Về chi phí nguyên liệu, vật liệu, nhiên liệu sử dụng vào sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ liên quan đến doanh thu và TNCT trong kỳ đợc tính theo định mức tiêu hao vật t hợp lý và giá thực tế xuất kho. Vấn đề cần đợc xem xét ở đây là mức tiêu hao vật t hợp lý. Theo quy định mức tiêu hao vật t hợp lý do giám đốc hoặc chủ cơ sở kinh doanh xây dựng và quyết định, nh vậy cùng một loại vật t sử dụng cho một loại phơng tiện sẽ có mức tiêu hao khác nhau phụ thuộc vào công tác quản lý, định mức tiêu hao từng cơ sở kinh doanh xây dựng. Trên thực tế rất nhiều cơ sở kinh doanh vận tải có chi phí nhiên liệu rất cao mặc dù có đầy đủ hóa đơn nhng hầu hết lấy hóa đơn tại các cửa hàng xăng dầu với số lợng lớn hơn so với thực tế mua (cửa hàng xăng dầu có lợng hàng bán lẻ cho ngời tiêu dùng không lấy hóa đơn). Nh vậy, nhà nớc không chỉ thất thu thuế TNDN mà còn thất thu thuế GTGT.
Về vấn đề giá thanh toán đối với vật t hàng hoá nhập khẩu: Theo qui định tại phần B, III mục 2.2 (a), TT 128 giá thanh toán đối với vật t, hàng hoá nhập khẩu đợc xác định theo hai trờng hợp: trờng hợp thứ nhất theo giá thực thanh toán nếu cơ sở kinh doanh kê khai giá tính thuế nhập khẩu theo giá hợp đồng ngoại thơng cao hơn giá thực thanh toán; trờng hợp thứ hai theo giá kê khai tính thuế nhập khẩu nếu cơ sở kinh doanh kê khai giá tính thuế nhập khẩu theo giá hợp đồng ngoại thơng thấp hơn giá thực thanh toán. Việc quy định giá thanh toán đối với vật t hàng hoá nhập khẩu ở trờng hợp thứ hai là cha thực sự thoả đáng, bởi
giá thực tế của vật t nhập khẩu là giá thực thanh toán (còn gọi là giá gốc) nhng cơ quan thuế chỉ chấp nhận tính theo giá đã kê khai tính thuế nhập khẩu do vậy không phản ánh đủ toàn bộ chi phí hợp lý liên quan của DN, không đảm bảo đầy đủ quyền tự do kinh doanh của DN. Theo TS. Nguyễn Văn Hiệu thì bản thân giá kê khai tính thuế nhập khẩu trong trờng hợp này hoàn toàn không phải “giá thực tế”, giá kê khai tính thuế nhập khẩu nhiều trờng hợp chỉ là giá danh nghĩa là căn cứ để tính ra số thuế nhập khẩu phải nộp, vì thế không thể đồng nhất giữa giá nhập khẩu thực tế với giá danh nghĩa làm căn cứ tính thuế nhập khẩu. Bên cạnh đó theo các chuẩn mực kế toán hiện hành trên thế giới và ở Việt Nam thì giá thực tế (giá gốc) là giá thực tế đã phát sinh, do vậy trong trờng hợp này giá thực tế hợp lý của chi phí vật t phải là giá thực thanh toán vì giá này mới thể hiện chi phí nhập khẩu thực tế của hàng hoá. Hơn nữa, quy định này không phù hợp trong điều kiện Việt Nam đang bắt đầu chuyển sang áp dụng tính trị giá hải quan (theo nguyên tắc của Hiệp định thực hiện Điều 7 Hiệp định chung về thuế quan và th- ơng mại, GATT 1994) khi xác định thuế nhập khẩu.
Một bất cập nữa là theo quy định tại điểm 2.1 khoản 2 mục III phần B.TT 128 thì: “...Mọi trờng hợp tổn thất vật t, hàng hoá đều không đợc tính giá trị vật t, hàng hoá tổn thất vào chi phí hợp lý”. Điều này là bất lợi cho DN vì chắc chắn trong thực tế kinh doanh của các DN, không phải lúc nào thiệt hại về tổn thất vật t, hàng hoá của các DN xảy ra đều xác định đợc trách nhiệm do các tổ chức cá nhân bồi thờng, mà bên cạnh đó nguyên nhân khách quan xảy ra không xác định đợc ngời bồi thờng xảy ra không phải là ít. Do đó, thiết nghĩ rằng, để giảm bớt những khó khăn cho các DN trong hoạt động kinh doanh, nên chăng, Bộ Tài chính cần sớm có quy định cho phép các trờng hợp hàng hoá, vật t bị tổn thất do nguyên nhân khách quan, nếu không xác định đợc trách nhiệm bồi thờng thì cho phép DN đợc khấu trừ thuế GTGT đầu vào và đợc tính giá trị hàng hoá bị tổn thất vào chi phí tính thuế TNDN. Tuy nhiên cũng cần có quy định chặt chẽ hơn trong việc xác định những thiệt hại nào là phải xác định hoặc không xác định đợc trách nhiệm bồi thờng để tránh trờng hợp DN sẽ lợi dụng chính sách mà quy tất cả các tổn thất đều không xác định trách nhiệm bồi thờng. Có quy định nh thế thì mới bảo đảm tính phù hợp của luật thuế TNDN và đối tợng thi hành cũng sẽ chấp hành tốt hơn.