được Tổng Cục thuế ban hành.
Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định 528/QĐ-TCT ngày 29/5/2008 quyết định về việc ban hành quy trình kiểm tra thuế trong đó kèm theo quy trình kiểm tra thuế quy định rõ nội dung quy trình kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế và kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế. Nội dung các bước công việc này có mối quan hệ mật thiết và gắn bó với nhau trong suốt quá trình kiểm tra. Do vậy, không được bỏ qua hay coi nhẹ bất kỳ một bước công việc nào trong công tác kiểm tra thuế nói chung và kiểm tra DN NQD nói riêng.
Việc lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra cần phải nắm vững thông tin về doanh nghiệp như loại hình doanh nghiệp, đặc điểm tổ chức sản xuất kinh doanh, đặc điểm ngành nghề kinh doanh, chế độ hóa đơn chứng từ, tình hình tuân thủ pháp luật của đơn vị,… Trên cơ sở đó xác định mục tiêu, xây dựng kế hoạch kiểm tra cụ thể, bố trí cán bộ chuyên sâu theo ngành phù hợp với nội dung và mục tiêu đề ra. Đây là bước đầu tiên nhưng hết sức quan trọng vì nếu làm tốt công việc này thì hiệu quả công tác kiểm tra sẽ được nâng lên về mặt chất lượng, tiết kiệm được thời gian và nhân lực.
Trong khi tiến hành kiểm tra doanh nghiệp, sau khi xem xét các chứng từ, sổ sách kế toán và các tài liệu các do doanh nghiệp xuất trình, đoàn kiểm tra cần vận dụng phương pháp tiến hành kiểm tra đơn giản, đi đúng trọng tâm, trọng điểm, tránh sa vào những công việc vụn vặt, không có hướng đi rõ rệt.Trong khi kiểm tra thực tế có phát sinh những vấn đề phát sinh mà chính sách, chế độ chưa đề cập tới thì phải có công văn xin ý kiến của cấp trên trước khi đưa ra kiến nghị, kết luận, tránh vận dụng tùy tiện chế độ để giải quyết sự việc. Sau mỗi phần tiến hành công việc cần có sự ký nhận số liệu giữa đoàn kiểm tra và đơn vị để làm hồ sơ chứng lý cho việc lập biên bản kết luận kiểm tra.
Sau mỗi cuộc kiểm tra các đoàn kiểm tra cần tổ chức đúc rút kinh nghiệm để phát huy tác dụng trong các đợt kiểm tra và đề xuất kiến nghị của các doanh nghiệp về chế độ chính sách và qua thực tế nắm bắt, thấy được những bất cập trong chính sách để từ đó có những kiến nghị nhằm sửa đổi, bổ sung để các chính sách, chế độ ngày càng hoàn thiện hơn.
Việc tổng hợp, lưu trữ tài liệu kiểm tra thuế cũng cần được chú trọng, thực hiện khoa học và đúng các quy định để thuận tiện cho việc báo cáo,
bàn giao sử dụng hay tìm kiếm trong trường hợp xem xét các khiếu nại, tố cáo của doanh nghiệp.