Với diện tích sông suối và mặt nước chuyên dùng dồi dào (chiếm 10,5% diện tích đất tự nhiên) lại là con đường vận chuyển chủ đạo tới các khu di tích nên HST này cần được chú trọng bảo tồn và phát huy vai trò cũng như nguồn lợi ĐDSH.
Mục tiêu cần hướng tới là khai thác hợp lý nguồn lợi thủy sản và PTBV HST thủy vực. Một số biện pháp được đề xuất:
- Cải thiện môi trường sống vì chất lượng môi trường sống có ý nghĩa rất quan trọng đối với sự tồn tại và phát triển của các sinh vật. Do đó, việc cải thiện môi trường sống, duy trì nguồn thức ăn tự nhiên, đảm bảo nơi trú ẩn của các sinh vật là việc làm hết sức cần thiết. Ngoài ra, để tạo môi trường sống trong lành và tạo cảnh quan thiên nhiên đẹp cho du khách thì vấn đề cấp bách cần giải quyết và duy trì lâu dài là giữ nước suối trong sạch, không ô nhiễm, không hôi thối. Biện pháp được đề xuất là:
+ Nạo vét suối để khơi thông dòng chảy (thực hiện ít nhất mỗi năm 1 lần). + Vớt bỏ thực vật thủy sinh đã bị chết để tránh bốc mùi hôi thối và ô nhiễm nguồn nước.
- Việc nuôi trồng thủy sản không có quy hoạch và thiếu sự quản lý cần thiết đã gây ảnh hưởng tiêu cực tới HST thủy vực. Việc cho cá ăn mang tính chất định lượng chủ quan của người dân mà thiếu sự hướng dẫn cũng như quy định chi tiết phù hợp với đặc điểm sinh học của vật nuôi và điều kiện môi trường phần nào khiến các thủy vực bắt đầu có hiện tượng ô nhiễm hữu cơ. Vì
vậy, về lâu dài để tránh ô nhiễm trầm trọng hơn và đảm bảo PTBV các ban ngành địa phương cần quản lý chặt chẽ hơn hoạt động nuôi trồng thủy sản. Cần thiết nên thành lập 1 hợp tác xã thủy sản để quản lý chung cũng như kiểm soát nguồn thức ăn bổ sung và nguồn cá giống nhằm hạn chế gây ô nhiễm và giảm dịch bệnh.