Bên cạnh những tác động tích cực, chính sách quản lý vàng quy định tại nghị định 63/1993/NĐ-CP cũng bộc lộ những hạn chế nhất định thể hiện ở sự yếu kém của thị trƣờng vàng trang sức, tỷ lệ vàng dùng trong thanh toán cất trữ vẫn chƣa giảm triệt để, các doanh nghiệp kinh doanh vàng nhiều nhƣng không mạnh, quy mô quá nhỏ, công nghệ lạc hậu, không chú trọng đến đầu tƣ sản xuất vàng trang sức. Có thể nêu ra một số nguyên nhân chính sau:
Các quy định về việc huy động nguồn vốn bằng vàng không phù hợp, thiếu các công cụ phòng ngừa rủi ro, vì vậy đã có một số lƣợng lớn vốn bằng vàng nhằm đọng trong dân không sử dụng đƣợc, trong khi đó một số đơn vị thực hiện các nghiệp vụ huy động vàng mà chƣa có văn bản quy định chặt chẽ nhằm hạn chế rủi ro…
Chính sách thuế đối với ngành vàng quy định chƣa hợp lý, chƣa tạo đƣợc sự bình đẳng về thuế giữa các loại hình doanh nghiệp, chƣa có chính sách thuế khuyến khích các doanh nghiệp sản xuất vàng trang sức xuất khẩu. Hình thức thuế đối với doanh nghiệp tƣ nhân vẫn chủ yếu áp dụng theo chế độ thuế khoán doanh thu, vì vậy mang nặng tính chủ quan không tạo ra sự bình đẳng giữa các doanh nghiệp, gây nên tình trạng cạnh tranh không lành mạnh.
Chƣa ban hành tiêu chuẩn chất lƣợng vàng Việt Nam, do đó nhiều doanh nghiệp sản xuất các sản phẩm vàng không đủ chất lƣợng, gây thiệt hại cho ngƣời tiêu dùng, thiệt thòi cho các doanh nghiệp làm ăn chính đáng, gây
phạm về chất lƣợng, làm ảnh hƣởng đến yêu cầu nâng cao chất lƣợng và giảm sức cạnh tranh của sản phẩm vàng trên thị trƣờng, đặc biệt khi tham gia thị trƣờng nƣớc ngoài.
Chƣa thể hiện đƣợc sự ƣu đãi của Nhà nƣớc Việt Nam đối với doanh nghiệp có vốn đầu tƣ nƣớc ngoài nhƣ quy định của luật pháp. Việc quản lý đối với các doanh nghiệp này cũng giống nhƣ doanh nghiệp Việt nam, mặc dù hoạt động kinh doanh của họ chỉ là gia công, chế tác (nhập khẩu nguyên liệu, tái xuất sản phẩm), đặc biệt là quy định về thủ tục xuất nhập khẩu quá phiều phức không cần thiết nhƣ cấp giấy phép nhập khẩu từng lần, phải qua kiểm định hàng hóa.
Do quy định về điều kiện kinh doanh vàng tƣơng đối rộng rãi và mức vốn còn thấp nên có quá nhiều các doanh nghiệp kinh doanh vàng (cả nƣớc có trên 7.000 doanh nghiệp kinh doanh vàng và chế tác vàng tƣ trang, riêng TP Hồ Chí Minh có trên 1.000 doanh nghiệp), gây khó khăn trong công tác quản lý hoạt động kinh doanh vàng.
Việc mở rộng phạm vi kinh doanh vàng cho các doanh nghiệp,doanh nghiệp nào cũng sản xuất vàng trang sức, mua, bán vàng thỏi, vàng miếng gây khó khăn cho việc quản lý chất lƣợng vàng, đặc biệt là vàng trang sức, đồng thời không khuyến khích các doanh nghiệp tập trung vốn thành lập các xƣởng sản xuất vàng trang sức lớn mà chỉ là các tổ thợ với quy mô nhỏ.
Chƣa tạo ra thị trƣờng vàng nguyên liệu đáp ứng cho nhu cầu của các doanh nghiệp sản xuất. Cơ chế nhập khẩu vàng khối, thỏi và quy định sử dụng vàng nhập khẩu thiếu chặt chẽ, vì vật đã không khuyến khích các doanh nghiệp nhà nƣớc đầu tƣ phát triển sản xuất vàng trang sức mà chỉ trông đợi vào nguồn quota nhập khẩu của Nhà nƣớc.
Cơ chế quản lý sản xuất vàng miếng trong Nghị định 63/1993/NĐ-CP chƣa có quy định cụ thể. Việc sản xuất, lƣu thông vàng miếng có liên quan đến việc đƣa ra các phƣơng tiện thanh toán, cất trữ và gắn liền với chính sách lãi tiết kiệm, mức độ lạm phát… Đây là lĩnh vực mà NHNN cần phải quản lý chặt chẽ, nhƣng lại chƣa có cơ chế để NHNN quản lý việc sản xuất và nắm bắt nhu cầu sử dụng vàng miếng.
NHNN là cơ quan quản lý nhà nƣớc về hoạt động kinh doanh vàng mới chỉ quan tâm đến vàng vật chất phục vụ chính sách tiền tệ, chƣa có định hƣớng tổng thể thúc đẩy sự phát triển thị trƣờng vàng trang sức, cũng nhƣ giúp các doanh nghiệp tìm thị trƣờng xuất khẩu nữ trang ra nƣớc ngoài. Vì vậy các doanh nghiệp chỉ nặng về kinh doanh vàng tiền tệ, chƣa chú ý đầu tƣ sản xuất vàng trang sức.
Trong thực tế, kinh doanh vàng thƣờng gắn liền với kinh doanh bạc, kim loại thuộc nhóm bạch kim và đá quý theo quy định hiện nay do hai cơ quan quản lý nên cũng gây khó khăn cho các doanh nghiệp khi làm thủ tục xin phép kinh doanh cũng nhƣ thủ tục xuất nhập khẩu.
Chƣa có một tổ chức là tiếng nói chung của các doanh nghiệp kinh doanh vàng, vì vậy hoạt động của các doanh nghiệp còn mang tính phân tán, riêng lẻ, lấy hiệu quả kinh doanh của đơn vị làm mục tiêu chính, chƣa có sự phối hợp, hỗ trợ lẫn nhau trong quá trình kinh doanh.
Nhƣ vậy trong giai đoạn từ 1993-1999 về cơ bản Chính sách quản lý hoạt động kinh doanh vàng đã có những thay đổi tạo nên một thị trƣờng vàng phong phú đa dạng, đáp ứng nhu cầu của xã hội ngày càng phong phú. Tuy nhiên bên cạnh đó, chính sách quản lý vàng vẫn còn những bất cập, chƣa thực sự theo kịp sự phát triển của thị trƣờng, chƣa phù hợp với tình hình kinh tế, chính trị trong thời kỳ mới. Vì vậy việc ban hành một chính sách mới phù hợp hơn là một đòi hỏi tất yếu.