Việc sử dụng exel để nhập liệu, thỉnh thoảng rất dễ xảy ra sai sót. Không chỉ vậy chỉ cần nhầm 1 sheet có thể kéo theo kết quả của các sheet khác bị sai. Khiến cho công tác kế toán gặp khó khăn đặc biệt là những lúc nghiệp vụ kinh tế phát sinh nhiều hay cuối kỳ kế toán kế toán trƣởng cần tổng hợp báo cáo. Mặt khác việc kết xuất dữ liệu kế toán từ exel còn mang tính chủ quan, dẫn đến đột in cậy cho báo cáo tài chính không thật sự cao.
Công ty không xác định kết quả kinh doanh theo chi tiết từng mặt hàng mà xác định chung cho tổng các sản phẩm, dẫn đến việc quản lý thông tin chi tiết, tình hình tiêu thụ kinh doanh của từng sản phẩm không đƣợc chặt chẽ. Công ty sẽ khó xác định mặt hàng nào kinh doanh tốt cần phát riển mở rộng, mặt hàng nào tiêu thụ kém cần có chính sách đẩy nhanh tốc độ tiêu thụ, thu hút khách hàng,... Cần thiết phải hạch toán chi tiết xác định kết quả kinh doanh cho từng hàng hóa nhằm cung cấp những thông tin kinh doanh kịp thời hiệu quả cho Ban Giám Đốc.
Với cơ cấu của công ty chỉ có một kế toán trƣởng, một kế toán tổng hợp và một thủ quỹ thôi thì việc phân công phân nhiệm sẽ không đảm bảo tính hiệu quả. Đặc biệt với nghiệp vụ thu chi: kế toán trƣởng là ngƣời trực tiếp ký các chứng từ thu, chi, ủy nhiệm chi sau khi kế toán viên lập chuyển đến điều này dẫn đến khả năng tiêu cực khá cao.
Công ty không hạch toán chi tiết cho các tài khoản chi phí bán hàng và chi phí quản lý doah nghiệp dẫn đến nhiều khoản việc quản lý các khoản chi phí không đƣợc minh bạch, rõ ràng theo quy định.