Số lượng NNT ngày càng tăng, các hình thức hoạt động ngày càng phức tạp trong khi số lượng cán bộ thuế có hạn, do đó đòi hỏi ngành thuế phải có công nghệ quản lý thuế tiên tiến, hiện đại trên cơ sở hệ thống dữ liệu đồng bộ. Các thông tin phục vụ phân tích rủi ro, thông tin về NNT và những thông tin quan trọng khác phải được cập nhật đầy đủ, kịp thời.
Tuy nhiên, hiện nay công nghệ quản lý thuế của Cục Thuế tỉnh Phú Thọ cũng còn nhiều hạn chế như: Thiết bị hạ tầng công nghệ thông tin còn chưa tốt, cơ sở dữ liệu chưa đồng bộ, thống nhất, trong đó Cục Thuế còn đang rất thiếu thông tin về hoạt động của các doanh nghiệp ĐTNN như thông tin về Công ty mẹ, về khách hàng giao dịch, về giá mua bán...Ngoài ra, một số phần mềm ứng dụng cho quản lý thuế ít được khai thác hoặc có khai thác nhưng không hiệu quả do thiếu sự ổn định, thường xuyên bị lỗi...
- Cơ sở vật chất kỹ thuật
Nhìn chung, về cơ sở vật chất kỹ thuật tại Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã đáp ứng được yêu cầu, nhiệm vụ đặt ra. Tuy nhiên, do điều kiện nền kinh tế khó khăn, nguồn kinh phí phục vụ cho hoạt động mua sắm, xây dựng còn rất eo hẹp, nên cho đến nay Trụ sở văn phòng Cục Thuế vấn đang sử dụng là toà nhà cũ, xuống cấp, diện tích chật hẹp...Ngoài ra, việc trang bị các phương tiện kỹ thuật hiện đại để nâng cao chất lượng quản lý thuế còn hạn chế cũng là nguyên nhân ảnh hưởng tới công tác quản lý thuế tại Cục Thuế.
* Nguyên nhân khách quan