V. Tổ chức thựchiện
b. Việc ra quyết định
Quy tắc chung của DSB là phải ra quyết định trên cơ sở đồng thuận. Chú thích 1 của Điều 2.4 trong DSU đã xác định rằng sự đồng thuận được coi là đạt được nếu không có thành viên nào tại cuộc họp quyết định về vấn đề này của DSB chính thức phản đối quyết định đã được đề xuất. Điều này có nghĩa là chủ tịch không chủ động hỏi mỗi đại biểu xem có ủng hộ quyết định được đề xuất hay không và cũng không có việc được bỏ phiếu. Chủ tịch chỉ hỏi xem có thể thông qua quyết định không và nếu không có ý kiến phản đối thì chủ tịch có thể thông báo rằng quyết định đã được chấp nhận hoặc thông qua. Nói cách khác, một đại biểu muốn cản trở một quyết định phải có mặt sẵn sàng tại cuộc họp và khi
muốn phải giơ cờ và lên tiếng phản đối. Bất kỳ thành viên nào dù làm một mình cũng có thể ngăn cản việc đưa ra quyết định.
Tuy nhiên khi DSB thành lập Ban hội thẩm, thông qua báo cáo của Ban hội thẩm và Cơ quan Phúc thẩm và khi DSB cho phép trả đũa, thì DSB phải thông qua quyết định, trừ khi có sự đồng thuận chống lại quyết định. Thủ tục ra quyết định đặc biệt này thường được gọi là “đồng thuận phủ quyết” hay “đồng thuận nghịch”. Ở ba giai đoạn quan trọng của quá trình giải quyết tranh chấp đã đề cập (đó là thành lập, thông qua báo cáo và cho phép trả đũa), DSB phải quyết định một cách tự động cho phép hành động được tiến hành, trừ khi có sự đồng thuận không làm như vậy. Điều này có nghĩa là lúc nào cũng chỉ cần một thành viên là có thể ngăn cản được sự đồng thuận phủ quyết này, tức là thành viên đó có thể tránh được việc ngăn cản ra quyết định. Để làm được như vậy, thành viên đó chỉ cần kiên quyết yêu cầu thông qua quyết định.
Không có thành viên nào kể cả bên bị khiếu kiện ảnh hưởng hoặc bên có liên quan) là không được tham gia vào quá trình ra quyết định. Điều này có nghĩa là thành viên đề nghị thành lập Ban hội thẩm, thông qua báo cáo hoặc cho phép tạm hoãn việc thi hành nhượng bộ có thể bảo đảm rằng đề nghị của mình được chấp nhận chỉ bằng cách đưa đề nghị đó vào chương trình nghị sự của DSB. Trong trường hợp thông qua báo cáo của Ban hội thẩm và Cơ quan phúc thẩm, có ít nhất một bên thắng kiện trong tranh chấp đặc biệt quan tâm tới việc thông qua báo cáo. Nói cách khác, bất kỳ thành viên nào có ý định ngăn cản quyết định thông qua báo cáo phải thuyết phục được tất cả các Thành viên WTO khác cùng phản đối hoặc ít nhất thì ở thế bị động. Vì thế đồng thuận phủ quyết chủ yếu là một khả năng mang tính lý thuyết và đến nay vẫn chưa từng có. Do đó, người ta nói đến tính gần như chủ động của những quyết định này trong DSB. Điều này hết sức tương phản với trường hợp phổ biến ở GATT 1947 khi các Ban hội thẩm được thành lập, báo cáo của họ được thông qua và sự trả đũa là được phép chỉ trên cơ sở đồng thuận cùng cho phép. Vì thế, không giống với GATT 1947, DSU không tạo cơ hội để mỗi thành viên có thể ngăn cản quá trình ra quyết định đối với những vấn đề quan trọng. Đồng thuận phủ quyết không được áp dụng ở nơi nào khác trong khuôn khổ ra quyết định của WTO, ngoài hệ thống giải quyết tranh chấp.
Khi DSB áp dụng các quy định giải quyết tranh chấp của hiệp định thương mại nhiều bên thì chỉ những thành viên ký kết hiệp định mới có thể tham gia vào việc DSB ra các quyết định hoặc biện pháp liên quan tới các tranh chấp theo những hiệp định này.
Về phương diện mang tính điều hành hơn trong công việc của DSB thì Nội quy về thủ tục họp của DSB quy định là các Nội quy về thủ tục các phiên họp của Hội nghị Bộ trưởng và các cuộc họp của Đại hội đồng sẽ áp dụng trên cơ sở tuân theo một số quy tắc đặc biệt về chủ tọa, trừ khi được quy định khác trong DSU.