Song song với chiến thắng ULM, 21/10/1805 hạm đội Pháp dưới sự chỉ huy của Ville Neuve đã bị quân Anh dưới sự chỉ huy của Nelson đánh bại tại Trafalgar, phá tan kế hoạch đổ bộlên nước Anh của Napoleon, kế hoạch của Napoleon phá sản hoàn toàn và suốt thế kỷ XIX ý định tấn công hạm đội Anhhay đổ bộ lên nước Anh là một điều không tưởng của Napoleon và với bất cứ ai.
Thất trận Trafalgar, Napoleon mất tất cả thuộc địa và mọi hy vọng về Ấn Độ của ôngnhưng Napoleon vẫn bá chủ Châu Âu.
Với nước Anh ưu thế hải quân là một điều kiện cần thiết để nước Anh nắm vững các thuộc địa của mình và làm chủ mặt biển. Ưu thế đó không giúp được cho nước Anh giải quyết vấn đề lục địa Châu Âu. Sau trận Austerlizt, thủ tướng Anh là Pitt bị thất bại liên tục qua những liên minh đã công nhận sự bất lực của mình, và chỉ tay vào bản đồ Châu Âu « Cuộn hoa đồ này lại, chúng ta chẳng cần dùng gì đến nó trong 10 năm ». Bị nghị viện đả kích và yêu cầu từ chức.
Năm 1806, Pitt qua đời, Charles Fox lãnh tụ đảng tự do lên thay thế, ông là người luôn luôn chủ trương liên minh với Pháp và Hoa Kỳ, liền cho người đến Pari thương lượng.
Cũng trong năm 1806, tại Pháp Napoleon quyết định thành lập liên bang sông Rhin vào ngày 12-7 được các quốc gia gia nhập gồm : Baviere, Wurtemberg, Ratisbonne, Nassau và tám hầu quốc khác do Napoleon làm người ‘bảo hộ’. Napoleon buộc Francois I của nước Áo từ bỏ danh hiệu Hoàng Đế của đế quốc thần thánh Rome – Germanie đã tồn tại 1000 năm.
Bên cạnh đó Napoleon đánh chiếm thêm nhiều lãnh thổ Đức, gây nên mối đe dọa trực tiếp của biên giới Phổ, làm cho triều đình và chính phủ Phổ xôn xao và hết sức phẫn nộ.
Không những thế Napoleon đã tiến hành bổ nhiệm các chức vị cầm đầu quốc gia cho anh em và người thân tín của mình. Từ ngày 13-03-1806 Murat là đại công
tước xứ Cleves, Joseph là vua xứ Nalpes, Eliza là công chúa Luques rồi nữ đại quận công Toscane, Jerome kết hôn với Catherine Wurtemberg, Eugene con của hoàng hậu Josephine, là rễ vua Baviere, Berthier công tước vùng Munster, kể từ ngày 5/6/1806 Louis Bonaparte là quốc vương Hà Lan, Talleyrand hoàng thân xứ Beneval, Bernadotte là hoàng thân xứ Pontecorvo.
Làm cho sự nguy hiểm biên giới nước Phổ tăng lên, bên trong nước Phổ nỗi phẫn uất được bộc lộ qua thái độ của hoàng hậu, các quý tộc và tướng lĩnh, biết rằng Napoleon thế nào cũng gây chiến nên Frederic III lên đường chinh chiến cùng quân đội đang tập trung tại Magdebourg đồng thời gởi kiến nghị đòi Napoleon rút khỏi nước Phổ.
Trả lời hành động này của Frederic III, Napoleon tiến chiếm Saxe, đồng minh Phổ và vượt biên giới bằng 3 mũi tiến công. Kị binh của Murat, Napoleon và quân chủ lực theo sau.
Lực lượng của Pháp là 195000, quân Phổ có khoảng 175000-180000 người dưới sự chỉ huy của công tước Brunswick, người từng chỉ huy liên minh đánh Pháp
vào năm 1792 và bị Dumouriervà Kellermann đánh bại tại Valmy.
Ba đạo quân của Napoleon tiến về sôngElbe, vượt qua rừng Franconie, tiến vào hậu phương quân Phổđể cắt đứt các đường giao thông của Phổ. Ngay sau khi tiến vào Saxe, ngày 9 tháng 10, Murat và Bernadotte cùng quân tiền vệ đánh tan quân Phổ trong một trận chiến không mấy quan trọng tại Wetzlar, quân Phổ mất 700 người trong đó có 300 người chết.Đây là trận mở màn của cuộc chiến Pháp - Phổ.
10/10 hoàng tử Louis thủ lĩnh phái chủ chiến trong triều đình Phổ cùng 9000 quân chiếm Giessen, nhưng thất bại, hoàng tử Louis cùng 1500 quân tử trận, bị thống chế Lannes truy kích quyết liệt. Tàn quân chạy về với quân chủ lực tập trung gần Iena của hoàng tử Hohenlohe, một đoàn quân chủ lực khác dưới sự chỉ huy của công tước Brunswick rút lên phía Bắc theo hướng Maumbourg nhưng không đến đó được vì có nhiều lính Pháp đang án ngữ đường lên phía bắc. Trong triều đình Phổ, sau cái chết của hoàng tử Louis cùng 2 trận thất bại, thành phần chủ chiến từ thái độ kêu ngạo chủ quan trở thành hoang mang sợ hãi, nhưng người chủ chốt là hoàng hậu, vừa tán dương tinh thần anh dũng hy sinh của hoàng tử Louis, vừa tin rằng trận đánh tiếp theo sẽ thay đổi kết quả của cuộc chiến nhằm khích lệ tinh thần của quân đội và dân chúng Phổ.
