Mặc dù trong những năm gần đây, EU đã trở thành một trong những đối tác đầu tư lớn nhất tại Việt Nam nhưng lượng FDI Việt Nam thu hút được từ EU nhỏ hơn rất nhiều so với lượng FDI mà các quốc gia khác nhận được. Bên cạnh đó, các dự án FDI của EU tại Việt Nam đa số là các dự án vừa và nhỏ, chưa tương xứng với
tiềm lực của phía EU cũng như nguyện vọng, mong muốn từ phía Việt Nam.
Ngoài các nguyên nhân khách quan từ phía EU cùng với tình hình kinh tế thế giới phức tạp thì các nguyên nhân dẫn đến những hạn chế này chủ yếu xuất phát từ phía Việt Nam.
Về công tác quy hoạch: Các dự án đầu tư nói chung và các dự án đầu tư
nước ngoài nói riêng về nguyên tắc thì chỉ được phê duyệt khi phù hợp với quy hoạch. Nếu quy hoạch chưa có hoặc có mà không rõ ràng, cụ thể thì việc bố trí các dự án đầu tư sẽ khó khăn, nguy cơ rủi ro lớn cho các nhà đầu tư và nền kinh tế. Hiện nay ở Việt Nam chất lượng các dự án quy hoạch phát triển kinh tế xã hội rất thấp, các điều kiện thực hiện quy hoạch chưa được ghi rõ, quy hoạch về tổ chức lãnh thổ ở nhiều nơi còn tình trạng chồng chéo, không ăn khớp, gây lãng phí, quy hoạch phát triển khu công nghiệp chưa gắn với khả năng thu hút đầu tư, thiếu quy hoạch phát triển khu dân cư làm phát sinh nhiều vấn đề phức tạp. Những vấn đề này đã làm giảm sức thu hút đầu tư trực tiếp của Việt Nam với các nhà đầu tư EU.
Về hệ thống luật pháp và thủ tục hành chính: Nhiều thủ tục hành chính kéo
dài ảnh hưởng kết quả sản xuất kinh doanh; hệ thống luật pháp về đầu tư nước ngoàituy đã được cải thiện nhưng vẫn chưa rõ ràng, chưa thực sự minh bạch và còn chồng chéo dẫn tới lúng túng trong việc triển khai thực hiện.
Sự yếu kém còn bộc lộ rõ trong khâu thẩm định dự án, dẫn đến hiện tượng
rất nhiều dự án đã xây dựng xong, hoặc đã được cấp giấy phép, nhưng chỉ trong một thời gian ngắn xin hoãn, hoặc huỷ bỏ, hoặc giải thể trước thời hạn. Xin nêu dẫn chứng cụ thể, Pháp có tới 31 dự án giải thể trước thời hạn (chiếm tới 23,5% tổng số dự án). CHLB Đức có công ty xây dựng văn phòng Badaco - Wego cũng xin hoãn trong việc xây dựng trung tâm thương mại tại thành phố Hồ Chí Minh, Bỉ xin hoãn trong dự án gia công chế tác kim cương. Tuy đây là các dự án nhỏ, nhưng như chúng ta đã biết, dự án nhỏ thường đầu tư đi tiên phong, nếu thuận lợi mới thu hút được những dự án lớn, vì thế đây chính là một nguyên nhân khiến vốn đầu tư của EU chiếm tỷ lệ chưa cao trong thời gian qua.
Chuyên môn của các cán bộ, Ban ngành quản lý: Các cán bộ Ban, Ngành
quản lý dự án FDI chưa có chuyên môn cao, chưa đủ năng lực để đánh giá được hoạt động thực tế của các doanh nghiệp. Đồng thời có hiện tượng chồng chéo về chức năng và nhiệm vụ giữa các Bộ, Ban, Ngành, chưa có sự liên kết theo chiều ngang gây ra sự khác nhau giữa các quy định về cùng một vấn đề gây khó khăn cho các doanh nghiệp trong việc thực thi pháp luật.
kết cấu hạ tầng của Việt Nam mặc dù đã được đầu tư nhiều trong một vài năm trở lại đây nhưng vẫn còn yếu kém, chưa đáp ứng được nhu cầu của các nhà đầu tư và doanh nghiệp, đặc biệt là hệ thống cấp điện, nước, đường giao thông, cảng biển, hệ thống kết cấu hạ tầng ngoài hàng rào các khu công nghiệp,… do đó nguồn vốn FDI nói chung và nguồn vốn từ các nước EU nói riêng còn bị hạn chế và chưa tương xứng với tiềm năng của các địa phương. Hệ thống ngân hàng, tài chính của nước ta chưa vững mạnh trong các vấn đề liên quan đến ngoại tệ, vấn đề giải ngân, cho vay cũng làm mất lòng tin đối với nhà FDI.
Hoạt động xúc tiến đầu tư: Việt Nam chưa tổ chức được những cuộc vận
động xúc tiến nào có quy mô lớn với các nước thành viên EU, làm cho các nhà đầu tư này chưa thấy được thiện chí của Chính phủ Việt Nam cũng như những thông tinđầy đủ về môi trường đầu tư tại Việt Nam. Do vậy họ không khỏi ngần ngại khi đầu tư vào Việt Nam.
Sự thiếu hụt lao động trình độ cao và sự chênh lệch về công nghệ: Tình
trạng trình độ lao động yếu kém, thiếu hụt nguồn lao động đã qua đào tạo ngày càng rõ rệt, không chỉ xảy ra ở các khu kinh tế mới hình thành mà còn ở cả những trung tâm công nghiệp như Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Đồng Nai, Bình Dương... Sự thiếu hụt về các cán bộ giỏi hoặc công nhân kỹ thuật cao, cộng thêm khoảng cách lớn về công nghệ cũng như phương pháp quản lý giữa Việt Nam và EU, khiến cho việc tiếp nhận công nghệ cao là rất khó khăn, các nhà đầu tư nước ngoài thường phải bỏ tiền ra để đào tạo lại cho các lao động Việt Nam.
Về vấn đề chính sách và tham nhũng: Các chính sách dài hạn của Việt Nam
thường được xác định một cách ổn định và rõ ràng nhưng các chính sách ngắn hạn thì lại thường xuyên thay đổi. Đây cũng là một nguyên nhân làm cho nhà đầu tư nước ngoài có thái độ dò xét trong việc đầu tư, đặc biệt đối với những nhà đầu tư của EU. Mặt khác, tệ quan liêu ở một bộ phận cán bộ nhà nước đã gây khó khăn không nhỏ cho các nhà đầu tư nước ngoài. Trong thời gian gần đây, tham nhũng là vấn đề nổi cộm ở Việt Nam, đây là nguyên nhân làm giảm tính hấp dẫn của môi trường đầu tư Việt Nam. Vì nếu Chính phủ tham nhũng sẽ dẫn đến sự không tin tưởng vào sự lãnh đạo của Chính phủ, rất dễ gây ra bất ổn về chính trị.