫn xuất VK3 ứng với 25 μM A40 peptid trong tổng thể tích 200 μl trong mỗi buồng trong 24 giờ ở 37°C trong không khí ẩm với 5% CO2, trước khi đem khảo sát khả năng tồn tại của những tế bào. Dung dịch WST-1 (10 μl) được thêm vào trong mỗi buồng, và những buồng được ủ khoảng 4-5 giờ ở nhiệt độ phòng. Mật độ quang học (OD) được xác định tại bước sóng 450nm bằng cách sử dụng một đầu đọc microplate (FlexStation 3).