Cùng với sự phát triển về quy mô, các vấn ựề môi trường ở các làng nghề ựang là mối lo ngại cho toàn xã hội. Hiện nay, hướng giải quyết những vấn ựề môi trường trong các làng nghề ựang gặp nhiều vướng mắc lớn. Các biện pháp tăng cường quản lý, kiểm soát chỉ ựạt hiệu quả ở mức ựộ rất thấp, do các cơ sở sản xuất chỉ dùng các biện pháp tiêu cực (như nộp tiền phạt, tạm ngừng sản xuất vào thời ựiểm kiểm traẦ) ựể ựối phó với công luận và sự kiểm soát của các cơ quan quản lý. Ngay cả ở những làng nghề ựã ựược cấp ựất ựể di chuyển khu vực sản xuất có nhu cầu di chuyển ựến khu mới quy hoạch vì muốn mở thêm diện tắch sản xuất. điều này ựồng nghĩa với sự gia tăng mức ựộ ô nhiễm.
Hiện phần lớn cán bộ ở cấp quận/huyện, xã phường ựều chưa ựược ựào tạo, tập huấn nghiệp vụ quản lý môi trường. Do vậy, công tác quản lý môi trường ở các làng nghề gần như bỏ trống, vấn ựề môi trường cũng không ai kiểm tra, xử lý.
Theo quy ựịnh tại Luật Bảo vệ môi trường, khi các KCN có tỷ lệ lấp ựầy từ 60-70% thì mới phải có hệ thống xử lý nước thải tập trung. Nhận xét về quy ựịnh này các chuyên gia môi trường, các chủ ựầu tư và khai thác hạ tầng KCN nhận ựịnh là không sát với thực tiễn phát triển ngành công nghiệp và chưa theo kịp nguy cơ ô nhiễm môi trường ựang gia tăng hiện nay.
Một ựiều quan trọng nhất, cơ bản nhất, có tắnh quyết ựịnh nhất và cũng nhất hiện nay, là sự kém hiệu quả của các cơ quan chức năng, hệ thống chắnh sách, pháp luật về bảo vệ môi trường còn chưa ựồng bộ, chưa phù hợp với cơ chế thị trường, vừa thiếu chế tài, vừa không xử lý nghiêm ựối với các hành vi vi phạm. Các quy ựịnh về thu phắ bảo vệ môi trường ựối với nước thải, chất thải rắn, mặc dù ựã ựược Chắnh phủ ban hành, song còn mang tắnh hình thức, số kinh phắ thu ựược mới chỉ bằng 1/10 so với tổng kinh phắ mà Nhà nước phải chi cho các dịch vụ thu gom và xử lý chất thải. Các chế tài xử phạt vi phạm hành chắnh còn quá thấp, chưa ựủ sức răn ựe, phòng ngừa, trong khi các cơ quan chức năng còn lúng túng trong xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về bảo vệ môi truờng.
Khó khăn trong quản lý môi trường làng nghề còn nhiều song không thể chỉ mình chắnh quyền làm ựược nếu thiếu người dân. Nâng cao hiểu biết cho người dân tại các làng nghề hiện nay là một biện pháp quan trọng. Họ - những người gây ô nhiễm cần phải biết mức ựộ ảnh hưởng của ô nhiễm ựó như thế nào. Mặt khác, làng nghề từ lâu gắn bó với cuộc sống người dân, do vậy rất cần có một hệ thống xử lý chất thải nhằm ựảm bảo chất lượng cuộc sống nơi ựây.