Đa dạng sinh học trong các hệ sinh thái ở đảo Phú Quốc mang tính đặc trưng riêng của một vùng biển nhiệt đới phía Nam. Chức năng giá trị của hệ sinh thái và đa dạng sinh học trên vùng đảo là có ý nghĩa cực kỳ quan trọng như lưu giữ khí nhà kính CO2, vùng chuyển tiếp giữa hệ sinh thái trên cạn và thuỷ vực, nơi lưu giữ nhiều loài quý hiếm…nhưng lại rất nhạy cảm, dễ bị tổn thương.
Mùa khô kéo dài là một trong những nguyên nhân gây khó khăn cho kiểm soát việc phòng chống cháy rừng đặc biệt là vườn quốc gia Phú Quốc, sự mất rừng do nuôi trồng thủy sản.
Phú Quốc là một trung tâm du lịch sinh thái biển chất lượng cao. Theo kế hoạch phát triển năm 2010 và định hướng đến năm 2020, số khách du lịch sẽ đạt đến 2 - 3 triệu lượt người/năm thì việc thăm và lặn để quan sát rạn san hô là một trong những nhu cầu của khách du lịch sinh thái và các sản phẩm quà lưu niệm từ san hô cũng sẽ gia tăng đáng kể. Mặt khác các dịch vụ phục vụ cho khách du lịch cũng sẽ tăng theo. Khi số khách du lịch lặn biển tăng cùng với việc khai thác thủy hải sản cũng tăng nhằm đáp ứng nhu cầu bằng những phương tiện hủy diệt như dùng thuốc nổ, lưới vét, chất độc hóa học sẽ là nguy cơ lớn đến sự biến đổi diện tích và làm tổn thương đến rạn san hô. Tác động này không những gây ra thiệt hại đáng kể cho ngành thủy sản kể cả du lịch sinh thái, mà còn gây ra những ảnh hưởng đáng kể với cộng đồng dân cư đã từng dựa vào nguồn tài nguyên biển để sinh kế, làm giảm đa dạng hệ sinh thái và đa dạng loài của khu vực, chẳng hạn sản lượng tôm, cá sẽ giảm, số lượng rùa biển cũng sẽ giảm sút nghiêm trọng
Một điều đặc biệt không kém quan trọng là sự đa dạng sinh học của đảo Phú Quốc nằm gần khu vực các sân golf, nhất là tại 3 khu sân golf lớn tại Vịnh Đầm, Bãi Vòng, Cửa Cạn. Các hoạt động chăm sóc cỏ tại các sân golf đòi hỏi phải cung cấp một lượng lớn chất dinh dưỡng và hóa chất thuốc bảo vệ thực vật. Các hóa chất
26 này chỉ được cỏ hấp thụ khoảng 10%, lượng còn lại được phát tán vào không khí hoặc theo dòng nước cuốn trôi xuống môi trường nước. Các hóa chất bón cho cỏ thường chứa hàm lượng N, K, P cao, nhất là hàm lượng đạm rất cao. Những chất này theo nước đi vào môi trường sẽ làm cho môi trường nước bị nhiễm Nitrate, môi trường nước mặt bị hiện tượng phú dưỡng hóa, xuất hiện nhiều tảo gây mùi hôi thối và tình trạng thiếu oxi cho các loài thủy sinh. Dư lượng thuốc bảo vệ thực vật sẽ hủy diệt trứng và ấu trùng của các loài thủy sinh làm mất cân đối của hệ sinh thái.