Chính sách thuế TNDN cần tiếp tục hoàn thiện theo hai khía cạnh “công bằng” và khuyến khích nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh cho DNNVV”. Theo nghĩa đó cần khuyến khích các doanh nghiệp quy mô nhỏ tăng nhanh khả năng tích luỹ, nâng cao năng lực tài chính và thúc đẩy phát triển sản xuất kinh doanh. Cụ thể như sau:
- Việc trích lập, sử dụng Quỹ khoa học công nghệ cần chú trọng tới khu vực DNNVV. Trong thời gian qua, Việt Nam đã miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp gắn với mục tiêu khuyến khích các doanh nghiệp nói chung, trong đó có các DNNVV đầu tư đổi mới công nghệ, chuyển giao công nghệ, ...nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh, qua đó nâng cao năng lực tài chính của các DNNVV. Ngoài việc miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho các doanh nghiệp góp vốn bằng sáng chế, giải pháp công nghệ, cơ sở sản xuất kinh doanh đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất,... như hiện nay, Luật thuế thuế thu nhập doanh nghiệp còn quy định cho phép DN được trích tối đa 10% thu nhập tính thuế để lập Quỹ phát triển khoa học – công nghệ. Đây là một quy định quan trọng giúp cho các DNNVV chủ động về tài chính để đầu tư đổi mới công nghệ, đổi mới sản phẩm, hợp lý hóa sản
xuất. Tuy nhiên, quy định này là chung cho tất cả các loại hình doanh nghiệp với quy mô khác nhau nên thực tế thường chỉ có tác dụng với các doanh nghiệp lớn, các doanh nghiệp có hiệu quả sản xuất kinh cao. Còn phần lớn đối với các DNNVV thì quy định này gần như không có hiệu quả. Bởi vì, với quy mô nhỏ, lợi nhuận sản xuất kinh doanh không cao thì tỷ lệ 10% trên số lợi nhuận đó là quá nhỏ để các DNNVV có thể đổi mới được công nghệ, đổi mới sản phẩm,.. Theo chúng tôi, trong thời gian tới, Nhà nước cần quy định tỷ lệ này đối với DNNVV phải cao hơn so với các doanh nghiệp khác, có thể tăng lên 50% đến 70%. Đồng thời, kéo dài thời hạn sử dụng quỹ lên 10 hoặc 15 năm (thay cho thời hạn 5 năm hiện nay) kể từ khi trích lập để các DNNVV có thể tích lũy đủ số vốn cần thiết chi cho những hoạt động khoa học công nghệ dài hạn. Bên cạnh đó, để mục tiêu khuyến khích khi thành lập Quỹ khoa học công nghệ của các doanh nghiệp, trong đó có DNNVV được thực hiện trong thực tế, tránh việc các doanh nghiệp lợi dụng chính sách này, Nhà nước nên quy định: quá thời hạn trên, nếu doanh nghiệp nào không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích số quỹ được trích lập thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước toàn bộ số quỹ được trích lập mà chưa sử dụng, không sử dụng hết hoặc sử dụng sai mục đích và phạt gấp đôi số tiền doanh nghiệp sử dụng sai mục đích quỹ này (thay cho chỉ nộp phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu đã trích lập Quỹ chưa sử dụng, không sử dụng hết hoặc sử dụng sai mục đích như hiện nay).
- Ngoài việc cho phép miễn, giảm, giãn nộp thuế trong những năm từ 2008 đến nay để các DNNVV khắc phục được những khó khăn về tài chính cũng như có thể khắc phục khó khăn, đứng vững trước những biến động của cuộc khủng hoảng tài chính toàn cầu, Việt Nam đã giảm dần thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp. Bên cạnh đó, chính sách thuế này cũng chưa khuyến khích các doanh nghiệp sử dụng lợi nhuận để lại để tăng vốn chủ sở hữu hoặc
sử dụng các biện pháp khác để tăng vốn chủ sở hữu. Theo chúng tôi, trong thời gian tới, Nhà nước nên cho phép các DNNVV phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp được sử dụng tối đa không quá 50% lợi nhuận trước khi nộp thuế thu nhập doanh nghiệp để bổ sung vốn chủ sở hữu để khuyến khích các doanh nghiệp tích luỹ vốn từ kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh. Hoặc để đạt mục tiêu trên, Chính phủ có thể cho phép các DNNVV được miễn giảm toàn bộ hoặc 50% thuế thu nhập doanh nghiệp kể từ khi bổ sung vốn chủ sở hữu từ các phương pháp khác nhau trong vòng 3 đến 5 năm. Chính sách này nhằm nuôi dưỡng, phát triển nguồn thu, thúc đẩy các DNNVV tăng quy mô vốn chủ sở hữu, qua đó, nâng cao năng lực tài chính và tăng quy mô sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
- Về các khoản chi phí được trừ:
+ Về chi phí khấu hao TSCĐ: Cần tạo điều kiện thuận lợi cho DNNVV trong việc tính và trích khấu hao TSCĐ bằng cách phân nhóm TSCĐ, mỗi nhóm quy định duy nhất một tỷ lệ khấu hao như: nhóm TSCĐ có thời gian sử dụng lâu dài (nhà cửa,…), nhóm các TSCĐ nhanh mất giá (máy móc thiết bị công nghệ cao, phương tiện vận tải,…),… Đồng thời khuyến khích các DNNVV thực hiện khấu hao nhanh để thu hồi vốn thực hiện đầu tư đổimới thiết bị công nghệ hiện đại, giảm rủi ro cho DNNVV do tác động của tỷ giá, lạm phát.
+ Về chi phí quảng cáo, khuyến mại… Quy định hiện nay chưa phù hợp thực tiễn, đặc biệt là đối với các DNNVV cần tăng các khoản chi này để quảng bá thương hiệu, thu hút cộng tác viên, môi giới, quảng cáo khi đưa sản phẩm mới ra thị trường hoặc thâm nhập thị trường mới. Vì vậy cần nghiên cứu cân nhắc xem xét lại mức khống chế này nhằm khắc phục tình trạng làm sai lệch bản chất nghiệp vụ kinh tế phát sinh với nội dung phản ánh trên các
chứng từ kế toán nhằm “chế biến số liệu” trong kê khai thuế. Về lâu dài nên bỏ mức khống chế này để đảm bảo phù hợp với thông lệ quốc tế, phù hợp với cơ chế thị trường. Ngược lại, đối với những khoản chi phí quảng cáo lớn có tác dụng trong nhiều năm thì có thể cho phép DN được phân bổ cho nhiều năm để phản ánh đúng kết quả kinh doanh của từng thời kỳ.
- Về các khoản thu nhập được miễn: Nên tăng thời gian miễn thuế đối với phần thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm trong thời kỳ sản xuất thử nghiệm và thu nhập từ doanh thu bán sản phẩm làm ra từ công nghệ mới áp dụng tại Việt Nam từ 01 năm như hiện nay lên tối thiểu 02 năm nhằm khuyến khích các DNNVV tăng cường đổi mới công nghệ sản xuất hiện đại, nghiên cứu chế tạo các sản phẩm mới, đặc biệt là các sản phẩm sản xuất theo công nghệ sạch, thân thiện với môi trường.