Dụng cụ và trang thiết bị

Một phần của tài liệu XÁC ĐỊNH đột BIẾN GEN FGFR TRÊN BỆNH NHÂN u NGUYÊN bào THẦN KINH đệm (Trang 25 - 27)

- Tiêu chuẩn lựa chọn bệnh nhân: những bệnh nhân được chẩn đoá nu nguyên bào thần kinh đệm.

2.4.1. Dụng cụ và trang thiết bị

− Tủ lạnh: 4°C, -30°C.

− Pipet định mức và đầu côn các loại 1000μl, 200μl, 100μl, 20μl, 10μl, 2,5μl.

− Ống Eppendorf loại 1500μl, 500μl, 200μl.

− Găng tay, giấy thấm vô trùng.

− Tủ sấy, tủ ấm.

− Bình thủy tinh, cốc đong.

− Cân điện tử AB204 (Mettler Toledo).

− Lò vi sóng (Saiko).

− Máy ly tâm để bàn Eppendorf (Đức): Centrifuge 5424R và Hitachi (Nhật).

− Máy Vortex hãng (Thermo).

− Máy spindown: E-centrifuge.

− Máy rung lắc nhiệt: Thermomixer 5437 và Thermomixer comfort cho ống 1,5ml và Mixmate cho ống 2ml.

− Máy điện di (Thermo).

− Máy soi gel và chụp ảnh tự động: UVP (Eppendorf) .

− Máy đo OD: NanoDrop 1000 (Thermo).

− Máy PCR (Eppendorf).

2.4.2. Hóa chất

 Hóa chất tách chiết DNA:

− Xylen hoặc toluene (Merck)

− Cồn 100%.

− Lysis buffer HD: 1,5ml Tris HCl 1M + 1ml EDTA 0,5M + 5ml SDS 10% + 42,5ml H2O. Tổng thể tích 50ml.

− Proteinase K (10mg/ml) (Qiagen).

− Dung dịch PCI (Phenol : Chloroform : Isoamyl alcohol = 25 : 24 : 1) (Merck).

− Dung dịch CI (Chloroform : Isoamyl alcohol = 24 : 1).

− Ethanol 100%, ethanol 70% bảo quản lạnh ở 0oC.

− Sodium acetate (CH3COONa) 3M (pH = 5,2).

− Dung dịch hòa tan DNA: đệm TE (Tris - EDTA).  Hóa chất cho PCR:

− Gold Taq chứa: dNTPs, Taq polymerase, MgCl2.

− Mồi xuôi (PF), mồi ngược (PR) (Intergrated DNA Technologies).

Bảng 2.1: Trình tự mồi và kích thước sản phẩm của gen FGFR

Tên mồi Trình tự Kích thước

FGFR1 exon 12 (F12)

PF: 5’ -GGG GGT CGA ACT TGA GGT AT- 3’

PR: 5’-ATG ATC ATG CGG GAG TGC-3’ 617 bp FGFR exon

13 (F13)

PF: 5’ -ACG CCA CCA CAA GAT AAG -3’

PR:5’- TCT GGA CTA TGC TGG GAG TAA-3’ 527 bp

 Hóa chất giải trình tự gen: Sử dụng bộ Kit Thermo Sequenase Cy5 Dye Terminator Cycle sequencing kit.

 Hóa chất điện di:

− Dung dịch đệm TBE (Tris Borate EDTA) 1X gồm: Tris base, boric acid và EDTA (pH 8,0).

− Agarose: hãng Norgen Biotic.

− DNA Loading Dye.

− Ethidium bromide 10mg/ml: hãng Beckman (Mỹ).

− Thang chuẩn DNA 100bp (Marker 100bp) của hãng Thermo Scientific.

Một phần của tài liệu XÁC ĐỊNH đột BIẾN GEN FGFR TRÊN BỆNH NHÂN u NGUYÊN bào THẦN KINH đệm (Trang 25 - 27)

Tải bản đầy đủ (DOCX)

(47 trang)
w