Về phía Napoleon ông cho rằng chủ lực Phổ đang tập trung vùng lân cận Weimar để tiếp tục rút về Berlin và dự đoán sẽ có một trận chiến quyết định tại Weimar vào ngày 15 tháng 10. Napoleon lập tức ra lệnh cho Davout tiến theo hướng Maumburg và thọc sâu vào phía sau quân Brunwick, Bernadotte nhận lệnh hợp vây cùng Davout. Napoleon cùng Soult, Ney và Murat tiến về Iena.
Tối 13/10, Napoleon vào thành phố quan sát những điểm cao bao quanh thành phố và thấy rất nhiều lực lượng quân Phổ đang rút theo hướng Weimar.
Hoàng tử Hohenlohe biết quân Pháp đã chiếm Weimar nhưng không biết Napoleon đã có mặt cùng đại quân, tối nửa đêm 13/10 Hohenlohe đình chỉ rút quân và chuẩn bị nghênh chiến, trái với dự tính của Napoleon.
Sáng 14/10 ngay khi mặt trời vừa mọc trận chiến xảy ra, trước trận đánh Napoleon khích lệ tướng sĩ, giãi thích kế hoạch chiến đấu với quyết tâm chiếm nước Phổ trong một trận đánh, quân Pháp chiếm lợi thế ngay từ đầu do đang chiếm nhiều điểm cao. Quân Phổ và Saxe ngoan cường chống trả và tìm cách từ từ rút lui, nhưng Napoleon với sự khéo léo trong chỉ huy và sự phối hợp các quân đoàn tinh nhuệ của Lannes, Augereau, và Murat đã thực hiện kế hoạch từng điểm một vô cùng tuyệt hảo làm cho quân Phổ không thể tiến và củng không thể rút lui.
Và khi quân Phổ bắt đầu kiệt sức và bắt đầu bỏ chạy thì cuộc truy kích khủng khiếp hơn cả trận Austerlitz đã diễn ra, kỵ binh Murat truy kích vào tận thành phố, chém sạch cả những ngườixin đầu hàng. Tổn thất quân Phổ vô cùng nặng nề, hoàng tử Hohenlohe cùng đám tàn binh chạy về phía Maumbourg.
Chủ lực của Phổ do Brunwick chỉ huy vẫn đang cùng nhà vua tiến tới nhưng vừa dừng lại ở Auestaedt, cách Iena gần 25 km, thì đạo quân này bị quân Davout ào tới tấn công. Trận chiến xảy ra, mặc dù đạo quân của Davout có lực lượng ít hơn vì Bernadotte chưa đến kịp nhưng vẫn đánh cho đại bộ phận quân Phổ tan tành, Brunswick tử thương. Lúc này, hoàng tử Hohenlohe cùng 20.000 tàn quân chạy về Bắc và luôn bị kỵ binh Murat truy kích và bao vây tứ phía, Hohenlohe buộc phải đầu hàng trên đường đi tới Stettin. Stettin là một pháo đài kiên cố với 6000 quân cùng lực lượng pháo binh hùng hậu, lương thực, đạn dược dồi dào nhưng đã đầu hàng ngay khi một tướng kỵ binh Pháp kêu gọi. Trước đó thì vị trí kiên cố Spandau cũng đầu hàng khi thống chế Lannes kêu gọi.
Không chấp nhận thất bại, Blucher, tướng Phổ tập hợp được 20.000 quân và rút lên Bắc nhưng bị Bernadotte, Soult và Murat đuổi đánh, lại không được Đan Mạch cho qua biên giới nên phải cố thủ tại Lubech. Bị tiêu diệt 6000 quân và phải đầu hàng với 14.000 quân còn lại.
Tình trạng hoảng loạn, mất tinh thần lan khắp nước Phổ. Đến nổi chỉ bốn đại đội kỵ binh Pháp hiện ra dưới chân thành, Eustriw vội đầu hàng với 4000 quân sĩ trang bị đầy đủ cùng một số lớn pháo binh và kho lương thực đầy ấp và lạ kỳ nhất là pháo đài Magdebourg, pháo đài kiên cố bậc nhất với 22000 quân trang bị đầy đủ đã đầu hàng ngay, khi thống chế Ney mang theo 3,4 khẩu súng cối và khi súng cối vừa phát hỏa.Đánh dấu quân Phổ hoàn toàn tan rã sau trậnđại bại Iena.
Cũng trong thời gian này Napoleon trên đường tiến quân về Berlin đã chiếm thêm nhiều công quốc. 27/10/1806, 19 ngày sau khi khởi sự cuộc chiến, Napoleon tiến vào Berlin ca khúc khải hoàng. Đây là lần thứ 3, Napoleon có mặt tại thủ đô cường quốc Châu Âu, sau Rome và Vienne. Khi thị trưởng Berlin giao nộp thủ đô thì Napoleon ra lệnh cho mở cửa buôn bán sinh hoạt bình thường, dân chúng sợ hãi và rối rít chúc tụng, biểu lộ sự quy phục hoàn toàn.
Về phía Phổ, vua Phổ cùng hoàng hậu và triều thần sau thời gian lang bạt, khốn khổ đã dừng chân tại Memel, biên giới vương quốc Phổ. Frederic III đã gửi 4 bức thư với lời lẽ trang trọng mong Napoleon sẽ hài lòng với những tiện nghi của hoàng cung Potsdam nhưng Napoleon không trả lời.
Còn lúc này tại Anh quốc vào tháng 09 thì Fox đã chết sau 1 thời gian làm thủ tướng và Castlereagh lên thay cùng nhóm Canning cương quyết loại trừ Napoleon đến cùng.
Để đối phó lại tình hình đó, 21/11/1806 Napoleon ký đạo luật Berlin ban bố việc phong tỏa lục địa.