- Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân: những bệnh nhân được chẩn đoá nu nguyên bào thần kinh đệm.
2.4.1.Dụng cụ và trang thiết bị
− Tủ lạnh: 4°C, -30°C.
− Pipet định mức và đầu côn các loại 1000μl, 200μl, 100μl, 20μl, 10μl, 2,5μl.
− Ống Eppendorf loại 1500μl, 500μl, 200μl.
− Găng tay, giấy thấm vô trùng.
− Tủ sấy, tủ ấm.
− Bình thủy tinh, cốc đong.
− Cân điện tử AB204 (Mettler Toledo).
− Lò vi sóng (Saiko).
− Máy ly tâm để bàn Eppendorf (Đức): Centrifuge 5424R và Hitachi (Nhật).
− Máy Vortex hãng (Thermo).
− Máy spindown: E-centrifuge.
− Máy rung lắc nhiệt: Thermomixer 5437 và Thermomixer comfort cho ống 1,5ml và Mixmate cho ống 2ml.
− Máy điện di (Thermo).
− Máy soi gel và chụp ảnh tự động: UVP (Eppendorf) .
− Máy đo OD: NanoDrop 1000 (Thermo).
− Máy PCR (Eppendorf).
2.4.2. Hóa chất
Hóa chất tách chiết DNA:
− Xylen hoặc toluene (Merck)
− Cồn 100%.
− Lysis buffer HD: 1,5ml Tris HCl 1M + 1ml EDTA 0,5M + 5ml SDS 10% + 42,5ml H2O. Tổng thể tích 50ml.
− Proteinase K (10mg/ml) (Qiagen).
− Dung dịch PCI (Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol = 25 : 24 : 1) (Merck).
− Dung dịch CI (Chloroform : Isoamyl alcohol = 24 : 1).
− Ethanol 100%, ethanol 70% bảo quản lạnh ở 0oC.
− Sodium acetate (CH3COONa) 3M (pH = 5,2).
− Dung dịch hòa tan DNA: đệm TE (Tris - EDTA). Hóa chất cho PCR:
− Gold Taq chứa: dNTPs, Taq polymerase, MgCl2.
− Mồi xuôi (PF), mồi ngược (PR) (Intergrated DNA Technologies).
Bảng 2.1: Trình tự mồi và kích thước sản phẩm của gen FGFR
Tên mồi Trình tự Kích thước (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
FGFR1 exon 12 (F12)
PF: 5’ -GGG GGT CGA ACT TGA GGT AT- 3’
PR: 5’-ATG ATC ATG CGG GAG TGC-3’ 617 bp FGFR exon
13 (F13)
PF: 5’ -ACG CCA CCA CAA GAT AAG -3’
PR:5’- TCT GGA CTA TGC TGG GAG TAA-3’ 527 bp
Hóa chất giải trình tự gen: Sử dụng bộ Kit Thermo Sequenase Cy5 Dye Terminator Cycle sequencing kit.
Hóa chất điện di:
− Dung dịch đệm TBE (Tris Borate EDTA) 1X gồm: Tris base, boric acid và EDTA (pH 8,0).
− Agarose: hãng Norgen Biotic.
− DNA Loading Dye.
− Ethidium bromide 10mg/ml: hãng Beckman (Mỹ).
− Thang chuẩn DNA 100bp (Marker 100bp) của hãng Thermo Scientific.