Cục Thuế tỉnh Phú Thọ đã phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Công an tỉnh tổ chức thực hiện cơ chế “một cửa” liên thông trong việc cấp đăng ký kinh doanh, khắc dấu và đăng ký thuế; đảm bảo cấp mã số thuế đúng hạn cho NNT. Đến thời điểm 31/12/2012 toàn tỉnh đã có 58.158 tổ chức, cá nhân được cấp mã số thuế do ngành thuế quản lý, trong đó có 112 doanh nghiệp có vốn ĐTNN. Tăng cường kiểm tra, rà soát nắm bắt thông tin NNT ngừng, nghỉ kinh doanh, giải thể, di chuyển khỏi địa bàn... phát hiện những cơ sở thực tế kinh doanh nhưng không có giấy phép kinh doanh để đưa vào diện quản lý thuế.
Cục Thuế thực hiện đôn đốc các doanh nghiệp nộp tờ khai đồng thời tăng cường kiểm tra, kiểm soát việc kê khai thuế của NNT, phát hiện các trường hợp kê khai không đúng, không đủ, không kịp thời số thuế phải nộp để có các biện pháp chấn chỉnh, xử lý kịp thời. Đẩy mạnh thực hiện khai thuế điện tử qua mạng Internet nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp trong việc kê khai và nộp hồ sơ khai thuế, thông qua đó chất lượng khai thuế đã được nâng lên, tỷ lệ tờ khai sai về số học giảm. Năm 2012, số lượng NNT nộp hồ sơ khai thuế đúng hạn đạt trên 81%, trong đó tỷ lệ này của khối doanh nghiệp có vốn ĐTNN đạt gần 100%. Ngoài ra, hầu hết các doanh nghiệp ĐTNN đã thực hiện kê khai thuế qua mạng Internet.
Hiện nay, Cục Thuế đang tiếp tục triển khai dự án nộp thuế qua các ngân hàng thương mại, hiện đại hóa công tác thu nộp ngân sách, phối hợp với các ngân hàng thương mại khắc phục những tồn tại nhằm tạo thuận lợi cho NNT trong việc nộp tiền thuế vào NSNN.
Công tác hoàn thuế đã được Cục Thuế giải quyết kịp thời đúng quy của Luật Quản lý thuế nhằm giúp các doanh nghiệp và NNT tháo gỡ kịp thời những khó khăn về vốn để ổn định sản xuất kinh doanh.