Việc phân loại nấm dựa vào đặc điểm hình thái, cơ chế trao đổi chất, cấu trúc vách tế bào và thành phần protein nên kết quả phân loại thường không chính xác và cần khoảng thời gian dài. Việc so sánh dựa trên trình tự nucleotid được giải mã của vùng ITS – rDNA được xem là cơ sở chính xác để phân loại nấm cũng như xác định tính đa dạng di truyền của sinh vật cũng như các dòng nấm [63]. rDNA chứa các vùng bảo tồn (18S, 28S, 5,8S), vùng ít bảo tồn (ITS) và vùng biến động hơn (IGS). Những vùng này có thể được sử dụng để phân tích sự phát sinh loài và sự đa dạng di truyền của sinh vật [20].
15
Hình 1.3. Sơđồ vùng rDNA-ITS của nấm
Bằng việc sử dụng vùng trình tự rDNA ITS1-5.8S-ITS2, Dodd và cs (2002) [41] chỉ
ra rằng Hypocrecea pulvinata và Hypocrecea sulphurea tạo thành hai phân nhóm khác nhau. Kullnig-Gradinger và cs (2002) [89] đã áp dụng nhiều phương pháp tiếp cận đa gen đặc biệt là vùng ITS của operon ribosome để định danh các loài
Trichoderma.
Gần đây, Hebert và cs (2003) [72] đã đưa ra nguyên lý mã vạch DNA (DNA barcode, sự khác biệt trình tự trong khoảng 400 nucleotid liên tục của DNA ty thể) như một công cụ được chọn để phân tích các loài trong giới động vật. Công trình của họ dựa trên việc sử dụng các gen cytochrome-c oxidase (COI). Nguyên tắc này cũng đã được áp dụng trên các locus khác ởđộng vật nguyên sinh [10, 55]
Druzhinina và cs (2005) [44] đã phát triển mã vạch oligonucleotid DNA như một công cụđịnh danh các loài Hypocrea và Trichoderma một cách nhanh chóng. Công cụ này được gắn vào chương trình TrichOKey v 1.0, giao diện web thân thiện với người dùng trên nền tảng một thư viện nhỏ, về cơ bản trình tự oligonucleotid từ các locus ITS 1 và 2 không thay đổi và đặc hiệu cho loài.
Hagn và cs (2007) [65] đã thiết kế và thử nghiệm một cặp mồi chuyên biệt cho giống nhằm khuếch đại vùng rDNA ITS1-5.8S-ITS2 của các loài nấm Trichoderma
từ tất cả các nhóm (clade) đã mô tả. Chúng có thểđược sử dụng để phát hiện, giám sát và định lượng các mẫu từ môi trường không phụ thuộc vào việc nuôi cấy.
16