Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 20 là chủng VR-2332) và dòng Châu Âu (tiêu biểu là Lelystad-LV). Những chủng virus giữa hai dòng Châu Mỹ và Châu Âu khác nhau về đặc tính gây bệnh và chúng có sự khác nhau vềđặc điểm bộ gene và yếu tố kháng nguyên.Các chủng trong cùng một dòng thì có sự tương đồng về cấu trúc kháng nguyên. Tùy theo ORF mà sự tương đồng về gene của hai dòng virus PRRS Châu Âu và Châu Mỹ dao động từ 52% đến 81%.Việc giải mã trình tự nucleotide của từng ORF là cơ sở dữ liệu phân tử quan trọng cho phép xác định và sử dụng trình tự nào trong việc so sánh, chẩn đoán phân biệt các dòng PRRSV cũng như xác định sự tiến hóa của chúng. Ví dụ qua phân tích gene và theo dõi sự thay đổi trình tự nucleotide của các dòng PRRSV người ta đã xác định được rằng ở PRRSV dòng Châu Mỹ, các ORF 6 và 7 có tính ổn định rất cao, chúng gần như không thay đổi trong suốt quá trình tiến hóa của dòng virus này. Tuy nhiên sự khác biệt giữa dòng virus PRRS Châu Âu và Châu Mỹ ở hai khung đọc mở này là rất rõ, chẳng hạn sự tương đồng về trình tự acid amin của ORF7 giữa hai dòng virus này chỉ vào khoảng 57-59% và của ORF6 là 70- 81%.Trong khi đó khung đọc mở ORF5 lại biến đổi nhiều giữa các chủng trong cùng một dòng Châu Mỹ (giống nhau chỉ từ 88-97%) và chỉ tương đồng với dòng Châu Âu khoảng từ 51-59%. Các epitope trung hòa chính nằm trên protein quy định bởi ORF5, tuy có sự biến động lớn trong vùng ORF5 giữa các chủng virus PRRS nhưng các epitope trung hòa thường có sự bảo tồn tốt giữa các dòng PRRS khác nhau. Các epitope trung hòa khác nằm ở trên GP3, GP4 và protein M. Sự tương đồng về trình tự acid amin quy định do các khung đọc mở ORF 2, 3, và 4 giữa các dòng Châu Âu và Châu Mỹ chỉở mức độ từ 63, 58, và 68%.Sự khác biệt kiểu gene đương nhiên đưa đến sự khác biệt về kiểu hình và như vậy có thể dựa vào đặc điểm gene để chẩn đoán dòng virus và ngược lại. Đây chính là cơ sở cho việc sử dụng kỹ thuật RT-PCR, RFLP… để chẩn đoán PRRSV và phân biệt dòng PRRSV Châu Âu và Châu Mỹ.(Nguyễn Ngọc Hải-công nghệ sinh học trong thú y, nhà xuất bản Nông Nghiệp, 2007).
Gần đây tại Trung Quốc đã xuất hiện dòng mới là biến chủng của dòng Châu Mỹ, chủng này có độc lực cao hơn, nguyên nhân được đưa ra là do sự mất 30acid amin của protein Nsp2, gây bệnh không chỉ cho lợn con mà còn cho cả lợn
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 21 trưởng thành, gây ra tỉ lệ chết cao hơn (khoảng 20%), biến chủng này khó chẩn đoán và hiện chưa có vaccine đặc hiệu, đây là thách thức mới cho các nhà quản lý dịch bệnh cũng như cho các nhà sản xuất vaccine.