Dựa vào kết quả phân nhóm bằng fingerprinting chúng tôi chọn ra chủng đại diện để phân tích trình tự. Chúng tôi chọn vùng ITS của rDNA để phân tích. Đoạn gen này có kích thước khoảng 600 bp và thường được dùng trong phân loại định tên nấm mốc. Chúng tôi đã tách ADN tổng số của các chủng nấm mốc sau đó dùng PCR nhân đặc hiệu đoạn ADN (kích thước khoảng 1200bp) chứa vùng ITS bằng cặp mồi ITS1, ITS4. Sản phẩm PCR được tinh chế và đọc trình tự. Kết quả đọc trình tự sau đó được xử lý bằng phần mềm BioEdit và so sánh với cơ sở dữ liệu GenBank sử dụng BLAST. Tên loài cho các chủng được gán dựa trên sự tương đồng với trình tự gần nhất đăng ký trên GenBank.
Bảng 3.3. Tên phân loại của 46 chủng nấm mốc chịu nhiệt
STT Kí hiệu chủng Tên phân loại Căn cứ xác định tên loài 1 FCH 5.1 Aspergillus fumigatus rDNA sequencing ITS
2 FCH 6.1 Aspergillus fumigatus Finger MST2
3 FCH 9.1 Aspergillus fumigatus Finger MST2
4 FCH 10.1 Aspergillus fumigatus Finger MST2
5 FCH 5.2 Rhizomucor miehei rDNA sequencing ITS
6 FCH 6.3 Rhizomucor miehei Finger MST2
7 FCH 116.3 Rhizomucor miehei rDNA sequencing ITS
STT Kí hiệu chủng Tên phân loại Căn cứ xác định tên loài
9 FCH 6.4 Rhizomucor pusillus Finger MST2
10 FCH 20.1 Rhizomucor pusillus rDNA sequencing ITS
11 FCH 26.1 Rhizopus microsporus rDNA sequencing ITS
12 FCH 5.3 Scytalidium thermophilum rDNA sequencing ITS
13 FCH 6.2 Scytalidium thermophilum Finger MST2
14 FCH 121.3 Scytalidium thermophilum rDNA sequencing ITS
15 FCH 121.4 Scytalidium thermophilum rDNA sequencing ITS
16 FCH 14.3 Scytalidium thermophilum rDNA sequencing ITS
17 FCH 5.5 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
18 FCH 6.5 Thermomyces lanuginosus Finger MST2
19 FCH 8.1 Thermomyces lanuginosus Finger MST2
20 FCH 10.6 Thermomyces lanuginosus Finger MST2
21 FCH 12.1 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
22 FCH 30.1 Thermomyces lanuginosus Finger MST2
23 FCH 31.1 Thermomyces lanuginosus Finger MST2
24 FCH 32.1 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
25 FCH 130.2 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
26 FCH 143.4 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
27 FCH 149.2 Thermomyces lanuginosus rDNA sequencing ITS
28 FCH 7.1 Chaetomium thermophilum rDNA sequencing ITS
29 FCH 7.2 Chaetomium thermophilum Finger MST2
30 FCH 8.2 Chaetomium thermophilum Finger MST2
31 FCH 23.1 Myceliophthora thermophila rDNA sequencing ITS
32 FCH 5.4 Myceliophthora fergusii rDNA sequencing ITS
33 FCH 102.1 Myceliophthora thermophila Finger MST2
34 FCH 112.2 Myceliophthora thermophila rDNA sequencing ITS
35 FCH 133.2 Myceliophthora thermophila Finger MST2
36 FCH 156.3 Myceliophthora thermophila Finger MST2
37 FCH 9.2 Thielavia terrestris rDNA sequencing ITS
38 FCH 9.3 Thielavia terrestris rDNA sequencing ITS
39 FCH 9.4 Thielavia terrestris rDNA sequencing ITS
40 FCH 136.2 41 FCH 142.4 42 FCH 151.3 43 FCH 14.1
44 FCH 10.5 Malbranchea cinnamomea rDNA sequencing ITS
45 FCH 5.6 Melanocarpus albomyces rDNA sequencing ITS
46 FCH 10.4 Talaromyces thermophilus rDNA sequencing ITS Kết quả đọc trình tự cho thấy thành phần các loài nấm mốc chịu nhiệt khá đa
dạng trong đó có một số loài rất phổ biến như Aspergillus fumigatus, Thermomyces lanuginosus, hay Rhizomucor. Có thể dễ dàng bắt gặp những nhóm này trong đất hay đống ủ với số lượng lớn nhưng do Aspergillus fumigatus là một loài nấm nguy
hiểm nên chúng tôi chỉ lấy đại diện một số chủng ở một số mẫu. 2 nhóm nấm mốc
chịu nhiệt được phát hiện sớm nhất Rhizomucor và Thermomyces lanuginosus cũng
được tìm thấy khá nhiều trong các loại mẫu thu thập được. Ngoài 3 nhóm chủng trên, chúng tôi cũng phân lập được một số nhóm hoạt động thủy phân lignocellulose
khá tốt như Scytalidium thermophilum, Chaetomium thermophilum, Myceliophthora thermophila. Các chủng này đã được nghiên cứu khá nhiều về gen và protein,
enzyme. Tuy nhiên chúng tôi cũng tìm thấy một số chủng nấm với số lượng ít (hầu
như chỉ 1 chủng/ 1loài) Malbranchea cinnamomea, Melanocarpus albomyces, Talaromyces thermophilus. Hầu hết các chủng này được phân lập từ phân ủ đặc biệt
là phân ủ các xưởng trồng nấm.