Cuối cùng Hoàng đế phải giao số phận mình cho nước Anh và lên tàu Bellophon. Nhưng nước Anh đã từ chối sự tị nạn của ông tại nước Anh, không cho ông đặt chân lên đất nước này, và đưa thẳng ông đến đảo Sainte Helene và giam giữ ông tại đó.
4/8/1815, trên tàu Bellophon, Hoàng đế đưa ra lời phản kháng cuối cùng với
người Anh rằng ông không phải tù binh của người Anh mà là 1 khách của nước Anh
nên không thể “tiếp đãi” ông như thế. Bức thư này không được trả lời, có lẽ các cấp thừa hành đã xếp nó vào 1 ngăn tủ nào đó để tránh cho Đức vua và chính phủ phải khó xử vì nước Anh là nước luôn luôn có hành động thực tế và không tình cảm, khi hành
động đó thích hợp với quyền lợi của mình, hành động bảo đảm được sự an ninh của
quốc gia mình và thế giới và phải để kẻ thù Bonarparte không thể bước chân lên Châu Mỹ hay cả nước Anh và phải bị giam giữ thật kĩ tạo 1 nơi xa xôi cách biệt nào đó.
Napoleon còn nghĩ đến 1 điều luật quan trọng của nước Anh, điều luật định quyền giam giữ (Habeas Corpors Act) mà người dân Anh rất tôn trọng nhưng với lý do trực tiếp từ các quan chức và tư lệnh quân đội Anh từ chối hợp tác nên đã tránh được sự phải thi hành pháp luật và Napoleon phải chấp nhận, từ nay không còn gì ngăn cản để người Anh để Napoleon đi tới bước đường cùng của số phận lạ lùng của ông. Bườm sẽ công lên và gió thổi lên để đưa ông ta tới đảo Sainte Hetene, nằm trơ trọi giữa Đại Tây Dương.
Những người được chính phủ Anh chấp nhận theo Napoleon là: Bá tước Las Cases và các người hầu cận Marchand, Saint Denis... cùng gia đình. Ngoài ra Bestrand được noi theo 2 người giúp việc, Bà Mondtho đem theo cô Josephine. Về sau người nhà Hoàng đế gửi sang bác sĩ Antommaschi, 2 tu sĩ và 1 số người khác. Hoàng đế không thích họ. Ở đây, ông vẫn tiếp tục bàn luận về quân sự và xem lực lượng Quân đội Phổ là "đội quân tinh nhuệ nhất của châu Âu" khi kể về các cuộc chinh phạt của chính mình. Quốc vương Friedrich II Đại Đế là vị danh tướng duy nhất ở thế kỷ trước mà Napoléon thán phục. Tại Saint-Helena, Napoléon đã sống đến cuối đời (ông đã bị đầu độc bởi người thân cận của ông bằng thuỷ ngân mà thời bấy giờ người ta dùng để giết chết những con chuột).Vị hoàng đế Pháp một thời uy chấn châu Âu mất ngày 5 tháng 5 năm 1821, hưởng thọ 52 tuổi. Trước lúc trút hơi thở cuối cùng, ông đã nói:'Nước Pháp...Quân đội...Tiến lên.
Đến năm 1840 chính phủ Pháp đưa di hài ông trở về Paris. Napoléon an nghỉ ở Viện Phế binh (Les Invalides). Một tài liệu khác gần đây nói rằng ông bị chết do ung thư dạ dày, chứ không phải là bị đầu độc.