Việc thay đổi phương thức sử dụng bãi triều đã làm cho các HSTĐNN và nơi cư trú (habitat) của loài bị chia cắt và suy thoái. Tại khu vực VQG Xuân Thuỷ, các HST có nhiều biến động do các hoạt động của con người là: bãi triều có RNM và bãi triều không có RNM.
Chuyển đổi đất RNM thành đầm nuôi tôm ở vùng lõi VQG Xuân Thủy đã làm phân mảnh hệ sinh thái RNM, đồng thời giảm diện tích RNM. Theo dẫn liệu của Phan Nguyên Hồng và nnk (2007) [12], so sánh ảnh vệ tinh khu vực VQG Xuân Thuỷ năm 1986 và 1998 chỉ ra rằng diện tích RNM trưởng thành trong hơn 12 năm đã giảm từ 1.412,91ha xuống còn 402,95 ha (giảm 71,4%). Trong khi đó diện tích đầm nuôi tôm lại tăng vọt từ 415,27ha lên 2.743,6ha (tăng 660,9%) năm 1998.
Số liệu thống kê năm 2013 về diện tích nuôi tôm cho thấy, có tới 180 ha diện tích đầm tôm nằm trong vùng lõi của VQG Xuân Thủy (56 ha nằm trong phân khu bảo vệ nghiêm ngặt), phần lớn diện tích còn lại nằm trong khu vực Cồn Ngạn, Bãi Trong. Diện tích đầm tôm trong vùng lõi đã khiến cho cảnh quan khu vực bị phá vỡ, HST RNM bị phân mảnh và đây cũng là yếu tố làm cho ĐDSH của khu ĐNN bị suy giảm.
Hoạt động quan trắc cũng cho thấy, mấy năm trở lại đây do môi trường bị ô nhiễm, năng suất nuôi tôm theo hình thức quảng canh giảm nên nhiều chủ đầm đã tự động chặt phá CNM, đưa phương tiện cơ giới, máy móc vào để chuyển đổi sang mô hình nuôi ngao giống và tôm công nghiệp. Điều này đã khiến ĐDSH bị ảnh hưởng, số lượng cá thể loài giảm, cảnh quan môi trường bị phá vỡ và bãi kiếm ăn của các loài chim nước di trú quý hiếm bị mất. Đặc biệt, việc phát triển mô hình nuôi tôm công nghiệp cùng với việc đưa loài tôm thẻ chân trắng vào nuôi đại trà khi chưa có nghiên cứu kiểm nghiệm, đánh giá cụ thể cũng là một nguy cơ tiềm ẩn rủi ro cao đối với ĐDSHtrong khu vực VQG.
Các bãi triều không có RNM là nơi sinh sống và kiếm ăn của các loài chim nước bản địa hoặc di cư. Việc cải tạo từng phần các bãi triều bằng cách trồng RNM ở
59
khu vực tây nam VQG bên cạnh lợi ích bảo vệ đường bờ khỏi xói lở thì cũng gây ảnh hưởng nhất định tới nơi trú ngụ và kiếm ăn ưa thích của nhiều loài chim di cư như loài Cò mỏ thìa (Ptelea minor).
So sánh về TTVNM ở những đầm nuôi tôm quảng canh trong vùng lõi, ở Cồn Ngạn, có thể thấy chất lượng RNM bị suy giảm khá rõ và rừng ở khu vực này bị phân mảnh khá cao.Chuyển bãi triều không có RNM thành bãi nuôi ngao vạng lâu dài (khoảng 700 ha bãi triều ở phần cuối Cồn Lu và Cồn Ngạn) với mật độ cao một mặt làm giảm các quần thể động vật không xương sống đáy khác ở sinh cảnh này, mặt khác có thể sẽ làm suy thoái môi trường trầm tích bãi triều.Sự sinh trưởng, phát triển của ngao nuôi thuần loài là ngao Bến Tre (M.lyrata) với mật độ nuôi lớn (300-500 con/m2) đã cạnh tranh quyết liệt và đã làm mất nơi phân bố của các loài hai mảnh vỏ nói chung, đặc biệt các loài ngao bản địa cùng giống nhưng khác loài như ngao Vân (M.lusoria), ngao Dầu (M. meretrix) rất có giá trị kinh tế ở khu vực này. Chất thải rắn từ quá trình nuôi ngao không được dọn như cọc, bao túi,… đã thành giá thể cho các loài thân mềm bám phát triển (hàu, hà sun,...).
HST bãi triều không có RNM vốn là nơi cư trú chính để kiếm ăn của các loài chim nước di cư bị tác động, mất đi các yếu tố sinh thái tự nhiên, làm cho nơi cư trú kiếm mồi của các loài chim nước di cư bị thu h p. Quan trắc nhiều năm cho thấy số lượng cá thể của các loài chim nước di cư giảm dần ở VQG Xuân Thuỷ nói chung, khu vực nuôi ngao của Cồn Lu nói riêng. Đặc biệt, trong đó có các loài chim nước quý hiếm, được ưu tiên bảo vệ ở cấp toàn cầu như Cò mỏ thìa, Rẽ mỏ thìa,...
Cũng theo kết quả quan trắc năm 2012-2013, các đàn chim nước di cư có xu hướng chuyển về cư trú ở bãi triều ngoài Cồn Xanh, nơi hoạt động nuôi ngao chưa phát triển. Việc xây dựng cơ sở hạ tầng (đường giao thông, đường dây điện) ởVQG cũng là những nguyên nhân gây chia cắt, phân mảnh các HST RNM ở khu vực này.