- IFAP: 5’ CATAGGAGCAGCTGAAATATATACC3’ EAP : 5’AGTGCTTTACAGCCCGC3’
3. Nghiên cứu quy trình sử dụng chỉ thị phân tử phục vụ cho chọn cáthể và dòng thuần mang gen thơm
3.3. Nghiên cứu hiệu điện thế và thời gian chạy điện dis ản phẩm PCR trên nền điện di Agarose
điện di Agarose
Sử dụng điện di agarose, điện thế và thời gian điện di là hai yếu tố liên quan lẫn nhau, thời gian điện di phụ thuộc vào hiệu điện thế, nếu điện di gel ở hiệu điện thế thấp thì thời gian điện di sẽ dài hơn và ngược lại. Độ phân giải các băng DNA sẽ tốt hơn nếu nhưđược điện di ở hiệu điện thế thấp và ngược lại. Tuy nhiên tính toán và chọn lựa hiệu điện thế cũng phụ thuộc vào mỗi thí nghiệm và đặc biệt là kích thước đoạn DNA cần nhân. Vì thế, chúng tôi thực hiện thí nghiện này nhằm tìm ra hiệu điện thế và thời gian điện di thích hợp cho vệt băng DNA rõ nét nhất trong việc sử dụng chỉ thị phân tửđể xác định các cá thể có mang gen qui định tính trạng mùi thơm hay không.
Chúng tôi đã thử nghiệm chạy điện di với 2 công thức sau: - Công thức 1: điện thế (U)100V và thời gian (T) 40 phút, - Công thức 2: điện thế (U) 65V và thời gian (T) 60 phút Đây là 2 công thức thường được sử dụng trong chạy điện di.
PCR thu được từ chu trình nhiệt với nhiệt độ gắn mồi 580C, thời gian cặp mồi 30 giây và nồng độ MgCl2 trong dung dịch phảm ứng là 5mM (2µl dung dịch MgCl2 trong 20µl dung dịch phản ứng). Kết quả điện di sản phẩm PCR theo 2 công thức sau khi nhuộm bản gel bằng dung dịch Ethidium Bromide được soi dưới tia UV, ảnh điện di được thể hiện trong Hình 12.
Hình ảnh trên cho thấy, điện di ở cả hai công thức đều cho các vệt băng rõ, song để tiết kiệm thời gian và công sức chúng ta nên điện di sản phẩm PCR với hiệu điện thế 100V trong 40 phút. Hình 12. Hình ảnh điện di ở các mức điện thế và thời gian điện di khác nhau a) U = 100V, T = 40phút Giếng 1: Marker; Giếng 2: H2O; Giếng 3: HT1; Giếng 4: AC5; Giếng 5: BT7; Giếng 6: KD; Giếng 7: 94-30; Giếng 8: Q5 b) U = 65V,T = 60 phút Giếng 1: Marker; Giếng 2: H2O; Giếng 3: HT1; Giếng 4: AC5; Giếng 5: BT7; Giếng 6: KD; Giếng 7: 94-30; Giếng 8: Q5