Nguyên nhân của tồn tại, yếu kém về quản lý đầu tư XDCB từ NSNN huyện Ngọc Hiển thời gian qua (Phòng Tài chính Kế hoạch huyện Ngọc Hiển, 2015) như sau:
Giá nguyên liệu, nhiên liệu, vật liệu xây dựng vẫn ở mức cao, nhân công tăng do nâng lương cơ bản từ tháng 5/2012, trong khi quy định của nhà nước không được điều chỉnh bổ sung tổng mức đầu tư, dẫn đến các nhà thầu thi công cầm chừng hoặc không thực hiện để chờ Nhà nước điều chỉnh chính sách.
Nhiều công trình chưa hoàn thành bồi thường giải phóng mặt bằng nhưng đã đề nghị cho đấu thầu và khởi công, gây khó khăn cho các nhà thầu, tiến độ thi công phải kéo dài, phải ra hạn hợp đồng nhiều công trình.
Năng lực và trách nhiệm của một số cán bộ trong quản lý đầu tư và xây dựng chưa đáp ứng được yêu cầu. Chất lượng thẩm định hồ sơ dự án đầu tư, thẩm tra thiết kế - dự toán … còn hạn chế.
Hệ thống định mức, tiêu chuẩn, quy chuẩn vẫn còn thiếu hoặc chưa cập nhật kịp thời với tiến bộ khoa học và công nghệ hiện đại nên nhiều lúc vẫn còn sử dụng các định mức, tiêu chuẩn, quy chuẩn cũ, lạc hậu.
Trách nhiệm của tổ chức, cá nhân lập và thẩm định thiết kế - dự toán chưa được quy định cụ thể, rõ ràng bằng những chế tài về pháp luật - kinh tế.
Chưa có cơ chế bảo hành sản phẩm thiết kế và cơ chế thưởng phạt vật chất hoặc có các chế tài xử phạt ở mức cao hơn đối với nhà thiết kế nhằm nâng cao trách nhiệm;
Chi phí thiết kế được tính theo giá trị xây lắp: thiết kế càng dư thừa nhà thầu càng dễ bớt xén vật liệu thi công công trình đồng thời càng làm giảm trách nhiệm của mình đối với sản phẩm thiết kế.
Chủ đầu tư vì mục đích nhằm phục vụ tiến độ giải ngân kế hoạch năm, đã bỏ qua những sai sót, bất hợp lý của hồ sơ thiết kế; một số chủ đầu tư không đủ năng lực chuyên môn và năng lực tổ chức để thẩm định, khắc phục những sai sót của hồ sơ, thường có tư tưởng khoán trắng cho tư vấn, thẩm định trong khi trên thực tế trách nhiệm của các tổ chức tư vấn, thẩm định là không lớn nên không đáp ứng được sự kỳ vọng của các chủ đầu tư; Sản phẩm thiết kế có nhiều sai lệch so với thực tế triển khai do khâu chuẩn bị đầu tư không thực hiện nghiêm, có những công trình phương án thi công và mức đầu tư không khả thi;
Chất lượng đội ngũ cán bộ tham gia vào công tác thẩm định dự án còn rất hạn chế, chưa đáp ứng được yêu cầu.