Để tăng cường công tác kiểm tra thuế các DN NQD nhằm khai thác mọi nguồn thu, chống thất thu cho NSNN, góp phần chống tham nhũng, đồng thời hướng dẫn thực hiện đúng, đầy đủ nghiêm túc quy trình hành thu do Tổng cục Thuế quy định, công tác kiểm tra thuế tại Cục Thuế tỉnh Hải Dương đã được xây dựng dựa trên nhiệm vụ Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế giao hàng năm. Trên cơ sở nhiệm vụ đó, Cục Thuế Hải Dương lại tiếp tục giao nhiệm vụ kiểm tra các DN NQD cho các phòng kiểm tra thuộc Cục thuế và các Chi cục huyện, thành phố trực thuộc Cục Thuế tỉnh.
Cục Thuế tỉnh Hải Dương cũng định hướng việc nhiệm vụ kiểm tra tại các DN NQD đồng thời định hướng lựa chọn các doanh nghiệp lỗ (từ 2 năm trở lên); doanh nghiệp lỗ nhưng vẫn mở rộng sản xuất kinh doanh; doanh nghiệp có số lỗ vượt vốn chủ sở hữu; doanh nghiệp có hoàn thuế lớn; doanh nghiệp có số thuế âm liên tục 3 tháng lớn không đề nghị hoàn thuế; doanh nghiệp không chấp hành tốt chế độ kế toán, hóa đơn chứng từ; doanh nghiệp liên doanh, liên kết; doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế,…
Cục Thuế cũng định hướng trong việc thường xuyên trao đổi đối chiếu, xác minh số liệu với các cơ quan chức năng để kịp thời phát hiện các DN NQD có gian lận trong việc khai nộp thuế như cơ quan hải quan, ngân hàng, … Phối hợp với cơ quan công an, quản lý thị trường,…trong việc phòng chống gian lận, trốn thuế. Tăng cường triển khai phổ biến, tuyên truyền chính sách, quy trình, thủ tục kiểm tra để đảm bảo hoạt động kiểm tra được thực hiện thống nhất, chặt chẽ trong toàn ngành. Tổ chức bôi dưỡng kiến thức về kế toán, về ứng dụng các phần mềm quản lý rủi ro cho cán bộ kiểm tra.
Cục Thuế tỉnh Hải Dương định hướng tích cực đổi mới phương pháp; nâng cao chất lượng công tác kiểm tra kê khai (hồ sơ khai thuế hàng tháng, quý), tích cực phân tích rủi ro tại bàn (đối với hồ sơ chuẩn bị kiểm tra tại doanh nghiệp), đảm bảo công tác kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế thiết thực, hiệu quả hơn; phấn đấu 100% hồ sơ kê khai được kiểm tra tại cơ quan thuế.
Tiếp tục đẩy mạnh ứng dụng và phát triển kỹ thuật quản lý rủi ro trong công tác kiểm tra, phân loại doanh nghiệp nợ thuế, các khoản nợ thuế ở mức độ cao hơn và hiệu quả tốt hơn như: mở rộng ứng dụng phần mềm phân tích rủi ro của người nộp thuế để lập kế hoạch kiểm tra thuế cho các Chi cục Thuế; Kịp thời xây dựng và triển khai phần mềm ứng dụng kiểm tra hồ sơ khai thuế GTGT tại cơ quan thuế; nâng cấp ứng dụng hỗ trợ kiểm tra thuế, thu nợ thuế phù hợp với quy trình kiểm tra và quản lý nợ thuế.
Năm 2013, cục Thuế Hải Dương lập kế hoạch kiểm tra các DN NQD dựa trên quyết định 2249/QĐ-TCT ngày 28/12/2012 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc giao nhiệm vụ kiểm tra các doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh Hải Dương trong đó số đơn vị giao là 756 doanh nghiệp. Trên cơ sở đó, cục Thuế lại tiếp tục giao nhiệm vụ kiểm tra cho các phòng kiểm tra và các chi cục huyện, thành phố theo quyết định số 230 để bố trí lực lượng tổ chức triển khai thực hiện nhiệm vụ kiểm tra được giao.
Công tác lập kế hoạch kiểm tra đối với các DN NQD của Cục Thuế tỉnh Hải Dương nhìn chung đã bám sát tình hình thực tiễn cuả các DN NQD trên địa thành phố và cũng như trên địa bàn các Chi cục trực thuộc. Đồng thời việc lập kế hoạch kiểm tra các DN NQD cũng đã tính đến khả năng và lực lượng của cán bộ thuế làm công tác kiểm tra trên các địa bàn này.
Tuy nhiên, việc lập kế hoạch kiểm tra đối với DN NQD cần có tính chuyên sâu hơn nữa, nên lập kế hoạch kiểm tra theo chuyên đề, có trọng tậm
trọng điểm, bám sát các vấn đề nổi cộm của các DN NQD để nâng cao hiệu quả công tác kiểm tra đối với khu vực này.