Chúng tôi tiến hành giải trình tự 01 mẫu sán trƣởng thành tại Bắc Giang (BGS1), 01 mẫu trứng trên trâu bò tại Thanh Hóa (THT2), 01 mẫu trứng trên ngƣời tại Nghệ An (NA6). Sau đó kết quả giải trình tự đƣợc Blast trên GENBANK để so sánh độ tƣơng đồng. Kết quả nhƣ sau:
50
Hình 3.15. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu THT2 (H5) với trình tự mẫu F. hepatica của Niger (AM900370.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
51
Hình 3.15 cho thấy trình tự ITS-2 của mẫu trứng Thanh Hóa (THT2) sai khác 2 nucleotide so với mẫu F. hepatica của Niger (AM900370.1), độ tƣơng đồng 99 %.
Hình 3.16. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu THT2 (H5) với trình tự mẫu F. gigantica của Niger (JN828955.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
52
Hình 3.16 cho thấy trình tự ITS-2 của mẫu trứng Thanh Hóa (THT2) sai khác 13 nucleotide so với mẫu F. gigantica của Niger (JN628955.1), độ tƣơng đồng 99 %.
Hình 3.17. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu BGS1 (H3) với trình tự mẫu F. gigantica của Niger (AM900370.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
53
Hình 3.17 cho thấy trình tự ITS-2 của mẫu sán Bắc Giang (BGS1) sai khác 5 nucleotide so với mẫu F. gigantica của Niger (AM900370.1), độ tƣơng đồng 99 %.
Hình 3.18. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu BGS1 (H3) với trình tự mẫu F. hepatica của Tây Ban Nha (AM709649.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
54
Trình tự ITS-2 của mẫu sán Bắc Giang (BGS1) sai khác 14 nucleotide so với mẫu F. hepatica của Tây Ban Nha (AM709649.1), độ tƣơng đồng 99 % (Hình 3.18).
Hình 3.19. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu NA6 (H6) với trình tự mẫu F. hepatica của Tây Ban Nha (AM709499.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
55
Trình tự ITS-2 của mẫu trứng sán trên ngƣời tại Nghệ An (NA6) sai khác 14 nucleotide so với mẫu F. hepatica của Tây Ban Nha (AM709499.1), độ tƣơng đồng 99 % (Hình 3.19).
Hình 3.20. Kết quả so sánh trình tự ITS-2 của mẫu NA6 với trình tự mẫu F. gigantica của Niger (AM850108.1) (độ tƣơng đồng 99%) trên GENBANK
56
Trình tự ITS-2 của mẫu trứng sán trên ngƣời tại Nghệ An (NA6) sai khác 5 nucleotide so với mẫu F. gigantica của Niger (AM850108.1), độ tƣơng đồng 99 % (Hình 3.20).
Nhƣ vậy, chúng tôi nhận thấy sau khi chạy Blast trên GENBANK, kết quả cho thấy mẫu trứng SLGL trên trâu bò tại Thanh Hóa (mẫu THT2) trong nghiên cứu này có mối quan hệ gần gũi với cả F. hepatica và F. gigantica của Niger (độ tƣơng đồng 99 %) (Hình 3.15 và hình 3.16); mẫu SLGL tại Bắc Giang (mẫu BGS1) trong nghiên cứu này có quan hệ gần gũi với SLGL F. gigantica của Niger và F. hepatica
của Tây Ban Nha (độ tƣơng đồng 99 %) (Hình 3.17 và hình 3.18); mẫu trứng SLGL trên bệnh nhân tại Nghệ An (mẫu NA6) có quan hệ gần với SLGL F. gigantica của Niger và F. hepatica của Tây Ban Nha (độ tƣơng đồng 99%) (Hình 3.19 và hình 3.20).
Bảng 3.10. Vị trí biến đổi của nucleotide của vùng gen ITS-2 của mẫu sán [11]
Mẫu Vị trí nucleotide số 327 Tổng số cặp
nucleotide Định loại sán
Australia (EU260058) T 362 F. hepatica
THT2 T 362 F. hepatica
BGS1 - 361 F. gigantica
NA6 - 361 F. gigantica
Indonesia (EU260080) - 361 F. gigantica
Sản phẩm PCR-RFLP sau khi giải trình tự đƣợc so sánh với ITS-2 của các mẫu ở Indonesia (đặc trƣng cho loài F. gigantica thuần) và mẫu ở Australia (đặc trƣng cho loài F. hepatica thuần) [11, 44]. Kết quả cho thấy tại vị trí 327, mẫu THT2 có chứa nucleotide T, mẫu BGS1 và mẫu NA6 không có nucleotide T (Bảng 3.10). Nhƣ vậy, mẫu trứng trên trâu bò tại Thanh Hóa giống với F. hepatica, mẫu sán trƣởng thành tại Bắc Giang và mẫu trứng trên ngƣời tại Nghệ An giống với F. gigantica. Kết quả này trùng với kết quả của Nguyễn Thị Giang Thanh và CS (2010) [22], Nguyễn Văn Đề (2011) [11], Lê Thanh Hòa và CS (2008) [44].
57
Bảng 3.11. Sự sai khác và mức độ tƣơng đồng về nucleotide của các mẫu SLGL tại điểm nghiên cứu với F. gigantica của Niger
Ký hiệu Nơi phân lập Số nucleotide sai
khác (nu) Tỷ lệ tƣơng đồng (%) F.g_NG Niger 0 100 Fas.BG Bắc Giang 13 98,59 Fas.NA Nghệ An 5 99,47
Fas.TH Thanh Hóa 13 98,59
Bảng 3.11 cho thấy trình tự chuỗi nucleotide gen ITS-2 của các mẫu SLGL trong nghiên cứu này có tỷ lệ tƣơng đồng cao so với F. gigantica của Niger. Mẫu SLGL của Bắc Giang và mẫu trứng SLGL trên trâu bò tại Thanh Hóa có 13 nucleotide sai khác và mức độ tƣơng đồng đạt 98,59 %. Mẫu trứng SLGL trên ngƣời tại Nghệ An có 5 nucleotide sai khác và mức độ tƣơng đồng đạt 99,47 %.
58