CHƢƠNG III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.4.2. Phân loại vi sinh vật trong không khíbằng phƣơng pháp sinh học phân tử
3.4.2.1. Xác định trình tự 16S rARN nhóm vi khuẩn hiếu khí đại diện
Hiện nay, bên cạnh những phương pháp phân loại vi sinh vật truyền thống, các nhà khoa học còn sử dụng các kỹ thuật sinh học phân tử để phân loại dựa trên trình tự gen. Tiến hành xác định trình tự 16S rARN của chủng vi khuẩn HN16 đại diện cho nhóm Bacillus và 28S rARN của chủng nấm mốc HN18 đại diện cho nhóm
Aspergillus có số lượng lớn nhất trong nghiên cứu.
* Phân lập đoạn gen mã hoá 16S rARN từ ADN genom của chủng vi khuẩn
HN16:Tách chiết ADN tổng số là bước khởi đầu để tiến hành các thí nghiệm tiếp theo. Hình 3.27trình bày kết quả điện di sản phẩm tách chiết ADN tổng số từ chủng
HN16trên agaroza 0,8 %. Kết quả kiểm tra trên máy đo quang phổ cũng cho thấy ADN tổng số tách chiết được có độ tinh sạch cao (A260/280 = 1,85 - 1,91), mẫu ADN có thể sử dụng làm khuôn để thực hiện phản ứng PCR. Hình 3.27.Điện di đồ sản phẩm PCR chủng vi khuẩn HN16 (M: marker) MHN16 1,5 kb
Trong quá trình tiến hành phản ứng, nhiệt độ điều chỉnh bắt cặp của đoạn mồi, nồng độ các đoạn mồi, MgCl2, cũng như ADN genom khuôn để PCR xảy ra đặc hiệu nhất. Bằng kỹ thuật PCR sử dụng cặp mồi 16S F và 16S R đã thu được gen mã hoá 16S rARN của chủng vi khuẩn HN16. Kết quả điện di đồ trên hình cho thấy sản phẩm PCR thu được 1 băng rất đặc hiệu. Kích thước phân tử vào khoảng 1,5 kb tương đương với tính toán lý thuyết.
* Xác định trình tự gen 16S rARN của chủng vi khuẩn HN16
Sản phẩm PCR sau tinh sạch được dùng trực tiếp để xác định trình tự nucleotit của gen 16S rARN. Sử dụng đoạn mồi đã gắn huỳnh quang của bộ hoá chất chuẩn, phân tích trên máy xác định trình tự ADN tự động, xử lí bằng chương trình PC/GENE. Truy cập ngân hàng gen để tìm những loài đã đăng ký có trình tự tương đồng. Trình tự đoạn gen 16S rARN của chủng HN16được thể hiện ở hình 3.28 và bảng 3.29
K16 69Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật
Trình tự đoạn gen 16S rARN của chủng HN16được thể hiện ở hình 3.28