Bên cạnh những thành tích đã đạt được, công tác phát hiện, xử lý vi phạm pháp luật và tội phạm hối lộ của các cơ quan bảo vệ pháp luật còn rất nhiều những bất cập hạn chế. Tình trạng xử lý tội phạm còn thiếu nghiêm minh, chưa công bằng, chưa thống nhất theo yêu cầu của pháp luật, thiên về xử lý quá nhẹ, xử lý không tương xứng với tính chất của tội phạm, không đúng với yêu cầu của khung hình phạt. Nhiều địa phương, Bộ, ngành có các ban chỉ đạo chống hối lộ nhưng hoạt động yếu, thiếu hiệu quả, nhiều cấp uỷ Đảng chưa vào cuộc một cách kiên quyết nên để cho hối lộ len lỏi vào một số cơ quan bảo vệ pháp luật, và cả những ngành mà từ trước tới nay được coi là trong sáng như giáo dục, y tế, khoa học như vụ hối lộ bác sỹ lấy giấy chứng nhận tâm thần ở Biên Hoà: Trong thời gian Nguyễn Trọng Huy (kẻ phạm tội cướp tài sản) được theo dõi giám định tại Bệnh viện tâm thần tỉnh Biên Hoà, người nhà của Huy đã đem 20 triệu đồng và 2 hộp rượu hối lộ bác sỹ. Trước khi phạm tội này, Huy đã từng gây ra nhiều vụ án nghiêm trọng, trong đó có cướp 40 cây vàng tại Phổ Yên (Thái nguyên). Nhưng khi công an bắt, Huy giơ giấy chứng nhận mắc bệnh tâm thần để được tha. Hay vụ làm giả 692 bộ hồ sơ thương binh ở Ninh Bình.
Tội phạm hối lộ có chủ thể chủ yếu là người có chức vụ, quyền hạn nên hình phạt bổ sung là cách chức, cho thôi việc phát huy tác dụng trừng phạt,
giáo dục rất cao. Có thể nói, đây là cách xử lý nặng nhất đối với viên chức Nhà nước vì nó cắt đứt cả đời sống chính trị lẫn con đường sống của họ. Nhưng trên thực tế một số tội phạm về hối lộ không những được xử lý quá nhẹ mà một bộ phận khá lớn những kẻ bị xử lý lại được giao những nhiệm vụ quan trọng khác, đúng như người ta thường nói: "Nhảy ra khỏi kho thóc, lại rơi vào chum mật ong". Trong 449 bị cáo bị đưa ra xét xử chỉ có 24 bị cáo bị áp dụng hình phạt bổ xung, chiếm 5%. Tình trạng này dẫn đến tâm lý, thái độ coi thường pháp luật của kẻ phạm tội và người dân. Điển hình là trong vụ án nhận hối lộ ở Tổng công ty dầu khí: Khi còn làm giám đốc công ty PTSC, Nguyễn Quang Thường đã có nhiều sai phạm trực tiếp trong việc thực hiện dự án " cải tạo nhà 154 Nguyễn Thái Học thành văn phòng làm việc, giao dịch của công ty PTSC và công ty PVIC (công ty bảo hiểm dầu khí)" với số vốn đầu tư gần 23 tỷ đồng. Qua thanh tra dự án này, thanh tra nhà nước đã kết luận tổng số tiền sai phạm phải xử lý là 1,97 tỷ đồng, trong đó xuất toán khỏi giá trị công trình gần 1,19 tỷ đồng, thu nộp trả lại ngân sách nhà nước trên 150 triệu đồng, loại khỏi chi phí vốn đầu tư, quyết toán bằng nguồn vốn khác trên 636 triệu đồng. Thanh tra Nhà nước đã yêu cầu Hội đồng quản trị Tổng công ty dầu khí Việt Nam chỉ đạo kiểm điểm và xử lý kỷ luật hành chính đối với ông Thường. Nhưng ông Thường vẫn được nguyên tổng giám đốc Nguyễn Xuân Nhậm đưa lên làm Phó tổng giám đốc Petro Việt nam.
