- Tiến tới áp dụng một mức thuế suất GTGT thông thường ngoài mức thuế suất 0%. Việc duy trì nhiều mức thuế suất GTGT dễ tạo điều kiện để các DNNVV tuỳ tiện khi kê khai thuế, làm mất thời gian và tăng chi phí tuân thủ thuế trong quá trình viết hoá đơn, kê khai thuế. Đây là kẽ hở tạo điều kiện cho những DNNVV có ý tức chấp hành luật thuế không cao lợi dụng để gian lận, trốn thuế. Mức thuế suất cụ thể được xác định dựa trên khả năng huy động và mức tăng tởng kinh tế bình quân trong từng giai đoạn sao cho phù hợp. Câu hỏi đặt ra là nếu Việt Nam áp dụng một mức thuế suất thông thường thì mức thuế suất này là bao nhiêu thì phù hợp ? Để trả lời câu hỏi này có thể tham khảo kinh nghiệm của các nước trên thế giới. Theo kết quả nghiên cứu của Quỹ tiền tệ quốc tế (IMF) năm 2004 cho thấy, trong số 115 nước có số liệu để nghiên cứu thì 25 nước có mức thuế suất dưới 10%, 25% nước có mức thuế suất trong khoảng từ 15% đến 20%, 15 nước có ức thuế suất trên 20%. Có nhiều ý kiến cho rằng việc áp dụng duy nhất một mức thuế suất 10% ở Việt Nam là thấp theo điều kiện quốc tế nhưng lại phù hợp điều kiện trong nước. Theo ý kiến cá nhân tác giả thì mức thuế suất thống nhất 10% là phù hợp, không nên duy trì mức cao hơn 10% vì nếu thuế suất cao sẽ ảnh hưởng không tốt đến nền kinh tế nói chung và hoạt động của các DNNVV nói riêng. Bên cạnh đó, thực tiễn triển khai thực hiện Luật thuế GTGT ở Việt Nam cho thấy
trước tới nay, với mức thuế suất này Việt Nam đã đảm bảo được tỷ lệ động viên vào NSNN theo mức phù hợp và tạo điều kiện để DN nói chung và DNNVV của Việt Nam nói riêng phát triển tốt.
- Cần quy định một mức ngưỡng miễn thuế GTGT đối với các DNNVV:
Luật thuế GTGT hiện nay áp dụng các mức thuế suất đồng đều đối với các doanh nghiệp có quy mô khác nhau trong cùng ngành nghề, không phân biệt DNNVV với doanh nghiệp có quy mô lớn, chưa quy định ngưỡng (khởi điểm) doanh thu miễn thuế hoặc giảm thuế áp dụng đối với DNNVV mà mới chỉ quy định cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp không phải nộp thuế GTGT. Điều này chưa khuyến khích các DNNVV giảm chi phí, tăng hiệu quả sản xuất kinh doanh, gây khó khăn cho các DNNVV, nhất là những doanh nghiệp siêu nhỏ trong việc thực hiện luật thuế do họ phải thực hiện đủ mọi quy trình thủ tục về kê khai, nộp và quyết toán thuế như các DN lớn trong khi bị hạn chế về mọi phương diện: vốn, điều kiện kinh doanh, kết quả kinh doanh…. Bên cạnh đó, chi phí quản lý thuế của cơ quan thuế tăng do số lượng đối tượng nộp thuế mà cơ quan thuế phải quản lý tăng hơn nhiều lần so với số lượng đối tượng nộp thuế doanh thu trước đây. Mặt khác, số đối tượng nộp thuế GTGT là doanh nghiệp siêu nhỏ chiếm tới gần 90% nhưng số thuế mà các DN này đem lại không nhiều, chỉ khoảng xấp xỉ 10% trong tổng số thuế thu được. Vì vậy chi phí quản lý thu thuế đối với các đối tượng này đôi khi có thể bằng hoặc vượt quá số thuế thu được. Do vậy, trong thời gian tới, Nhà nước cần quy định một mức ngưỡng miễn thuế GTGT đối với các DNNVV (mức khởi điểm doanh thu có thể là 200 triệu đồng doanh thu/năm) và quy định tỷ lệ được miễn thuế GTGT đối với DNNVV trên ngưỡng doanh thu bằng 50% số thuế phải nộp so với các doanh nghiệp khác để vừa giúp cho khu vực DNNVV giảm chi phí, tăng lợi nhuận, tăng hiệu quả sản xuất kinh doanh vừa nhằm đảm bảo tính hiệu quả của sắc thuế này.
- Về phương pháp tính thuế GTGT: Không nên áp dụng 2 phương pháp tính thuế GTGT như hiện nay mà chỉ nên áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Để vừa đảm bảo tính liên hoàn của thuế GTGT vừa đảm bảo công bằng giữa các DN trong nền kinh tế không phân biệt loại hình sở hữu hay quy mô cần áp dụng phương pháp khấu trừ.Tuy nhiên, cần quy định bắt buộc đối với tất cả các hộ kinh doanh có quy mô lớn đều phải thực hiện chế độ kế toán, sử dụng hoá đơn chứng từ để tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.