Có nhiều nguyên nhân dẫn đến những bất cập, hạn chế nêu trên của pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản ở Việt Nam hiện nay. Đó là:
Thứ nhất, do pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai
thác khoang sản của Việt Nam ra đời muộn so với các ngành luật khác và so với pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản của thế giới. Do đó, chúng ta thiếu kinh nghiệm, kỹ năng trong việc xây dựng và tổ chức thực hiện pháp luật dẫn đến những hạn chế, tồn tại trên.
Thứ hai, do đặc thù của hoạt động khai thác khoáng sản là thường
Bên cạnh đó, hoạt động khoáng sản thường được triển khải trên nhiều địa bàn và liên quan đến nhiều ngành, lĩnh vực khiến cho công tác quản lý, đầu tư, ứng dụng công nghệ khai thác, chế biến khoáng sản gặp nhiều khó khăn, tốn kém.
Thứ ba, do sự tác động của cơ chế kinh tế thị trường. Vì lợi nhuận,
các chủ thể khai thác khoáng sản tìm mọi cách để bỏ ra chi phí thấp nhất, nhưng lại thu được lợi nhuận cao nhất có thể. Tình trạng khai thác ồ ạt vì lợi nhuận, bỏ qua việc đầu tư công nghệ dẫn đến ô nhiễm môi trường, vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản. Đồng thời, sự tác động của cơ chế thị trường cũng là nguyên nhân dẫn đến tình trạng lợi ích nhóm, lợi ích cục bộ trong việc quản lý khai thác khoáng sản và bảo vệ môi trườn, từ đó dẫn đến những bất cập trong quy hoạch khoáng sản, trong cấp phép, trong quản lý nguồn thu, trong thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản.
Thứ tư, do sự buông lỏng trong quản lý của các cơ quan nhà nước có
thẩm quyền. Nhà nước có chức năng tổ chức thực hiện và thực hiện pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản. Trong quá trình đó, sự buông lỏng trong quả lý dẫn đến tình trạng cấp phép ồ ạt của các địa phương, không quản lý nguồn thu từ hoạt động khai thác khoáng sản hiệu quả, xây dựng quy hoạch mang tính chất hình thức, xử lý vi phạm không triệt để, nghiêm minh.