Thực tế hiện nay, các văn bản pháp luật về tự chủ tài chính đối với bệnh viện công chưa mang tính toàn diện cao, chủ yếu chỉ tập trung vào những quy định liên quan đến phân bổ kinh phí NSNN và thực hiện dự toán của cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Các văn bản được xây dựng những chưa nghiên cứu đến sự ảnh hưởng của các yếu tố kinh tế, xã hội của từng địa phương nên có một số quy định vẫn còn nhiều bất cập. Do đó, trong quá trình tiếp tục tiến lên thực hiện cơ chế tự chủ hoàn toàn tài chính cho bệnh viện thì đòi hỏi phải hệ thống lại các văn bản, cơ chế chính sách của bệnh viện bằng các biện pháp như:
Nhanh chóng hoàn thiện hệ thống văn bản về tự chủ tài chính đối với bệnh viện công, bảo đảm nâng cao hiệu quả quản lý của nhà nước về mặt tài chính. Thống kê chi tiết các văn bản có quy định rõ về tự chủ, tự chịu trách nhiệm tài chính, quy định rõ ràng những hành vi nào được phép và những hành vi nào không được phép thực hiện trong hoạt động cân đối thu chi của bệnh viện công để làm căn cứ thực hiện.
Thiết lập hệ thống văn bản về tài chính trong lĩnh vực y tế phải bảo đảm tính thống nhất với các văn bản do các cơ quan ban ngành đã ban hành về tự chủ tài chính. Những bất cập thì phải nhanh chóng xem xét, điều chỉnh, sửa đổi, bổ sung và hoàn thiện các văn bản.
Hiện nay, Bộ Y tế đã có quy định phân cấp về thành lập các đơn vị trực, về bổ nhiệm cán bộ cấp khoa, phòng, ban, các quyết định về danh mục mua sắm trang thiết bị, các khoản chi thường xuyên và các nguồn quỹ của bệnh viện. Tuy nhiên, trong thực tế thì các hoạt động này vẫn chưa được thực hiện đồng bộ. Bệnh viện vẫn phải xin ý kiến của Sở Y tế trước khi thực hiện, từ đó làm giảm tính chủ động của Bệnh viện.
Hoàn thiện chính sách tiền lương cho đội ngũ CBNV y bác sĩ tại bệnh viện công trong giai đoạn mới. Yêu cầu chính sách tiền lương phải có quy định ngạch, bậc riêng phù hợp với thời gian và chi phí đào tạo, điều chỉnh tăng lương cơ bản
theo tình hình thực tế để đảm bảo chất lượng cuộc sống cho người lao động. Các chế độ phụ cấp, thưởng cũng cần quy định rõ theo từng chuyên khoa, theo những thủ thuật y tế phức tạp đòi hỏi trình độ chuyên môn cao đê khuyến khích đội ngũ y, bác sỹ nâng cao trình độ chuyên môn, thu hút, giữ chân được các cán bộ nhân viên có trình độ cao.