Bên cạnh những ưu điểm cơ bản, trong quá trình quản lý và hạch toán kế toán NVL, CCDC còn một số hạn chế sau:
- Thứ nhất là việc xây dựng sổ danh điểm vật tư còn chưa hợp lý: Do số lượng NVL, CCDC khá nhiều, chủng loại rất đa dạng và phức tạp nên công ty cũng đã tiến hành phân loại NVL, CCDC và xây dựng sổ danh điểm vật tư. Song việc mã hóa vật tư của công ty chưa được hợp lý. Hệ thống danh điểm vật tư hàng hóa của công ty được chia thành 5 nhóm: Công cụ dụng cụ, Coppha, Xà gồ, Máy thi công, Vật tư thép. Trong nhóm vật tư thép lại có cả gạch, đá, đinh, xi măng….. Việc phân chia còn quá lộn xộn rất khó nhớ. Mã hóa vật tư chưa khoa học sẽ gặp khó khăn khi tra cứu từng loại nguyên vật liệu. Công cụ dụng cụ là đồ dùng cho người lao động được mã hóa là BHLĐ và được đánh số từ 01 đến 14, những công cụ còn lại được mã hóa là CCDC và đánh số từ 15 đến 36. Việc mã hóa vật tư chưa dễ nhớ và tiện lợi cho việc cập nhật và tra cứu, gây khó khăn cho việc hạch toán NVL, CCDC.
- Thứ hai là hệ thống chứng từ còn nhiều bất cập: Việc xử lý chứng từ nhập, xuất kho từ công trình để chuyển nên phòng kế toán tại công ty còn rất chậm. Việc luân chuyển chứng từ chậm là do các công trình thường nằm rải rác ở các tỉnh, thành phố khác cách xa công ty như Hòa Bình, Thái Bình, Hải Phòng, Nam Định, Quảng Trị… Việc chậm hoàn thiện chứng từ gửi về phòng kế toán sẽ làm cho khối lượng công việc của phòng kế toán sẽ bận rộn vào cuối tháng và dễ gây nhầm lẫn trong công tác kế toán.
- Thứ ba: Số hiệu chứng từ không được đánh ngay khi lập phiếu mà được đánh số khi kế toán nhập số liệu vào phần mềm kế toán. Chính vì thế trên các phiếu nhập kho, xuất kho không có số hiệu chứng từ. Ngày, tháng ghi trên chứng từ không được kế toán nhập vào phần mềm, hầu như các phiếu nhập, xuất trên phần mềm đều có ngày tháng ghi sổ trùng với ngày tháng chứng từ. Vì thế khi xem sổ sách sẽ không biết chính xác ngày nhập, xuất là ngày nào, khiến cho việc theo dõi, kiểm tra chứng từ, sổ sách gặp khó khăn.
- Thứ tư là việc theo dõi và quản lý NVL, CCDC còn chưa sử dụng thẻ kho: Mặc dù công ty sử dụng phương pháp thẻ song song để tiến hành kế toán chi tiết. Mỗi kho công trình đều có thủ kho chịu trách nhiệm bảo quản số lượng và chất lượng nguyên vật liệu, công cụ dụng cụ, nhưng lại không theo dõi trên thẻ kho. Việc thủ kho không tiến hành ghi thẻ kho khiến cho việc đối chiếu số liệu giữa kế toán và thủ kho rất khó khăn. Do không có thẻ kho nên việc kiểm kê nguyên vật liệu, công cụ dụng cụ theo định kỳ 6 tháng một lần cũng không có tác dụng vì không phản ánh được số chênh lệch thừa, thiếu giữa số tồn kho thực tế và số tồn kho ghi trên thẻ kho.
- Thứ năm là việc công ty không lập biên bản kiểm nghiệp vật tư: Sau mỗi lần nhập kho vật tư thì công ty không lập ban kiểm nghiêm và biên bản kiểm nghiệp vật tư. Mặc dù trong quá trình thu mua vật tư, lãnh đạo công ty đã đề ra những biện pháp kiểm tra chặt chẽ về mặt chất lượng như lấy mẫu về thử nghiệm trước nếu đạt tiêu chuẩn thì mới tiến hành thu mua, đồng thời ký kết hợp đồng chặt chẽ với nhà cung cấp. Nhưng có lúc cũng không thể tránh khỏi sai sót như có một số hàng sai tiêu chuẩn vì một số lý do nào đó mà bên nhà cung cấp cũng không biết. Công ty sau khi xuất kho vật tư mới phát hiện thì sẽ mất thời gian đổi hàng làm ngừng việc sản xuất và gây thiệt hại cho công ty.
- Thứ sáu: Công ty có tiến hành kiểm kê hàng tồn kho, song việc kiểm kê không đạt hiệu quả. Không phản ánh được số lượng NVL, CCDC thừa thiếu so
với sổ sách. Việc quản lý không chặt chẽ sẽ làm ảnh hưởng đến chức năng kiểm tra giám sát quá trình thi công của kế toán. Có thể làm thất thoát NVL, CCDC mà không phát hiện ra. Hoặc xảy ra tình trạng dùng bừa bãi, không tiết kiệm nguyên vật liệu, công cụ dụng cụ trong quá trình xây dựng.
- Thứ bảy về Tài khoản sử dụng: NVL được sử dụng thi công các công trình xây dựng có rất nhiều loại nhưng công ty không mở chi tiết tài khoản cấp hai cho tài khoản 152 mà theo dõi chung. Việc chỉ theo dõi trên tài khoản cấp một như vậy mà chưa chi tiết được từng loại nguyên vật liệu chính, phụ sẽ rất khó khăn cho việc quản lý và kiểm tra.