Từ năm 1998 ựến 30.7.2007, TP ựã triển khai hơn 700 dự án có thực hiện việc bồi thường, giải tỏạ Tổng số hộ bị thu hồi một phần nhà ở và một phần hoặc toàn bộ ựất nông nghiệp là 43.955 hộ với tổng chi phắ bồi thường, hỗ trợ là hơn 20.121 tỉ ựồng.
Một trong những tồn tại lớn nhất trong công tác bồi thường, GPMB là một số chắnh sách, pháp luật về ựất ựai về bồi thường, hỗ trợ và tái ựịnh cư khi Nhà nước thu hồi ựất có nhiều thay ựổi và không nhất quán, dẫn ựến việc thực hiện vừa chậm, vừa khó khăn. Theo khoản 4, điều 58 Nđ 84/2007 của Chắnh phủ (quy ựịnh những dự án ựã phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái ựịnh cư trước ngày Nđ 197/2004 có hiệu lực, trường hợp do chậm chi trả hoặc chậm nhận tiền bồi thường, hỗ trợ; trường hợp chưa thực hiện chi trả mà sau ựó giá ựất cao hơn giá phê duyệt thì phải ựiều chỉnh giá ựất theo quy ựịnh tại khoản 2 điều 9 Nđ197 và khoản 2 điều 4 Nđ 17/2006) [3]; những trường hợp chấp hành tốt chủ trương của Nhà nước ựã nhận tiền bồi thường, hỗ trợ và tái ựịnh cư thì chịu thiệt nên so bì, dẫn ựến khiếu nại sẽ nhiều lên. Do vậy, ựối với các dự án lớn, phải chia nhiều giai ựoạn thì tiền bồi thường mà dân chưa nhận sẽ nhân lãi suất ngân hàng ựể tránh thiệt thòi cho dân; ựồng thời giữ nguyên giá bán suất tái ựịnh cư như phương án ựã ựược duyệt trước ựây, không tăng theo giá thị trường.
Cách ựịnh giá ựất ựể bồi thường, GPMB cũng là vấn ựề bức xúc của TP.Hồ Chắ Minh. Quy ựịnh hiện nay của pháp luật là "bồi thường theo giá thị trường trong ựiều kiện bình thường", nhưng lại ựưa ra khung giá tối ựa ựất nông nghiệp là 135.000 ựồng/m2, ựất ở là 80 triệu/m2 là thiếu hợp lý. Không thể vận dụng
một lúc 2 nguyên tắc: ựảm bảo giá ựất sát giá thị trường và không vượt khung. Trong thực tế, TP phải vận dụng tối ựa các quy ựịnh cho phép ựể hỗ trợ người dân khi giải tỏa, bồi thường, có nơi tiền hỗ trợ còn cao hơn tiền bồi thường. Một số chuyên gia ựã ựưa ra ựề xuất: ựối với ựất ở ựô thị, không nên quy ựịnh khung giá trần, mà ựể tùy ựiều kiện từng ựịa phương tắnh toán, chi trả cho phù hợp, ựúng theo tinh thần "sát với giá thị trường trong ựiều kiện bình thường".
Việc vận dụng bồi thường như thế nào cho ựúng luật mà dân ựỡ thiệt là vấn ựề cần nghiên cứu chu toàn hơn. Về công tác bồi thường, GPMB, TP cần nghiên cứu thêm những yếu tố tác ựộng ựến giá ựất, ựặc biệt là áp lực ựô thị hóa và các yếu tố ảọ.. ựể quản lý tốt hơn, tránh tình trạng quản lý "chạy theo giá ảo". đặc biệt là còn nhiều dự án treo, nhiều dự án triển khai quá chậm, cá biệt như ở Bình Chánh 2/3 số dự án triển khai từ 1-2 năm ựến gần chục năm, gây bức xúc cho dân; cần rạch ròi giữa các khoản "bồi thường" và "hỗ trợ" ựể tránh phát sinh những quan hệ ảnh hưởng ựến các lĩnh vực khác...