Mặc dù việc áp dụng các BPNC trong TTHS được những kết quả nhất định, không chỉ kịp thời ngăn chặn tội phạm mà còn ngăn chặn việc bị can
gây khó khăn cho việc điều tra, truy tố; tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động điều tra, truy tố của CQĐT và VKSND. Nhưng thực tiễn áp dụng cũng không tránh khỏi những tồn tại nhất định, cần sự tăng cường kiểm sát chặt chẽ hơn của VKSND cũng như phối hợp giải quyết giữa các cơ quan, ban ngành trong việc giải quyết các vướng mắc liên quan đến quy định của pháp luật.
Thứ nhất, đối với biện pháp bắt người thì thực tiễn trên địa bàn thành phố Hà Nội cho thấy vẫn còn tình trạng bắt không đúng, nên làm tăng số lượng người bị bắt trái quy định pháp luật. Chính những điều đó làm ngày càng làm tăng số lượng người phải trả tự do sau khi bắt rồi áp dụng biện pháp tạm giữ tăng lên qua 05 năm: năm 2009 là 187 đối tượng, năm 2010 là 209 đối tượng và năm 2011 là 329 đối tượng, năm 2012 là 174 đối tượng, năm 2013 là 337 đối tượng (xem Phụ lục Bảng 2.4). Điều này gây gánh nặng cho chính CQĐT, VKSND trong việc phải xử lý, phân loại các đối tượng này, xâm hại đến quyền lợi của công dân. Qua số liệu này cũng cho thấy việc xử lý phân loại các đối tượng bị bắt nhằm áp dụng biện pháp tạm giữ chưa đạt hiệu quả cao của CQĐT, mặc dù không thể phủ nhận việc khối lượng công việc cũng như đối tượng trong một năm là không nhỏ. VKSND không phê chuẩn áp dụng biện pháp bắt người cũng cho thấy việc lạm dụng biện pháp này, nhất là hình thức bắt khẩn cấp. Thực tiễn cũng xảy ra trường hợp áp dụng biện pháp bắt người chưa hiệu quả, không bắt được đối tượng được áp dụng (do đối tượng, bị can bỏ trốn) làm ảnh hưởng quá trình giải quyết vụ án hình sự. Về hình thức bắt người cũng có vi phạm như: việc lập biên bản không đầy đủ thành phần (không có người chứng kiến); thiếu chữ ký của Điều tra viên, biên bản không ghi ngày, giờ, tháng, năm; tẩy xóa; hợp thức hóa việc bắt người. Điều đó cho thấy việc chấp hành pháp luật của CQĐT chưa nghiêm túc.
Thứ hai, đối với biện pháp tạm giữ, còn có vi phạm như: không tính thời hạn tạm giữ từ khi CQĐT nhận người bị bắt mà tính từ khi ra quyết định
tạm giữ (vi phạm khoản 1 Điều 87 BLTTHS). Ví dụ: đối tượng Phan Văn Thành, sinh năm 1992, ở tổ 40 thị trấn Đông Anh, huyện Đông Anh, Hà Nội, bị bắt vào hổi 21 giờ 5 phút ngày 18/5/2012 (biên bản bắt quả tang) về hành vi cưỡng đoạt tài sản do Công an thị trấn Đông Anh bắt. CQĐT nhận người bị bắt vào hồi 4 giờ ngày 19/5/2012, sau đó ra quyết định tạm giữ đối với Phan Văn Thành từ 7 giờ ngày 19/5/2012 đến 7 h ngày 22/5/2012. Việc ra quyết định tạm giữ như trên của CQĐT là chậm hơn so với biên bản giao nhận đối tượng là 3 giờ, trái với khoản 1 Điều 87 BLTTHS. Việc gửi quyết định tạm giữ cho VKSND nhiều trường hợp không đúng thời hạn luật định và việc tạm giữ còn xảy ra trường hợp quá hạn. Ví dụ: đối tượng Nguyễn Đức Việt (Từ Liêm, Hà Nội) có quyết định tạm giữ thời hạn từ 6 giờ ngày 22/4/2012 đến 6 giờ ngày 25/4/2012 nhưng đến 10 giờ ngày 25/4/2012 vẫn chưa có quyết định gia hạn tạm giữ là trái với khoản 1 Điều 87 BLTTHS.
Thứ ba, đối với biện pháp tạm giam: qua hoạt động áp dụng biện pháp tạm giam của VKSND, cũng như hoạt động kiểm sát việc tuân theo pháp luật việc áp dụng biện pháp tạm giam của CQĐT, việc trực tiếp kiểm sát các trại tạm giam, nhà tạm giữ của VKSND thành phố Hà Nội cho thấy việc tạm giam bị can còn có một số vi phạm pháp luật. Cụ thể: áp dụng biện pháp tạm giam trong những trường hợp không cần thiết, không đủ các điều kiện theo quy định pháp luật. Có trường hợp vi phạm về thời hạn tạm giam; tạm giam bị can khi không có lệnh tạm giam hoặc gia hạn tạm giam, tính thừa thời hạn tạm giam. Ví dụ: Bị can Lê Đình Cường (Phú Thư – Thường Tín – Hà Nội), can tội trộm cắp tài sản, bị tạm giam từ ngày 16/11/2012 đến ngày 11/01/2013 theo Lệnh tạm giam số 117 ngày 16/11/2012 của Công an huyện Thường Tín. Bị can Cường hết hạn tạm giam vào ngày 11/01/2012 nhưng đến ngày 21/01/2013, Trại tạm giam mới ban hành văn bản kiến nghị quá hạn tạm giam gửi CQĐT Công an huyện Thường Tín (10 ngày tạm giam Cường không có
lệnh). Trường hợp bị can Nguyễn Văn Biên (Phương Liên, Đống Đa, Hà Nội), phạm tội mua bán trái phép chất ma túy, bị gia hạn tạm giam trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày 16/01/2012 đến ngày 5/02/2012 theo lệnh số 19 ngày 14/01/2012 của VKSND quận Hai Bà Trưng là thừa 05 ngày, vi phạm thời hạn theo quy định tại khoản 1 Điều 166 BLTTHS.
