- Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân: những bệnh nhân được chẩn đoá nu nguyên bào thần kinh đệm.
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1. Kết quả tách chiết DNA
Tất cả các mẫu DNA sau khi tách chiết theo phương pháp Phenol/chloroform/Isoamylalcohol được tiến hành kiểm tra chất lượng, nồng độ và độ tinh sạch bằng phương pháp đo quang phổ kế hoặc phương pháp điện di DNA tổng số.
Kết quả đo OD trên máy Nanodrop 1000.
Hình 3.1: Hình ảnh minh họa kết quả đo OD của mẫu DNA tách chiết bằng máy Nanodrop 1000
Nhận xét:
- Các mẫu DNA được tách chiết có chỉ số A260/A280 dao động trong khoảng 1.8-2.0 với nồng độ lớn hơn 50ng/µl. Các mẫu DNA đều có đường biểu diễn độ hấp thụ quang trơn tru, không gãy khúc, gập góc, đỉnh hấp thụ tương ứng với bước sóng 260nm.
- Mẫu DNA tách chiết đều tương đối tinh sạch và có nồng độ đạt yêu cầu cho phản ứng (Bảng 3.1).
Bảng 3.1: Kết quả đo nồng độ và độ tinh sạch của các mẫu DNA trên nhóm bệnh nhân.
Mã số Nồng độ DNA (ng/µl) OD260nm /OD280nm Mã số Nồng độ DNA (ng/µl) OD260nm /OD280nm G1 121,5 1,98 G11 135,4 1,83 G2 89,8 1,8 G12 106,2 1,96 G3 102,6 1,89 G13 87,3 1,85 G4 80,5 1,92 G14 92,8 1,83 G5 69,4 1,85 G15 76,4 1,92 G6 126,8 1,88 G16 82,3 1,94 G7 105,6 1,93 G17 65,5 1,83 G8 111,9 1,98 G18 119,8 1,96 G9 78,4 1,86 G19 135,6 1,87 G10 84,5 1,81 G20 108,4 1,99
Kết quả điện di DNA tổng số
DNA tổng số sau khi được tách chiết theo quy trình 2.5.2 được kiểm tra trên gel agarose 0,8%.
Hình 3.2: Kết quả điện di DNA tổng số trên gel agarose 0,8%
Nhận xét: Tất cả các mẫu DNA tổng số đều có một băng, ít bị đứt gãy, đủ điều kiện để tiến hành các kỹ thuật tiếp theo.
3.2. Kết quả khuếch đại đoạn gen bằng kỹ thuật PCR.
Mẫu DNA tách chiết đạt yêu cầu được khuếch đại với cặp mồi đặc hiệu tại vị trí exon 12 và exon 13 trên đoạn gen FGFR. Sản phẩm sau khi khuếch đại được kiểm tra bằng phương pháp điện di trên gel agarose 1,5%, kết quả thu được trong hình 3.4:
B
Hình 3.4: A. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại tại vị trí exon 12 trên gen FGFR. B. Kết quả điện di sản phẩm PCR khuếch đại tại vị trí
exon 13 trên gen FGFR1.
M: marker kích thước 100bp, (+): mẫu chứng dương mang đoạn kích thước 527 bp, 617 bp.(-): mẫu chứng âm không chứa khuôn DNA. G1-G8: mẫu
bệnh glioblastoma từ 1 đến 8.
Nhận xét:
- Mỗi mẫu điện di chỉ cho 1 băng sáng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước đồng đều và có chiều dài tương ứng tương ứng với kích thước tính toán trên lý thuyết.
- Marker được phân tách rõ ràng cho phép nhận định kết quả chính xác. - Phản ứng PCR đạt hiệu quả, sản phẩm PCR thu được đặc hiệu, đạt yêu cầu cho kỹ thuật giải trình tự gen.
- Tuy nhiên mẫu G5, G7 cho kết quả dương tính (+) ở mồi F12 nhưng âm tính (-) ở mồi F13. Nguyên nhân có thể do bệnh nhân có đột biến xóa đoạn exon 13 gen FGFR hoặc đột biến điểm xảy ra tại vị trí gắn mồi.
Đoạn gen FGFR1 sau khi khuếch đại được giải tình tự và so sánh kết quả với trình tự chuẩn trên GeneBank bằng phần mềm CLC Main Workbench, kết quả phân tích được minh họa trên hình 3.5:
Hình 3.5: A. Hình ảnh kết quả giải trình tự gen mẫu G1 trên exon 12 của gen FGFR1. B. Hình ảnh kết quả giải trình tự gen mẫu G1 trên exon 13
của gen FGFR1
Nhận xét:
- Sản phẩm trình tự rõ nét. Các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu.
- Kết quả giải trình tự gen trên nhóm bệnh nhân gliobastoma đều không xuất hiện đột biến gen FGFR. Tuy nhiên, nghiên cứu mới chỉ áp dụng trên cỡ mẫu nhỏ nên số liệu không có ý nghĩa thống kê.