Thứ nhất, một số Bộ, ngành, địa phương do chưa nhận thức đầy đủ và đúng mực về ý nghĩa, vai trò của Luật TNBTCNN nên chưa thực sự quan tâm, chỉ đạo thực hiện công tác bồi thường nhà nước một cách thường xuyên, có hiệu quả tại Bộ, ngành, địa phương mình [11, Tr.12]. Mặc dù hàng năm, Bộ tư pháp đều có văn bản đề nghị các địa phương phối hợp chỉ đạo triển khai Luật TNBTCNN nhưng các cơ quan, đơn vị nhà nước chưa có sự quan tâm đúng mực đối với vấn đề này. Mặt khác, số vụ việc mà các cơ quan giải quyết bồi thường nhà nước đã thụ lý, giải
quyết trong cả ba lĩnh vực quản lý hành chính, tố tụng và thi hành án là không nhiều, chưa phản ánh thực chất tình hình vi phạm pháp luật của đội ngũ công chức, nhất là trong hoạt động quản lý hành chính. Theo báo cáo của các Bộ, ngành, UBND cấp tỉnh thì có tới 20 Bộ, cơ quan ngang Bộ và 39 địa phương không phát sinh vụ việc yêu cầu bồi thường trong lĩnh vực quản lý hành chính, trong khi các cơ quan quản lý hành chính, hàng năm phải giải quyết rất nhiều khiếu nại, tố cáo của cá nhân, tổ chức, đặc biệt trong lĩnh vực xử phạt vi phạm hành chính, cấp, thu hồi đất đai v.v... [3, Tr.21]. Do đó, nhiều cơ quan có tâm lý chủ quan, không thường xuyên nghiên cứu, tìm hiểu thấu đáo các quy định của pháp luật về TNBTTHCNN, chỉ đến khi có vụ việc mới phân công, chỉ đạo công chức tham mưu thực hiện, dẫn đến việc thiếu chủ động và không kịp thời trong thực hiện công tác bồi thường nhà nước.
Thứ hai, tổ chức, biên chế thực hiện công tác bồi thường nhà nước từ trung ương đến địa phương còn bất cập và thiếu đồng bộ. Đội ngũ cán bộ, công chức đảm nhiệm công tác bồi thường tại các cơ quan, đơn vị chủ yếu là kiêm nhiệm (808 công chức kiêm nhiệm trên tổng số 846 công chức được giao làm công tác bồi thường nhà nước, chỉ có 38 công chức chuyên trách thực hiện nhiệm vụ này, trong đó đã bao gồm 27 công chức, viên chức thuộc Cục Bồi thường nhà nước, Bộ Tư pháp) [3, Tr.19]. Do đó sự ổn định và chuyên sâu về nghiệp vụ chưa cao, ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng hoạt động. Theo kết quả khảo sát về tình hình đội ngũ công chức làm công tác bồi thường nhà nước trong hoạt động thi hành án dân sự được thực hiện năm 2012 tại 9 tỉnh, thành phố (Hải Phòng, Phú Yên, Lạng Sơn, Tuyên Quang, Yên Bái, Cần Thơ và An Giang) cho thấy có 376/1000 công chức trả lời là nắm vững kỹ năng, nghiệp vụ (chiếm 37,6%) và 557/1000 công chức trả lời chưa nắm vững nghiệp vụ (chiếm 55,7%) [20, Tr.9,10].
Thứ ba, công tác phổ biến, giáo dục Luật TNBTCNN vẫn chưa thực sự được quan tâm đúng mức. Công tác này mới chủ yếu được thực hiện đối với đối tượng là cán bộ, công chức mà ít triển khai đến đối tượng là người dân, doanh nghiệp vì vậy nhận thức pháp luật của người dân còn chưa đầy đủ, thậm chí nhiều người dân còn chưa biết đến có Luật TNBTCNN [16, Tr.21]. Kinh phí dành cho phổ biến pháp luật về TNBTTHNN rất ít, các Báo cáo viên pháp luật cũng không phải là những
người có trình độ chuyên môn sâu về pháp luật bồi thường nhà nước, nên hiệu quả phổ biến, giáo dục chưa cao. Bên cạnh đó, tại một số địa phương, do chưa thực sự nắm bắt được những tinh thần đổi mới của Luật TNBTCNN nên phát sinh tâm lý e ngại và cho rằng nếu tuyên truyền, phổ biến Luật TNBTCNN đến người dân thì sẽ làm phát sinh nhiều trường hợp yêu cầu bồi thường. Do đó, trên thực tế, còn một số địa phương không thực hiện việc phổ biến, tuyên truyền Luật TNBTCNN đến người dân hoặc thực hiện chỉ mang tính hình thức.
Thứ tư, ý thức trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong giải quyết bồi thường còn yếu kém; trình độ chuyên môn nghiệp vụ của các cán bộ công chức làm công tác bồi thường còn bộc lộ nhiều hạn chế. Theo Luật TNBTCNN, cơ quan giải quyết bồi thường được quy định theo mô hình phân tán, theo đó, cơ quan có trách nhiệm giải quyết bồi thường là cơ quan trực tiếp quản lý người thi hành công vụ có hành vi trái pháp luật gây ra thiệt hại nên thực tiễn còn tình trạng đùn đẩy, né tránh trách nhiệm giải quyết bồi thường. Quy định như trên dẫn đến thiếu khách quan trong giải quyết bồi thường; người bị thiệt hại gặp khó khăn trong việc xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường hoặc phải yêu cầu cơ quan có thẩm quyền xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường. Bên cạnh đó, công chức thực hiện giải quyết bồi thường không được đào tạo, bồi dưỡng kỹ năng nghiệp vụ giải quyết bồi thường một cách bài bản, thiếu tính chuyên nghiệp, dẫn đến chất lượng giải quyết bồi thường còn thấp nên còn nhiều trường hợp, người bị thiệt hại không đồng ý với kết quả giải quyết bồi thường và khởi kiện ra tòa án.