- Điều chỉnh biểu thuế xuất khẩu cho phù hợp với bối cảnh kinh tế trong nước và quốc tế, tiến tới loại bỏ hoàn toàn thuế xuất khẩu. Trong giai đoạn trước mắt, để vừa đảm bảo nguồn thu cho NSNN vừa quản lý nguồn nguyên liệu vật liệu phục vụ sản xuất trong nước có thể vẫn quy định đối với các sản phẩm chưa qua chế biến đang cạn kiệt thuộc diện chịu thuế xuất khẩu, song không nên áp dụng mức thuế suất quá cao. Trong dài hạn nên bãi bỏ thuế xuất khẩu nhằm khuyến khích xuất khẩu, giúp các DNNVV tăng khả năng cạnh tranh, xuất khẩu được nhiều sản phẩm sang các nước trong khu vực và trên thế giới.
- Xây dựng biểu thuế nhập khẩu phù hợp với định hướng bảo hộ có chọn lọc đối với một số ngành kinh tế trong tiến trình hội nhập. Trong điều kiện thực hiện chiến lược công nghiệp hoá hướng về xuất khẩu, hội nhập kinh tế quốc té, không nên sử dụng thuế nhập khẩu để bảo hộ tràn lan đối với tất cả các ngành kinh tế mà chỉ nên bảo hộ có thời hạn một số ngành sản xuất có khả năng cạnh tranh và xuất khẩu. Chính sách bảo hộ có tác dụng như con dao hai lưỡi, phải ử dụng sao cho vừa không bóp chết sản xuất trong nước vừa phải nhanh chóng thúc đẩy các ngành sản xuất trong nước nâng cao sức
cạnh tranh, đảm bảo sản phẩm sản xuất trong nước có giá thành và chất lượng tương đương với các nước trong khu vực và thế giới.
- Đơn giản hoá biểu thuế suất thuế nhập khẩu.
Thuế suất thuế nhập khẩu về cơ bản vẫn bao gồm các dòng thuế suất khác nhau: ưu đãi đặc biệt, thông thường và tạm thời. Trong đó thuế suất thông thường được quy định bằng 150% thuế suất ưu đãi, thuế suất tạm thời được điều chỉnh theo nững quy định riêng trong từng thời kỳ phù hợp với điều kiện KTXH của Việt Nam và tình hình kinh tế thế giới.Như vậy hai loại thuế suất này (thuế suất ưu đãi và thuế suất tạm thời) không nhất thiết phải thể hiện trong biểu thuế nhập khẩu. Thuế suất ưu đãi được áp dụng cho các nước có ký điều khoản MFN (nguyên tắc tối huệ quốc) với Việt Nam. Đây là khung thuế suất cơ bản, dựa trên cơ sở đó để tính các mức thuế suất khác. Như vậy, biểu thuế nhập khẩu hiện có rất nhiều mức thuế suất sẽ gây khó khăn khi áp dụng nhất là đối với các DNNVV, tạo kẽ hở cho các DN gian lận khi áp thuế, kê khai thuế. Vì vậy, nên nghiên cứu để giảm bớt các mức thuế suất, đơn giản hoá biểu thuế cả về số lượng các mức thuế suất và khoảng cách giữa các mức thuế suất nhằm đảm bảo cho biểu thuế đơn giản, dễ hiểu, dễ thực thi, tiết kiệm chi phí tuân thủ thuế cho các DNNVV.
- Đảm bảo sự ổn định tương đối của biểu thuế suất nhập khẩu. Trong bối cảnh hội nhập, mức thuế suất thuế nhập khẩu phụ thuộc rất nhiều vào bối cảnh kinh tế quốc tế. Bên cạnh việc công khai lộ trình cắt giảm thuế nhập khẩu theo các cam kết quốc tế, biểu thuế suất phải đảm bảo ổn định tương đối. Việc ổn định và công khai các mức thuế suất sẽ góp phần làm tăng tính minh bạch của chính sách thuế đồng thời tạo điều kiện cho DNNVV có thể chủ động xác định được đầy đủ chi phí về thuế khi xây dựng các hương án kinh doanh.
- Hoàn thiện các quy định về các loại thuế mới được WTO thừa nhận để bảo hộ sản xuất trong nước như: thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp,… Cần có quy định cụ thể về các cơ quan thực thi, đặc biệt các cơ quan điều tra phá giá, điều tra trợ cấp và cơ quan đnáh giá thiệt hại của các ngành sản xuất trong nước cuũng như nâng cao trình độ của đội ngũ cán bộ Việt Nam để có thể thực hiện các cuộc điều tra về bán phá giá, trợ cấp trong các trường hợp phát sinh.