Mặc dù nhà nước ta đã cố gắng xây dựng một khung pháp lý cho hoạt động KTNB, tuy nhiên các quy định vẫn còn bất cập. Trong đó, việc xác định đối tượng kiểm toán hiện còn chưa phù hợp với nhu cầu cũng như năng lực của doanh nghiệp.
Trước hết, quy định về KTNB hiện nay quá ôm đồm, tức là đòi hỏi KTVNB phải hoàn thành từ kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ và kiểm toán hoạt động. Việc thực hiện đồng thời cả ba loại hình kiểm toán mà không có trọng tâm cụ thể là vượt quá sức mà lại không chú ý đến thế mạnh, đặc trưng, phương thức hoạt động riêng của doanh nghiệp.
Hơn nữa, trong các nội dung kiểm toán trên, thì yêu cầu thực hiện kiểm toán báo cáo tài chính là chủ yếu, phục vụ cho nhu cầu quản lý của nhà nước, trong khi kiểm toán tuân thủ và kiểm toán hoạt động thường bị bỏ ngỏ. Điều này cũng làm hạn chế vai trò của KTNB.
Trước thực trạng đó, đòi hỏi doanh nghiệp phải biết mở rộng hoặc lựa chọn nội dung kiểm toán cho phù hợp. Như đã nói, trong môi trường ERP, việc đánh giá và xác nhận chương trình xử lý số liệu có hợp lý, độ an toàn của hệ thống thông tin cả về kỹ thuật lẫn chương trình có ảnh hưởng rất lớn đến kết quả xử lý nghiệp vụ và độ an toàn của tài sản cũng như hiệu quả kinh doanh, do vậy KTNB trước hết cần phải tập trung vào các mục tiêu sau:
- Đánh giá việc tổ chức hệ thống thông tin nhằm đưa ra những nhận xét về cấu trúc tổ chức cũng như cấu trúc công nghệ, trình độ nhân viên vận hành, đảm bảo nguyên tắc phân tách chức năng của các bộ phận sử dụng hệ thống cũng như của chính những người trực tiếp tham gia thiết kế và vận hành hệ thống có thỏa đáng hay không.
- Đánh giá việc xử lý của chương trình nhằm đưa ra nhận xét về sự đáp ứng của chương trình đối với các yêu cầu quản lý và kinh doanh của doanh nghiệp, hiệu quả của chương trình để đảm bảo rằng những số liệu được xử lý sẽ không tạo ra sai số có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đến kết quả báo cáo tài chính.
- Các kết quả đánh giá trên sẽ là cơ sở để kiểm toán viên đánh giá xem hiện có rủi ro nghiêm trọng nào của hệ thống thông tin không; doanh nghiệp đã có
sẵn biện pháp kiểm soát hiệu quả và thích đángg chưa để đưa ra các hướng dẫn và lời khuyên hợp lý cho doanh nghiệp.