Trong quan điểm nhận thức của các cơ quan bảo vệ pháp luật, còn có một số người thiếu trách nhiệm, hữu khuynh, né tránh ngại va chạm, sợ mất ghế dẫn đến các vụ án, các cuộc kiểm tra, kiểm soát bị giải quyết chậm, không triệt để, bỏ lọt nhiều tội phạm, vi phạm. Việc tổ chức phối hợp hoạt động giữa các cơ quan bảo vệ pháp luật với nhau, giữa các cơ quan bảo vệ pháp luật với các cơ quan nhà nước khác để phát hiện, xử lý tội phạm chưa đồng bộ, chưa phát huy được sức mạnh tổng hợp, chưa gắn kết chặt chẽ dẫn đến yếu tố hồ sơ phải trả đi trả lại nhiều lần làm kéo dài thời gian truy tố, xét xử. Mặt khác, do nhận thức chưa thống nhất nên trong nhiều vụ án tiến độ giải quyết bị kéo dài, còn hiện tượng "trống đánh xuôi, kèn thổi ngược".
Trong vụ án" Vũ Ngọc Hùng và đồng bọn phạm tội môi giới hối lộ ...". Trong quá trình điều tra, Công an TP. Hồ Chí Minh đã phát hiện dấu hiệu tiêu cực của một số cán bộ điều tra phòng PA 24 Công an tỉnh Đồng Nai. Ban giám đốc công an tỉnh Đồng Nai đã thành lập một tổ công tác để điều tra và Cơ quan cảnh sát điều tra công an tỉnh Đồng Nai đã khởi tố vụ án hình sự và khởi tố bị can đối với Vũ Ngọc Hùng, và đồng bọn về hành vi môi giới hối lộ. Nhưng đã 07 năm trôi qua, cơ quan chức năng vẫn chưa điều tra ra kẻ nhận hối lộ. Theo cơ quan cảnh sát điều tra, các bị can đã khai báo nhận tiền của Minh và Hoàng (bị can trong vụ án tổ chức làm giả giấy tờ, ghép ảnh, thay người xuất cảnh trái pháp luật) nhiều lần với tổng số tiền 16.500 USD để đưa cho ông Lê Xuân Vinh, cán bộ phòng PA 24 Công an tỉnh Đồng Nai. Ông Vinh đã nhận và đưa tiền cho một số cán bộ bảo vệ pháp luật tỉnh Đồng Nai để các bị can được tại ngoại và vụ án được đình chỉ điều tra. Trong số những người nhận tiền có trưởng phòng PA 24 C.T.N.M, 01 phó phòng PA 24, 02 cán bộ khác của phòng này và ông phó viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tỉnh H.V.N. Tuy nhiên, các cán bộ này đều khai "không nhận hối lộ". Khi cơ quan điều tra đề nghị Viện kiểm sát tỉnh Đồng Nai gia hạn điều tra và phê chuẩn lệnh tạm giam với bị can Hoàng (là đối tượng trực tiếp đưa hối lộ) thì Viện Kiểm sát đã từ chối đề nghị này. Còn khi quyết định phục hồi điều tra, Cơ quan điều tra lại không thông báo cho Viện kiểm sát biết để giám sát. Theo nhận định của Viện trưởng Viện kiểm sát tối cao thì đây là vụ án đã vi phạm nghiêm trọng các quy định của Bộ luật tố tụng về công tác điều tra và kiểm sát điều tra". Quá trình điều tra lại không tích cực, triệt để nên đã khởi tố sai tội danh, không đúng bản chất vụ án. Viện trưởng VKSNDTC đã quyết định huỷ bỏ các quyết định trái pháp luật về vụ án " Vũ Ngọc Hùng và đồng bọn phạm tội môi giới hối lộ ..." của cơ quan điều tra, viện kiểm sát tỉnh Đồng Nai đồng thời giao cho cơ quan an ninh điều tra của Bộ công an ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can để tiếp tục điều tra, kết luận. [42]
Công tác xây dựng lực lượng còn có mặt hạn chế. Chất lượng đội ngũ cán bộ của các cơ quan bảo vệ pháp luật hiện nay chưa theo kịp với tiến trình
cải cách tư pháp, phát triển kinh tế. Một số nhiệm vụ về tổ chức, cán bộ triển khai còn chậm. Việc quản lý cán bộ ở một số VKS, toà án, cơ quan điều tra địa phương còn chưa chặt chẽ. Một bộ phận cán bộ công chức thiếu ý chí phấn đấu rèn luyện dẫn đến vi phạm kỷ luật nghiệp vụ và vi phạm pháp luật.