Thứ tư, đối với việc áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú trên thực tế còn có sự bất cập. Để áp dụng theo đúng quy định pháp luật là việc rất khó khăn, nhất là cho chính quyền địa phương được giao theo dõi, giám sát, vì ranh giới địa chính giữa các đơn vị lãnh thổ rất gần nhau, có khi lại là trung tâm buôn bán. Nên những người bị áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú có khi thường xuyên vi phạm điều đã cam đoan mà chính quyền địa phương không phát hiện ra. Thực tiễn cho thấy nhiều bị can đã trốn khỏi nơi cư trú thoát khỏi sự quản lý của chính quyền địa phương, phạm tội mới. Trong trường hợp CQĐT hay VKSND triệu tập mà không có mặt thì mới biết là bị can đã vi phạm điều đã cam đoan. Và thực tiễn còn xảy ra trường hợp là một lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú do CQĐT áp dụng có khi được sử dụng suốt quá trình điều tra, truy tố mà không có cơ quan nào ra lệnh hủy bỏ khi không cần thiết, thậm chí đến khi bị án chấp hành xong hình phạt. Ví dụ: bị án Nguyễn Anh Tú (Hai Bà Trưng, Hà Nội) phạm tội gây rối trật tự công cộng, từ khi bị khởi tố theo quyết định số 511 ngày 21/6/2013 của CQĐT đến khi chuyển sang Viện kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố và chuyển sang Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội xét xử vẫn áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú theo quyết định ban đầu của CQĐT.
Thứ năm, đối với biện pháp bảo lĩnh và đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm: VKSND chưa phát huy được hết vai trò của mình trong áp dụng, thay đổi hay hủy bỏ các BPNC như bảo lĩnh, đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm. Các biện pháp này chiếm tỷ lệ nhỏ so với việc áp dụng các BPNC
khác. Các biện pháp này chưa được các cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng quan tâm đúng mức. Có trường hợp đủ điều kiện để áp dụng hoặc đủ điều kiện, căn cứ để thay đổi BPNC khác thay thế cho biện pháp tạm giam nhưng CQĐT, VKSND không kiên quyết áp dụng mà vẫn giữ nguyên BPNC nghiêm khắc hơn. Ngược lại, có những trường hợp không được áp dụng (ví dụ như tội phạm rất nghiêm trọng) thì CQĐT, VKSND lại áp dụng vì luật quy định mở cho các đối tượng được áp dụng (biện pháp đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm). Điều đó cũng cho thấy, hoạt động kiểm sát của VKSND đối với các hoạt động của CQĐT trong áp dụng các biện pháp ít nghiêm khắc này còn rất hình thức, chưa thực sự chuyên sâu. Mặt khác, việc coi nhẹ mức độ quan trọng khi áp dụng các biện pháp này đôi khi vì lý do khách quan mà ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động giải quyết vụ án, có trường hợp bị can được thay thế biện pháp tạm giam bằng BPNC khác đã tiếp tục phạm tội rất nghiêm trọng, đặc biệt nghiêm trọng. Hai biện pháp bảo lĩnh và biện pháp đặt tiền hoặc tài sản có giá trị để bảo đảm được CQĐT hay VKSND áp dụng khá là e dè một mặt cũng là do chưa có hướng dẫn cụ thể của cơ quan có thẩm quyền và do tính không đảm bảo thực tế của biện pháp (trước khi có thông tư hướng dẫn).
Về biện pháp bảo lĩnh thì đa số các trường hợp bảo lĩnh đều phải có nơi cư trú rõ ràng, người bảo lĩnh thường làm trong các cơ quan nhà nước, điều này sẽ tạo “lòng tin” cho CQĐT hay VKSND hơn các trường hợp khác. Tuy nhiên vẫn xảy ra trường hợp cá nhân, tổ chức nhận bảo lĩnh vi phạm những điều đã cam đoan với cơ quan tiến hành tố tụng, như: để bị can tiếp tục phạm tội, để bị can bỏ trốn nên không thể có mặt theo giấy triệu tập của Cơ quan tiến hành tố tụng. Vi phạm như thế nhưng pháp luật không quy định về chế tài xử lý, vì vậy mà khi áp dụng biện pháp này không đạt được hiệu quả cao trong thực tiễn áp dụng. Thực tiễn cũng có các trường hợp bị can nộp tiền cho
cơ quan tiến hành tố tụng nhưng thường là số tiền nhằm khắc phục hậu quả của hành vi phạm tội.
Với những kết quả đạt được cùng với những hạn chế, tồn tại chúng ta cần tìm ra nguyên nhân để đưa ra các giải pháp thiết thực nhằm đảm bảo các quy định pháp luật TTHS về các BPNC được áp dụng hiệu quả trên thực tế. Làm được điều đó không những tạo điều kiện thuận lợi cho cơ quan tiến hành tố tụng mà còn tạo niềm tin của nhân dân vào công lý.