Năm 1988 Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/03/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về việc thành lập các ngân hàng chuyên doanh, trong đó có Ngân hàng Phát triển Nơng nghiệp Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.
Ngày 14/11/1990, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) ký Quyết định số 400/QĐ-CTHĐBT về việc thành lập Ngân hàng Nông nghiệp thay thế Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam.
Ngày 22/12/1992, Quyết định số 603/QĐ-NHNN của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước thành lập chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp các tỉnh thành phố trực thuộc Ngân hàng Nơng nghiệp gồm có 3 sở giao dịch (Sở giao dịch I tại Hà Nội và Sở giao dịch II tại văn phòng đại diện khu vực miền Nam và Sở giao dịch III tại Văn phòng miền Trung); 43 chi nhánh tỉnh, thành phố và 475 chi nhánh quận, huyện, xã.
Ngày 30/07/1994 tại Quyết định số 160/QĐ-NHNN mơ hình quản lý của Ngân hàng Nông nghiệp được đổi mới, cụ thể hóa bằng văn bản số 927/TCCB/NHNo ngày 16/08/1994 xác định Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam có 2 cấp: Cấp tham mưu và Cấp trực tiếp kinh doanh.
Ngày 31/08/1995: Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 525/QĐ-TTG thành lập Ngân hàng phục vụ người nghèo với vốn hoạt động ban đầu là 400 tỷ đồng do Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam góp 200 tỷ đồng, Ngân hàng Ngoại thương 100 tỷ đồng và Ngân hàng Nhà nước 100 tỷ đồng. Hoạt động của Ngân hàng phục vụ người nghèo vì mục tiêu xóa đói giảm nghèo, khơng vì mục đích lợi nhuận, thực hiện bảo toàn vốn ban đầu, phát triển vốn, bù đắp chi phí. Ngày 01/01/2003 chính thức chuyển thành Ngân hàng Chính sách xã hội.
Ngày 15/11/1996, được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước ký Quyết định số 208/QĐ-NHNN đổi tên Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam.
Từ khi thành lập đến nay, hệ thống Ngân hàng đã không ngừng mở rộng và phát triển mạnh mẽ: trong năm 2000 NH tích cực mở rộng quan hệ quốc tế và kinh doanh đối ngoại, nhận được sự tài trợ của các tổ chức tín dụng quốc tế như WB, ADB, IFAD, Ngân hàng tái thiết Đức,...; năm 2001 đầu tiên NH triển khai thực hiện Đề án Tái cơ cấu các nội dung như cơ cấu lại nợ, lành mạnh hóa tài chính, nâng cao chất lượng tài sản có,...; năm 2002 NHNo là thành viên của APRACA, CICA và ABA; năm 2003 đẩy mạnh tiến độ thực hiện Đề án Tái cơ cấu nhằm đưa hoạt động của NHNo&PTNT phát triển với quy mô lớn chất lượng hiệu quả cao; năm 2004 sau 4 năm triển khai thực hiện Đề án Tái cơ cấu giai đoạn 2001-2010 tình hình tài chính của Ngân hàng đã được lành mạnh hơn qua việc cơ cấu nợ và tăng vốn điều lệ, xử lý trên 90% nợ tồn động; năm 2005 vốn tự có của Ngân hàng đạt 7.702 tỷ đồng, tổng tài sản có trên 190 ngàn tỷ đồng, hơn 2000 chi nhánh trên toàn quốc và 29.492 cán bộ nhân viên; đến cuối năm 2007 tổng tài sản đạt 325.802 tỷ đồng tương đương 20 tỷ USD gấp 220 lần so với ngày đầu thành lập, tổng dư nợ cho vay nền kinh tế đạt 242.102 tỷ đồng. (Webside Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nơng thơn, Lịch sử hình thành và phát triển)