Có nhiều nguồn thải gây ô nhiễm nguồn nƣớc LVS Nhuệ - Đáy nhƣ các nguồn thải từ: Sản xuất công nghiệp, sinh hoạt từ đô thị đến nông thôn, làng nghề (làng nghề cơ khí, làng nghề chế biến nông sản, thực phẩm...), bệnh viện và từ sản xuất nông nghiệp... Trong đó, nƣớc thải sinh hoạt chiếm 56%, công nghiệp 24%, nông nghiệp 16% và nƣớc thải làng nghề chiếm 4%. Hà Nội thải tới 54% lƣợng nƣớc thải sinh hoạt vào lƣu vực, Hà Tây cũ chỉ có 17 %, Nam Định 13%, Hà Nam 7%, Ninh Bình 5% và Hòa Bình 4% [30].
Để hạn chế ô nhiễm và tiến tới khôi phục lại môi trƣờng sinh thái LVS Nhuệ - Đáy, năm 2008 Chính phủ đã phê duyệt đề án “Đề án tổng thể bảo vệ môi trƣờng LVS Nhuệ - sông Đáy đến năm 2020”, với số kinh phí lên tới hơn 3 nghìn tỷ đồng. Trong đó có ghi: định hƣớng chung đến năm 2020 nhƣ sau:
- Hạn chế, giảm thiểu ô nhiễm và suy thoái môi trƣờng LVS Nhuệ - sông Đáy; từng bƣớc xử lý ô nhiễm, cải thiện, nâng cao chất lƣợng môi trƣờng
58
và chất lƣợng nƣớc các dòng sông, tạo hệ thống dòng chảy ổn định, bảo vệ các công trình thuỷ lợi an toàn, bền vững.
- Xây dựng và hoàn chỉnh hệ thống cơ chế, chính sách đồng bộ nhằm khai thác hợp lý, sử dụng tiết kiệm và bảo vệ nguồn nƣớc, môi trƣờng LVS Nhuệ - sông Đáy; thiết lập mô hình quản lý môi trƣờng lƣu vực phù hợp để khai thác, sử dụng bền vững, duy trì cân bằng nguồn nƣớc, bảo vệ môi trƣờng và cảnh quan sinh thái, phục vụ có hiệu quả nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội trên toàn lƣu vực.
Mặt khác, năm 2008 có đề tài “Đánh giá chất lượng nước sông Nhuệ, sông Đáy phục vụ nuôi trồng thủy sản” của Bộ NN&PTNT do Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản 1 thực hiện. Tuy vậy, những nghiên cứu đánh giá về hàm lƣợng KLN trên các đối tƣợng thuỷ sản trong LVS, những tác động tiêu cực của ô nhiễm KLN và sự tích tụ sinh học của chúng trong các loài cá nuôi, cá tự nhiên, cũng nhƣ tác động với ngành NTTS nói chung và sự phát triển ổn định, bền vững của các loài thuỷ sản quan trọng nói riêng, hầu nhƣ chƣa đƣợc tiến hành. Hơn nữa, sự rủi ro tiềm tàng đối với sức khoẻ con ngƣời khi tiêu thụ các sản phẩm nhiễm độc cũng chƣa đƣợc đánh giá đúng mức và cảnh báo sâu rộng trong cộng đồng.
Sông Nhuệ dài 74 km, bề rộng trung bình từ 30 - 40 m, lấy nƣớc từ sông Hồng qua cống Liên Mạc (Từ Liêm) để tƣới cho hệ thống thuỷ nông Đan Hoài, giúp tiêu nƣớc cho thành phố Hà Nội và chảy vào sông Đáy tại Phủ Lý với tổng diện tích lƣu vực khoảng 1070 km2. Phần thƣợng lƣu, đặc biệt là tại đập Thanh Liệt, khi sông Nhuệ tiếp nhận thêm một khối lƣợng nƣớc thải sinh hoạt và công nghiệp của phần lớn nội thành Hà Nội từ sông Tô Lịch và Kim Ngƣu, nƣớc đã bị ô nhiễm đến mức nghiêm trọng: hàm lƣợng DO, COD, BOD5, NH4, PO4, H2S, NH3 và KLN đều vƣợt quá mức TCCP và không phù hợp cho NTTS trực tiếp trên sông. Từ đập Thanh Liệt đến km7, hàm lƣợng các chất gây ô nhiễm môi trƣờng nƣớc ở đây giảm dần nhƣng mức độ ô nhiễm vẫn cao. Chất lƣợng nƣớc ở vùng hạ lƣu sông Nhuệ đƣợc cải thiện do quá trình tự làm sạch của dòng sông và khối lƣợng chất thải ít đi.
59
Tình trạng ô nhiễm trên sông Nhuệ đã làm giảm sút nguồn lợi thuỷ sản và gây ra sự huỷ diệt hàng loạt thuỷ sinh vật trong những đợt ô nhiễm trầm trọng. Đoạn sông thƣờng xuyên bị ô nhiễm nặng nhất thuộc khu vực thành phố Phủ Lý, Hà Nam, kế đến là khu vực xã Vạn Thái và bến đò Thông. Đây là khu vực bị ảnh hƣởng trực tiếp bởi nƣớc thải từ sông Nhuệ với các thông số DO, H2S và NO2 không phù hợp cho NTTS.
Sông Đáy dài 247 km, trƣớc đây là một phân lƣu tự nhiên của sông Hồng, chảy qua Hà Nội, Hà Nam, Nam Định, Ninh Bình và đổ ra cửa Đáy. Từ năm 1937 sau khi ngƣời Pháp cho xây đập Đáy, nƣớc sông Hồng không thƣờng xuyên chảy vào sông Đáy; sông Đáy trở thành sông tiêu và làm nhiệm vụ phân lũ cho sông Hồng. Chất lƣợng nƣớc sông Đáy khu vực trung và hạ lƣu thay đổi, phụ thuộc nhiều vào chất lƣợng nƣớc các kênh, mƣơng, sông nhánh dồn vào. Dòng chính sông Đáy phải tiếp nhận rất nhiều nguồn nƣớc thải, từ nƣớc thải sản xuất đến sinh hoạt, nên phạm vi và độ ô nhiễm cao. Do vậy, quần xã sinh vật có sự biến động theo mức độ ô nhiễm, thể hiện ở sự biến động của mật độ vi khuẩn và của khu hệ vi tảo.
Tóm lại, do chảy qua các các khu vực dân cƣ, khu công nghiệp và các làng nghề khác nhau nên nguồn nƣớc của sông Nhuệ, sông Đáy bị ảnh hƣởng trực tiếp từ các nguồn nƣớc thải sinh hoạt, nhà máy và làng nghề. Các cơ quan quản lý về môi trƣờng, các tổ chức trong và ngoài nƣớc đã và đang thực hiện nhiều nghiên cứu và đánh giá chất lƣợng nƣớc LVS Nhuệ - Đáy nhằm bảo vệ, khôi phục lại vùng ô nhiễm ở đây.